Эта противозаконная операция представляла собой очевидное нарушение обязательств, которые взял на себя «Иргун». 1 июня Бегин заключил с временным правительством соглашение, предусматривающее прекращение самоуправных действий «Иргуна» на территории, находящейся под юрисдикцией государства, а также введение батальонов в состав национальной армии с последующей присягой. Все оружие следовало сдать высшему командованию. Временному командованию «Иргуна» разрешалось продолжать свою деятельность до полной интеграции, то есть не больше месяца. «Иргун» обязался прекратить закупки оружия за рубежом. Первое перемирие было объявлено со строжайшим запретом импортировать оружие.
В ночь с 15 на 16 июня Менахем Бегин встречается с представителями министерства обороны. Наутро Леви Эшколь и Исраэль Галили сообщают Бен-Гуриону, что через 2–3 дня корабль подойдет к израильским берегам. Бен-Гурион понимает, что все имеющееся на нем оружие будет немедленно передано армии, в связи с чем предпринимает все возможные меры для того, чтобы швартовка и разгрузка судна прошли в обстановке полной секретности и не попали в поле зрения бдительного ока наблюдателей от ООН. В тот же день Бегин просит зарезервировать для боевых группировок «Иргуна» в Иерусалиме 20 % поставленного вооружения. Город, который должен был находиться под международным контролем, юридически не входит в состав еврейского государства; соглашение от 1 июня не соблюдается, и соединения «Иргуна» и «Лехи» по-прежнему сохраняют свою автономию. Вот почему, учитывая необычность ситуации, Галили соглашается удовлетворить просьбу Бегина.
Однако вскоре Бегин выдвигает новые требования: оружие, которое не попало в Иерусалим, то есть 80 % поставки, должно быть передано на вооружение батальонов «Иргуна», входящих в состав регулярной армии, а то, что останется, перейдет во владение верховного командования. Галили возражает, но понимает, что руководители «Иргуна» «готовы принять меры в одностороннем порядке». Вечером он встречается с Бегином, который сообщает ему о том, что «Иргун» намерен хранить оружие в своих арсеналах до момента передачи его своим боевым соединениям, входящим в состав регулярной армии, что должно произойти во время церемонии в присутствии временного командования. Эта беседа свидетельствует о разрыве соглашения между «Иргуном» и министерством обороны.
В субботу 9 июня Галили докладывает о своей встрече с Бегином: «Возникла опасная ситуация: требование создать неофициальную армию с неофициальным вооружением на базе нескольких соединений, входящих в состав регулярной армии». 20 июня Бен-Гурион поднимает этот вопрос на заседании временного правительства. Атмосфера крайне напряженная, стремительным потоком поступают тревожные новости: «Альталена» подходит к израильским территориальным водам, а сотни членов «Иргуна» покинули свои подразделения и направляются в сторону побережья для оказания помощи в разгрузке судна. Толпу, собравшуюся на берегу у деревни Кфар-Виткин, возглавляют Менахем Бегин и другие руководители «Иргуна». Прежние страхи охватывают политических деятелей, руководителей рабочих партий и военачальников. Не попытаются ли диссиденты совершить государственный переворот, вооруженным путем захватить власть или создать в Иудее другое еврейское государство, отделенное от Иерусалима? «Двум государствам не бывать, — твердо заявляет Бен-Гурион, — как не бывать двум армиям. Мы не позволим Менахему Бегину делать все, что ему нравится. Нам надо решить, стоит ли передать власть Бегину или же потребовать от него прекратить сепаратистскую деятельность. В случае неподчинения нашему требованию мы откроем огонь!»
Галили и Ядин приглашаются на заседание кабинета. Там Галили узнает, что прибытие судна ожидается в 9 часов вечера того же дня; Ядин сообщает, что 600 человек заняли позицию и не исключена вероятность их подкрепления еще двумя батальонами. Когда один из министров вносит краткое предложение — «правительство поручает министру обороны предпринять надлежащие меры в соответствии с законами страны», Бен-Гурион уточняет: «Принять меры — значит стрелять».