Основание для религии и бога Больцано ищет в своей логике. Он не согласен с доказательством бога у Лейбница и оспаривает доказательство Канта. Хотя Больцано и отдает должное нравственному характеру учения Канта, для него неприемлемо «практическое постулирование» важнейших истин религии, т. е. основание их на моральном сознании. Когда не имеется объективных оснований для веры в бога, свободу и бессмертие, то невозможно и верить в них. Неправильно, что если я должен, то могу, как это выходит у Канта; наоборот, если я могу, то должен. Так, больной должен быть здоров, но для этого необходимы определенные условия, возможности (см. 21, 3, 255–256). Возражения Больцано справедливы, но, конечно, и он не в состоянии дать объективного доказательства существования бога, чтобы противопоставить его субъективному, кантовскому. Философ создает логику, чтобы найти фундамент как для религии, так и для нравственности. Однако найти логическое обоснование религиозным положениям ему не удается. Бог, например, не может иметь основания, а значит, и не может быть доказано его бытие на основе фундаментальных истин. Следуя логике Больцано, доказательство бога возможно лишь посредством удостоверения, которое имеет только вероятностное значение. А вероятностные заключения являются источником заблуждений, как он сам признает. Иногда философ пытается доказать существование бога из возможности такого существования. В одном месте он заявляет: «Вывод от возможности бога к действительности не является ложным; если бытие бога не противоречит какой-либо чистой истине разума, то бог существует» (11, 12, 48–49). Слабость такого рода доказательства отмечалась многими философами, даже Кантом. Оно является в сущности вариантом онтологического доказательства бытия бога.
В действительности религия и бог оправдываются у Больцано только своим нравственным содержанием. В этом Кант и Больцано единодушны. Не нравственность основывается на религии, а религия на нравственности. Но если Кант принципы нравственности выводит из субъекта, то у Больцано они являются объективными истинами-в-себе. Религию Больцано превращает в нравственность. «Что такое религия? — спрашивает он и сам отвечает: — Она является совокупностью истин, которые ведут нас к добродетели и счастью» (цит. по: 83, 71).
Науку о нравственности Больцано относит к таким наукам, которые, подобно математике, могут быть построены аксиоматически из некоторых основных истин. Для нравственности такой истиной является основной закон. С большинством моральных правил почти все соглашаются, считает Больцано, а с высшим нравственным принципом мало кто согласен. Сам философ не может, например, принять категорический императив Канта. Он, по его мнению, слишком формален и не указывает конкретных правил нравственного поведения. Ему не будут противоречить действия, направленные к оскорблению личности. Категорический императив Канта, гласящий: «поступай так, чтобы максима твоей воли всегда могла быть вместе с тем и принципом всеобщего законодательства», — справедливо отвергается как слишком формальный не только Больцано, но и немецкими идеалистами. Однако философ не может встать и на точку зрения Шеллинга или Гегеля. Для последних нравственный закон является идеальным требованием, к которому мы приближаемся, никогда не достигая его. Больцано полагает, что требования закона должны быть выполнимы в действительности. Он не видит здесь положительной черты в гегелевском идеализме — историчности в объяснении морали — и выдвигает не менее абстрактный, чем у Канта, принцип, считая, что из него могут быть дедуцированы как все правовые, так и все моральные правила. «Не категорический императив Канта, а способствование всеобщему благу является высшим нравственным законом», — говорит он (83, 44). Такой принцип оказывается настолько общим, что применим ко всем живым существам. Среди животных, по Больцано, имеются градации: менее совершенное животное должно, если это необходимо для блага целого, приносить себя в жертву более совершенному. Общий закон конкретизируется для людей. Для них он гласит: способствуй благу целого, насколько ты можешь, сообразуясь со своими силами и взглядами (см. 21, 4, 178). Философ чувствует абстрактность сформулированного им морального закона и стремится как-то конкретизировать его, указать условия его применения. Действие, согласное принципу нравственности, является обязанностью для тех, кто находится в одинаковых условиях (см. 83, 45). Но это существенно меняет дело. В таком случае от нравственного закона остается только название: для каждой группы лиц, находящихся в одинаковых условиях, должен устанавливаться свой закон. Как и у всех просветителей, нравственные принципы основываются у Больцано на убеждении в естественности стремления человека к счастью. Его этика близка евдемонизму французских материалистов. Но сам Больцано особенно высоко оценивает этику утилитаризма И. Бентама, которую он защищает от неправильного понимания как эпикурейской (см. 83, 46). Формулировка основного нравственного принципа у Больцано близка точке зрения английского моралиста.