Несмотря на бездарное руководство Кюстэна, французская армия 20 сентября 1792 года нанесла прусской армии сокрушительное поражение под Вальми. Поход французов закончился занятием в декабре 1792 года французскими войсками Франкфурта-на-Майне.
Весной 1793 года французам противостояли уже армии Англин, Пруссии, Голландии, Германской империи и Испании. На юге Франции открылся пиренейский фронт, и Бернадот, озабоченный своим медленным продвижением по службе, стал ходатайствовать о переводе на службу поближе к своим родным местам — на недавно открывшийся Пиренейский фронт. Он обратился за помощью к своим родным, в первую очередь к брату в По. В революционной армии дух Вальми быстро иссяк и началось повальное дезертирство.
Пока шла бюрократическая переписка о переводе, Бернадота 11 (по данным Хёйера — 18) июля 1793 года выбрали капитаном, а через три месяца — подполковником, причём эти звания он получил по волеизъявлению самих солдат. К этому времени демократия уже проникла в армию, и солдатской массе было предоставлено право выбирать и назначать своих офицеров. За Бернадота из 1203 человек 660 проголосовали «за».
Революция послала на все фронты своих уполномоченных комиссаров, которые калёным железом террора выжигали в офицерских и генеральских рядах крамолу, измену и саботаж. Сен-Жюст и другие комиссары решали все вопросы очень просто: если к назначенному часу генерал «X» не сделает того-то и того-то, то его ждёт эшафот. Многие военачальники вздохнули с облегчением, когда узнали о казни Робеспьера и падении якобинцев. Волевые методы решения военных вопросов в армии всем надоели.
Совместные усилия пруссаков и австрийцев, а также бездарное командование Рейнской армии привели к серьёзным поражениям французов и беспорядочному отступлению армии на исходные позиции.
Скоро подполковника Бернадота перевели в Северную армию.
Северная армия под командованием Дюмурье в это время захватила было Бельгию, но скоро должна была очистить всю страну и откатиться назад. Генерал, спасая свою жизнь от гильотины, перебежал к врагу, и разбитая армия несколько раз переходила из рук в руки, пока во главе её не был поставлен всё тот же Кюстэн, а потом Кюстэна заменил генерал Александр Богарнэ, первый муж Жозефины, будущей супруги Наполеона. Богарнэ, разделяя революционные идеи, тем не менее, любил порядок и дисциплину в армии, относился к солдатам с подобающим вниманием, и в нём Бернадот нашёл своего единомышленника.
После того как военное министерство практически распалось и всеми военными делами стал заправлять член Комитета общественного спасения Лазарь Николас Маргерит Карно (1753–1823), дела у французов пошли лучше. После Кюстэна и Хушарда, сменившего Богарнэ, во главе Северной армии оказался наконец способный генерал-революционер Жан Батист Журдан (1762–1833), в 16 лет начавший свою карьеру рядовым солдатом, воевавший, как и Лафайет, в Америке, ушедший по болезни из армии, проявивший себя в рядах Национальной гвардии и поставленный вопреки своей воле, под угрозой ареста, во главе армии неутомимым Карно.
Положение на фронте было сложным, и Журдану пришлось нелегко, но он прилагал все силы, чтобы оправдать доверие Комитета общественного спасения. Именно при нём Бернадот 11 июля 1793 года стал капитаном, и 8 февраля 1794 года его поставили командовать батальоном, а чуть позже, в деле под Премоном (Prémont), он командовал авангардом армии в качестве бригадного командира. На французский авангард при мощной артиллерийской поддержке обрушились тогда 10 кавалерийских эскадронов и 11 австрийских и английских батальонов, и французы скоро оказались в окружении. Бернадот организовал цепкую оборону и 7 часов держался на указанном ему плацдарме, а с наступлением ночи, получив приказ на отступление, сохраняя порядок и хладнокровие, вышел из окружения и привёл солдат к своим.
Между тем чехарда с генералами в Северной армии продолжалась. Журдан чем-то не понравился Сен-Жюсту, и на посту командующего появился очередной генерал — якобинец Шарль Пишегрю (1761–1804), человек холодный, сдержанный, молчаливый и, как выразился один из современников, «вялый, ленивый и посредственной пригодности». При нём Бернадот под Ландреси командовал левым крылом наступающей армии. Он достаточно успешно повёл наступление, как вдруг, под предлогом неудачных действий центра и правого фланга, получил приказ отходить назад. Возмущённый бригадир поскакал выяснять отношения к корпусному командиру Гогэ (Goguet). Когда он прибыл на место, то увидел, что тот кричал на отступавших солдат и обвинял их в трусости. Прямо на глазах у Бернадота какой-то пехотинец с криками: «Долой генерала!» выстрелил в Гогэ, ранил его и стал хвастаться своим подвигом. Бернадот хотел было вмешаться и наказать солдата, но раненый генерал остановил его: «Сохраняй хладнокровие, — произнёс он, — они обманулись во мне. Я ведь всего-навсего человек. Завтра они на тебя набросятся. Делай своё дело и защищай республику от врагов».