Тот факт, что никто не хотел идти на конфронтацию с немцами, привел к компромиссу, который с самого начала ослабил Управление Верховного комиссара. Во время предварительных обсуждений немецкий представитель в Лиге дал понять, что Германия воздержится от своего права вето только в том случае, если новый орган по делам беженцев не будет официальным учреждением Лиги. Таким образом, антиеврейская политика Германии не могла стать темой для обсуждения на Генеральной ассамблее Лиги. Эта просьба имела далекоидущие последствия: вновь созданная Верховная комиссия оставалась учреждением, не подотчетным самой Лиге, а комиссар не имел права отчитываться о своей деятельности перед Генеральной ассамблеей Лиги. Таким образом, Верховная комиссия оставалась несколько маргинальным институтом в кругах Лиги. Это «дистанцирование» даже приобрело конкретную форму с предложением Генерального секретаря Лиги Жозефа Авеноля, чтобы комиссар проживал в Лозанне, на известном удалении от штаб-квартиры Лиги в Женеве. Из-за нежелания стран – членов Лиги финансировать новое учреждение оно поддерживалось почти исключительно за счет частных средств, в основном еврейских организаций. Верховный комиссар получил из фонда Лиги 25 000 швейцарских франков на организационные цели, но это был всего лишь займ, который должен был быть погашен в течение года. Такими ограничениями Авеноль надеялся успокоить немцев, которые собирались покинуть Лигу.
В итоге первым Верховным комиссаром был назначен Джеймс Г. Макдональд, гражданин США. Его выбрали в основном потому, что эта кандидатура могла бы быть принята немцами. Макдональд имел тесные контакты с Германией и выражал свои симпатии к этой стране, защищая ее от обвинений в военных зверствах в ходе Первой мировой войны. На самом деле правительство США выступало против назначения гражданина США на пост Верховного комиссара, опасаясь, что это может подорвать иммиграционную политику Соединенных Штатов. Инициаторы создания нового института в рамках Лиги надеялись, что этот выбор позволит привлечь Государственный департамент США к усилиям по решению проблемы беженцев, даже несмотря на то, что США не являются членом Лиги. При поддержке Американской ассоциации внешней политики, председателем которой он был в течение многих лет, Макдональд в течение нескольких месяцев лоббировал создание Высшей комиссии. Однако в основном на него оказывали давление еврейские организации, и в определенном смысле создание отдельного учреждения, занимающегося вопросами беженцев, было их достижением.
Хотя Верховный комиссар не был подотчетен Генеральной ассамблее Лиги, он должен был отчитываться перед руководящим органом. В состав Комиссии входили представители 12 государств: Бельгии, Великобритании, Дании, США, Франции, Италии, Нидерландов, Польши, Швеции, Швейцарии, Чехословакии и Уругвая. Большинство правительств ожидали без огромных заявлений, что их представители сделают все возможное, чтобы направить беженцев в другие страны. Реальный интерес к деятельности Верховной комиссии проявили только страны, принявшие значительное количество беженцев, но они лишь хотели использовать ее как инструмент для избавления от «своих» беженцев. Франция, например, была убеждена, что единственная задача Верховного комиссара – расселение: быстрая эвакуация беженцев из принимающих стран. Французский делегат Анри Беранже выразился прямо: «Франция – это “коридор”, а не “пристанище”» («La France c’est un passage, pas un garage»).
Помимо руководящего органа, для оказания влияния на политику Верховного комиссара был создан Консультативный совет, состоящий из представителей организаций, занимающихся оказанием помощи беженцам. Несмотря на конкуренцию между различными организациями, Совет играл важную роль в оказании поддержки беженцам в практических вопросах. Более того, наиболее влиятельные организации в Совете, такие как Американский еврейский объединенный распределительный комитет (American Jewish Joint Distribution Committee, AJDC, «Джойнт» – организация, оказывающая помощь евреям, живущим за пределами США, которые находятся в опасности или испытывают нужду), Палестинское еврейское колонизационное общество (Palestine Jewish Colonization Association, PICA, или ICA), сыграли важную роль в финансировании Верховного комиссара, в то время как государства, представленные в руководящем органе, отказались нести какое-либо финансовое бремя. Одной из главных проблем, которую должен был решить Макдональд, был перевод еврейской собственности из Германии, что позволило бы еврейским эмигрантам начать новую жизнь за границей. Главным препятствием, мешавшим деятельности Верховного комиссара, был тот факт, что ему не хватало поддержки со стороны государств – членов Лиги, а немцы отказались даже принять его. Они утверждали, что их антиеврейская политика была внутренним делом не только из принципа, но и потому, что они не желали идти на какие-либо компромиссы в вопросе экспорта еврейских активов, поскольку, согласно их антисемитской пропаганде, евреи достигли своего богатства только за счет эксплуатации и обмана германских неевреев. В результате Макдональд практически ничего не мог сделать для ускорения решения этой конкретной проблемы и, как следствие, уделял больше внимания другим аспектам проблемы беженцев.