После излечения продолжил службу в 4-м Закавказском пехотном полку.
В 1928 году стал членом ВКП(б).
В 1932 году выдвинут на должность секретаря партбюро батальона.
В 1934 году назначен командиром пулемётной роты, затем переведён в Баку на должность начальника штаба пулемётного полка. В 1937–1938 годах там же, в Баку, служил при штабе ПВО на должности начальника оперативного отделения. В 1938 году переведён в Ленинградский военный округ на должность помощника командира 2-го зенитно-пулемётного полка по строевой части. Воинское звание – капитан.
Ещё в 1929 году Бабаджанян женился на своей односельчанке Арегназ Аршаковне Еганян (в семье ее звали Аргунья Аркадьевна). Аргунья была на четыре года моложе. Он проживёт с ней всю жизнь, более сорока пяти лет.
Через год после свадьбы родился сын Виктор. Потом в семье появятся две дочери – Лариса (1938) и Бела (1951).
В Зимнюю войну с Финляндией были вовлечены основные силы Ленинградского и Московского военных округов. На передний край перебросят и батальоны 2-го зенитно-пулемётного полка. Любая война требует новых и новых резервов.
В декабре 1939 года Бабаджаняну было присвоено очередное воинское звание майор. А вскоре он был ранен. Произошло это в феврале 1940 года, за месяц до окончания Советско-финской войны.
После излечения он был вновь направлен на юг, служил на различных штабных должностях в частях и соединениях Северо-Кавказского военного округа. Командовал стрелковым полком, а в самый канун войны переведён в штаб 19-й армии Киевского Особого военного округа на должность начальника оперативного отдела.
Стоит заметить, что его односельчанин Иван Баграмян к тому времени уже окончил не только Ленинградские кавалерийские курсы, но также Военную академию им. М. В. Фрунзе и Академию Генерального штаба РККА и в звании полковника занимал должность начальника оперативного управления штаба Юго-Западного фронта, сформированного на базе управления Киевского Особого военного округа.
В конце августа дивизия полковника А. З. Акименко была придана 24-й армии и дралась на правом, северном фланге войск Западного фронта, вовлечённых в масштабный контрудар, который при благоприятных обстоятельствах мог перерасти в контрнаступление на Смоленском направлении. Средоточием противостояния на центральном участке советско-германского фронта стала Ельня. 365 километров от Москвы. Несколько танковых переходов. А если брать во внимание, что Ельню ещё 19 июля заняли 10-я немецкая танковая дивизия 46-го моторизованного корпуса и мотопехотный полк «Великая Германия», относившиеся ко 2-й танковой группе Г. Гудериана, то, не наткнись они на жёсткую оборону наших войск, танки и мотопехота «быстрого Гейнца» оказались бы в пригородах Москвы ещё в августе.
Бои за Ельню в августе–сентябре 1941 года носили исключительно ожесточённый характер. И дело было вовсе не в городе и взятии его одной стороной и оставлении другой. Подтекст ельнинского сюжета свидетельствовал о том, что дотоле успешно наступающая (германская) сторона оказалась не просто остановленной на рубеже, который за неё определил её противник. Её ударная группировка оказалась потеснена. И не просто потеснена, а основательно побита, частично отрезана от тылов и главных сил группы армий «Центр», и только энергичный маневр на отход, при котором пришлось бросить часть имущества и тяжёлого вооружения, спас её от полного окружения и гибели в «котле». Так что на карту обеими сторонами ставилось многое.
Усиленный двумя батальонами 535-го и 875-го полков, 395-й стрелковый полк был на марше, когда вестовой вручил Бабаджаняну приказ командира 102-й танковой дивизии срочно развёртывать сводный отряд в боевой порядок и атаковать противника, оборонявшего горловину, соединявшую его Ельнинскую группировку с тылами. К счастью, к сводному отряду уже на марше присоединились батальон тяжёлых танков КВ и артиллерийский дивизион. В назначенный час батальоны поднялись в атаку. Восемь КВ двигались впереди цепей. Сводный отряд майора Бабаджаняна в истории сражения за Ельню стал именно той последней решающей силой резерва, который решил исход всего дела. Немцы продолжали изо всех сил удерживать горловину незакрытого «котла» и через неё снабжать свою группировку, оборонявшую Ельню, и основательно укреплённые окрестности. Наши войска, давя с юга и севера, никак не могли преодолеть эти последние шесть–восемь километров, чтобы замкнуть кольцо. И вот настал решающий момент.