"Людей их пытали разными пытками и много крови пролили", — отмечает летописец.
По окончанию следствия видного военачальника Ивана Петровича Шуйского сослали в Б ел озеро и там удавили. Князя Андрея Ивановича Шуйского сослали в Каргополь и там также удавили. Других арестованных князей также разослали подальше от Нижнего Новгорода до Астрахани и там ликвидировали без лишнего шума. В этом была ошибка. Народ привык к массовым театрализованным казням времен прошлого царствования и подобные тайные убийства, выдаваемые вдобавок за самоубийства, свидетельствовали о слабости новых властей. Более того, назначенных к ликвидации официально высылали в собственные имения, там снова арестовывали, отправляли в тюрьмы отдаленных городов и только там убивали. Подобная нерешительность правительства, осмелившегося публично рубить головы только разной замешанной в интригу мелкоте, вроде Федора Нагая "со товарищи", не осталась не замеченной.
Народ воспрял, чувствуя пока не столько собственную силу, сколько ослабление противника. По Москве стали ходить подметные письма, которые, говоря современным языком, разоблачали произвол коррумпированность властей. Народ, подстрекаемый неугомонной аристократической оппозицией, снова пытался организоваться во внушительную военную силу с целью уничтожения какой-либо власти. Власть, по обыкновению, ответила свирепым террором, давая понять, что она не так слаба, как многие хотели бы думать.
"Лилась кровь на пытках, на плахе, лилась кровь в усобице боярской", — хладнокровно отмечает хроникер обычное положение вещей в стране.
В разгар новой волны правительственного террора, кто-то зарезал в Угличе царевича Дмитрия. Надо сказать, что если добрый и болезненный царь Федор очень мало походил на своего кровожадного родителя, то Дмитрий, хотя и был еще отрок, показывал все признаки будущего сильного, а значит, — и свирепого правителя. Видимо, подстрекаемый своей родней со стороны матери младенец ежедневно громогласно объявлял, кого и как он намерен ликвидировать, когда взойдет на престол. Открывал список Борис Годунов, которого царевич намеревался посадить на кол. И в гибели царевича был, естественно, обвинен Борне Годунов.
Официальная следственная комиссия, назначенная правительством, как и водится, ни к каким конкретным выводам не пришла, но народная молва и аристократическая оппозиция, начав мощную психологическую войну против властей, открыто обвиняла именно эти власти в лице Бориса Годунова в ликвидации будущего опасного царя. А то, что Дмитрий станет царем, никто не сомневался. Тающий на глазах бездетный Федор Иоанович уже был не жилец на свете. Он угасал, видя во что вылились его благие намерения править с помощью добра и общественного мира.
Вскоре после смерти царевича вспыхнул в Москве пожар, обративший в пепел большую часть столицы. Следствие установило, что это дело трех уголовных преступников: князя Щепина, Лебедева и Байкова, которые хотели под прикрытием пожара ограбить царскую казну. Несмотря на это, оппозиция обвинила в поджоге самого Годунова, хотевшего якобы таким способом отвлечь внимание от убийства царевича. Распускавших подобные слухи десятками хватали, создавая непрерывный следственно-пыточный конвейер, ежедневно выплескивавший жертвы на эшафоты и виселицы. Террор принимал такие размеры, что вынужден был вмешаться митрополит Дионисий.
"Видя многое убийство и кровопролитие неповинное, — писал летописец, — он вместе с крутицким архиепископом Варлаамом начал говорить царю о многих неправдах Годунова". Видимо, печальный пример митрополита Филиппа не отучил церковь вмешиваться в дела властей, и она, нуждаясь в новом примере, его получила.
Дионисий и Варлаам были "освобождены от сана”, а в митрополиты возведен ростовский архиепископ Иов, полностью преданный Годунову.
Брожение и напряженность в стране, по обычаю, хотели ослабить внешней войной, начав сосредотачивать войска против Швеции. Но в это время под Москвой внезапно объявился крымский хан Казы-Гирей "с огромною силою”.