Следующим схватили боярина Матвеева, оторвав его от плачущей царицы Натальи, державшей на руках малолетнего Ивана. Матвеева подняли на копье и рассекли на части.
Убийства происходили и в городе, перерастая в грабежи. "Всякая деятельность правительства прекратилась, — отмечает историк. — Не было никого, кто мог бы или захотел принять какие-либо меры против мятежников. Жизнь всех сановников оказалась в страшной опасности. Судьи, дьяки, подьячие, приказные люди спрятались, кто где мог". Столица была отдана на разграбление собственной армии.
Ворвавшись в царский дворец, стрельцы начали повальный обыск палат и прочих помещений. Стоявшие в карауле у входа стрелецкие офицеры Горюшкин и Юренев, пытавшиеся преградить им дорогу, были изрублены в клочья. Стрельцы переворачивали все помещения вверх дном, протыкая копьями перины и подушки, в поисках Ивана Нарышкина. Первым был убит молодой стольник Федор Салтыков, кем-то принятый за Нарышкина. Думный дьяк Ларионов был найден в сундуке. Его подняли на копья и изрубили на части. В городе был разграблен дом дьяка и убит его сын. Под престолом церкви Воскресения в Сенях был обнаружен Афанасий Нарышкин. Он был вытащен за ноги на крыльцо, оброшен на копья и изрублен. Между Чудовым монастырем и Патриаршим двором были схвачены князь Григорий Ромодановский с сыном Андреем. Обоих подвергли истязанию и зарубили.
"Любо ли? Любо ли?" — кричали стрельцы, поднимая на копьях тело очередной жертвы. "Любо! Любо!" — ревела пьяная толпа.
Изуродованные тела убитых тащили на Красную площадь с криками и улюлюканьем. В городе стрельцы ворвались в дом князя Юрия Долгорукова. Сначала они извинились за убийство его сына Михаила, а потом зарубили больного старика и выбросили его тело в навозную кучу.
Были разграблены приказы, горели архивы, особенно Холопского приказа.
На следующий день бесчинства продолжались. Стрельцы продолжали рыскать по дворцу: убили думного дьяка Кириллова, зарубили еще одного своего полковника Дохтурова и требовало выдачи иноземного врача Даниэля, виновного якобы в отравлении царя Федора. Врача найти не удалось, но зато были убиты его помощник и 20-летний сын. Хотели умертвить отца царицы Натальи, которая плача на коленях вымолила отцу жизнь с условием, что тот немедленно пострижется в Кнрилло-Белозерском монастыре. В сердцах был убит подвернувшийся под руку юноша — дальний родственник Нарышкиных. Продолжали искать Ивана Нарышкина, но так и не найдя его (он был удачно спрятан в чулане за ворохом подушек), "толпа с криками и непристойными ругательствами вышла из Кремля, поставив у всех ворот караулы".
Бесчинства и убийства волна за волной прокатывались по столице. В одном из домов был найден видный государственный деятель времен царя Федора — Языков. Его притащили за ноги на площадь и отрубили голову.
Рано утром 17-го мая в Немецкой слободе поймали в одежде нищего и в лаптях царского врача Даниэля. "Напившиеся до безобразия стрельцы, — пишет историк, — в одних рубахах с бердышами и копьями шли огромною толпою к дворцу, ведя впереди свою жертву". Напрасно царица и царевны уверяли стрельцов, что доктор ни в чем не виноват, что они сами пили то лекарство, которое давали царю. Даниэля отвели в застенок, пытали огнем и клещами, а потом рассекли на части, подвесив вниз головой.
Затем они объявили беспомощным царице и царевнам, что перебьют их всех вместе с детьми, если им не укажут, где скрывается Иван Нарышкин. Обезумевшие от ужаса женщины, отлично понимая, что это не просто угроза, стали уговаривать Ивана Нарышкина пожертвовать собой ради них и детей. Иван согласился. Он причастился святых Тайн и, неся перед собой икону Богородицы (в надежде, что стрельцы убоятся ее), в окружении царицы и царевен вышел к стрельцам. Стрельцы, выбив икону из его рук в грязь, нисколько не стесняясь присутствия женщин, с громкой матерной бранью бросились на Ивана, схватили несчастного за волосы, стащили по лестнице, проволокли через весь Кремль в Константиновский застенок, ломали на дыбе, жгли огнем, дали 50 ударов кнутом, выволокли затем на Красную площадь, подняла на копья, изрубили на мелкие куски и с дикой руганью втаптывали эти куски в грязь.
Разгромив Холопий приказ, стрельцы объявили свободу холопам и слугам боярским, сдетонировав тем самым восстания в окрестностях Москвы и в провинциях. В итоге, устав от крови и бесчинств, великолепно осознав слабость власти, стрельцы дали себя уговорить прекратить кровавую вакханалию в столице. Они не только не понесли никакой ответственности за убийства видных государственных деятелей и сановников государства, но потребовали, чтобы имущество убитых было конфисковано и роздано им. Кроме того, они потребовали себе единовременного пособия — каждому 10 рублей серебром и выплаты задолженного жалования в 240 тысяч рублей.