Но ничего не помогало. Водочные бунты, хлебные бунты, медные бунты (когда царь решил всю "конвертируемую" валюту взять себе, а подданным оставить одну медь), восстания в столице, в Новгороде я Пскове. Казни, карательные экспедиции, виселицы, плахи, костры. Измученный смутами, раздираемый интригами фаворитов (родственниками первой и второй жен), Алексей Михайлович внезапно скончался, не дожив до 47-ми лет, оставив 11 детей, нажитых в двух браках. Получив прозвище "тишайшего", Алексей Михайлович не был по натуре свирепым или даже злым человеком. Напротив, почти все современники отмечают, что он был весел и добродушен. Он вынужден был вести войну, которую не начинал и, разумеется, не в силах был закончить, хотя и пытался придерживаться методики великого Иоанна.
Московское царство раздиралось политическим, экономическим, социальным и идеологическим кризисами. После смерти Алексея Михайловича к этому прибавился и кризис власти, поскольку его старшие сыновья оказались совершенно неспособными к управлению таким государством как Московская Русь. В 1686-м году случилось то, что со страхом правительство ожидало уже давно: началось восстание войск Московского гарнизона.
Формальным поводом к мятежу послужила внезапная смерть царя Федора (по Москве и России ходил упорный слух, что он был отравлен Нарышкиными — родственниками новой царицы) и возведение на престол сразу двух царей-малолеток (от первой и второй жен) Ивана и Петра. Стрелецкое войско, составлявшее элиту тогдашних вооруженных сил, было главной опорой правительства, особенно в царство Алексея Михайловича, когда бунты и восстания обрушивались на кремлевские стены с беспрерывностью океанского прибоя. Однако, непрекращающийся национальный кризис не мог не коснуться и стрельцов, среди которых, кстати сказать, было немало тайных раскольников. В большой степени этому способствовало и отношение командования к рядовым, которое было таким же, как и повсюду в России: полное отсутствие взаимного уважения, глухая неприязнь и полный произвол.
Полковники обкрадывали стрельцов, заставляя работать на себя, вынуждали приобретать за свой счет обмундирование, которое должно было идти "от казны", присваивали себе их жалование. Еще во времена сражений с армией Степана Разина среди стрельцов было брожение и сильно чувствовалось падение дисциплины. Еще при жизни царя Федора стрельцы подали коллективную жалобу на своих командиров, но вместо решения вопроса, челобитников, как и водится, перепороли кнутом. Это "мудрое” действие слепого от страха правительства привело к открытому мятежу. Нескольких полковников убили, традиционно бытовавшим у стрельцов способом: их втаскивали на башни и оттуда сбрасывали на землю. Боясь лишиться своей практически единственно! опоры в стране, правительство пошло на компромисс, откупившись от стрельцов деньгами и не только освободив их от ответственности за убийство полковников, но и прикрыв самосуд арестом многих других командиров.
Всего этого было достаточно, чтобы стрельцы почувствовали себя преторианцами — явление неизбежное в тоталитарной стране, где армия является единственным гарантом лигитимности властей и спокойствия в государстве. Сразу после смерти царя Федора по Москве был распространен слух об убийстве Нарышкиными царя Ивана и о желании Ивана Нарышкина провозгласить царем самого себя. Было ли это результатом спланированного заговора или стихийным взрывом давно накопленной ненависти, трудно сказать, но утром 15-го мая стрельцы в полном вооружении стянулись к Кремлю и без боя ворвались в него, так как охрана Кремля состояла также из стрельцов, которые примкнули к мятежу.
Убив по дороге несколько человек, стрельцы окружили Красное Крыльцо перед Грановитою палатой и громко требовали головы Ивана Нарышкина, якобы виновного в убийстве царя Ивана. Напрасно перепившей с утра толпе вооруженных солдат выносили и показывали живого Ивана, напрасно царица Наталья и ее названый отец боярин Матвеев пытались успокоить солдат, — ревущая толпа продолжала требовать головы Ивана Нарышкина.
Вызванный к стрельцам командующий всеми их соединениями князь Михаил Долгорукий пытался призвать своих подчиненных к повиновению, не найдя ничего лучшего в создавшейся обстановке, как пообещать их всех поголовно перевешать. Другого языка с подчиненными он просто не знал. Командующего схватили и сбросили с крыльца на поднятые копья, а затем рассекли на части секирами.