В Совете нового департамента главным был де Воллан, вторым по значимости генерал Трузсон, а третьим (его в Совет включили временно) генерал-майор Завалишин.
К началу 1810 года удалось подобрать руководителей для десяти округов. Бетанкур старался найти опытных инженеров-генералов, но их не хватало, и он был вынужден в пяти округах рекомендовать корпусных полковников. Для Корпуса инженеров путей сообщения де Воллан и Бетанкур смогли согласовать с принцем только 92 кандидатуры — оставалось ещё около 90 незаполненных вакансий. В стране катастрофически не хватало инженеров-путейцев.
Ещё до подписания царем Высочайшего манифеста 15 сентября 1809 года инспектором Института Корпуса инженеров путей сообщения был назначен Августин де Бетанкур. В особом указе Александр I отмечал: «Я удостоверен, что генерал-лейтенант Бетанкур по известным его знаниям и ревности к службе, приняв на себя звание, особенно будет полезен в прочном сего заведения устроении».
Русский царь был очень доволен работой Бетанкура и полностью на него полагался. Свою же задачу Августин понимал так: «… снабдить Россию инженерами, которые прямо по выходе из заведения могли бы быть назначены к производству всех работ в Империи».
Для этого учебные программы должны были сочетать глубокие теоретические знания, прежде всего физики и математики, с практическими навыками инженерного дела. Бетанкур ввел одновременную общенаучную (фундаментальную), общеинженерную и специальную подготовку, что было неслыханно для того времени.
Основы этой программы выдержали проверку временем и стали образцом для других высших технических заведений России, открывавшихся в XIX веке. Новаторская организация преподавания рождала инженеров нового поколения, способных проектировать и создавать самые различные объекты без последующего доучивания и переквалификации.
К 20 ноября 1809 года у Бетанкура были готовы почти все учебные планы и программы, но впереди ждала огромная по своему масштабу дальнейшая работа. Сначала нужно было освоить территорию, отведенную под строительство института. Она располагалась на пересечении двух главных транспортных артерий Петербурга — Обуховского проспекта, переходящего в Царскосельскую дорогу, и реки Фонтанки: по ней город снабжался продовольствием, дровами, фуражом и строительными материалами.
Отложив работу в Твери, Бетанкур уехал в столицу, где в Каменноостровском дворце встретился с Александром I и проговорил с ним несколько часов — всё это время французский посланник Коленкур терпеливо ждал царской аудиенции. Было решено, что казна выделит необходимую сумму для приобретения Юсуповского дворца и прилегающей к нему территории, общей площадью более двадцати тысяч квадратных саженей. Потом дворец нужно было спешно переоборудовать под учебный корпус. Инспектору Института Корпуса инженеров путей сообщения Величайшим соизволением указывалось вместе с семьёй проживать в нём. Бетанкур получил право по своему выбору приглашать иностранных преподавателей в любом количестве и на любой срок без предварительного согласования с кем бы то ни было, учебные программы — формировать с учётом мнения Учёного собрания Института, но при непосредственном наблюдении инспектора. Тогда же в Каменноостровском дворце было решено создать институтскую библиотеку, учебный кабинет и мастерские, где учащиеся могли на практике знакомиться с различными техническими моделями и инженерными инструментами. Во Франции закупили их образцы, и уже в первой половине 1810 года они были доставлены в Петербург. Кроме того, царь распорядился, чтобы европейские послы искали и приглашали в Россию лучших преподавателей по инженерным специальностям.
Дворец князя Юсупова на Фонтанке, у Обухова моста, был куплен за сущую безделицу — триста тысяч рублей ассигнациями. Вот что писал по этому поводу будущий помощник Бетанкура Филипп Филиппович Вигель: «Продавец построил его на славу, по образцу отелей Сен-Жерменского предместья, между двором и садом, с тою только разницей, что на пространстве, ими занимаемом, можно было бы построить три или четыре парижских отеля. Все ученики были своекоштные, и не только ни один из них не имел жительства в институте, ни даже права заглядывать в сад, ему принадлежащий. Всем пользовались заведующие им иностранцы. Он состоял под управлением особого директора, над которым были ещё принц Ольденбургский, в виде попечителя или покровителя, и генерал Бетанкур, под названием главного начальника института. Занимаясь разными проектами и планами, сперва потешал он ими императора; но тут, по учреждении института, коего был он настоящим основателем, можно сказать, приобрел он оседлость.