На 14 юли 1807 година цялата тази армия тръгна от Едирне, предвождана от Мустафа Байрактар. Беше немислимо пред толкова голяма армия да се изправи малкият корпус на Атанас и да ѝ се даде голямо сражение. Еничарският командир прецени правилно това и остана в казармите на Топкапъ, за да пази султана. На 26 юли войските на Мустафа пристигат пред вратите на Истанбул и самият Мустафа IV отиде да приеме техните условия. Атанас го придружаваше. Като го видяха, Емин ага посърна, защото много добре си спомняше кой пазеше Станимака, докато неговите кърджалии атакуваха града. Байрактар за малко щеше да скочи срещу него, а Кьосе Муса някак гузно се сви. Изискването на метежниците беше само едно – да се свали от власт в момента управляващата партия. Атанас знаеше, че ако султанът се съгласи, това означава той и Аттауллах ефенди да послужат за изкупителни жертви и скоро отсечените им глави да се търкалят на Ат мейдан. През всичките тези години той беше изучил внимателно историята на еничарите и Империята и знаеше, че нещата обикновено така се случваха.
Атанас беше решил да се бори за живота си докрай, тъй като осъзнаваше, че като християнин ще бъде най-бързо пожертван. В следващите два дни остана затворен с войската си в еничарските казарми. Всеки момент очакваше предателство от страна на султана, затова забрани на еничарите да излизат и да дежурят в Топкапъ сарай. Накара най-близките му подчинени да му се закълнат във вярност и зачака. Във всеки момент, в който заспеше, сънуваше как немите, е отрязани езици, джелати на султана идват да го убият. Те бяха без езици, за да не могат да говорят. Нарочно не ги учеха на четмо и писмо, така никой от тях не можеше да разкаже какво са видели очите му. Той знаеше, че за принцовете и султанското семейство е отредена смъртта на благородниците – те биваха удушавани с копринена връв, а за останалите се полагаше пробождане е кама, а след това обезглавяване. Въпреки това вечер, когато дори само за миг затвореше очи, той си представяше промъкващи се към него джелати с гароти (гарота – оръжие от две малки дървени пръчици и връв помежду им. С това оръжие обикновено се задушавали хора, особено при нападение в гръб) в ръце. Заради този сън той не можеше дори за миг да затвори очи. Нещата обаче не станаха така, както си мислеше. След два дни чакане Мустафа Байрактар не издържа и с войските си обгради двореца. Атанас стоеше блокиран вътре. За следващите събития той разбра едва по-късно.
След като дворецът бил обграден, Мустафа IV разбрал какво следва, но дори и в този момент не помислил да предаде съюзниците си, сред които беше и Атанас. Вместо да заповяда да отсекат главите на съюзниците си, той накарал джелатите си да екзекутират Селим и брат си – принц Махмуд. Махмуд също като него бил син на Абдулхамид I, но майка му била Накшидил султан, която била французойка. Той направил това, за да остане единствен наследник от рода на Осман и метежниците да не могат да му направят нищо.
Джелатите заварили нищо неподозиращия Селим III да свири на саз. Той само успял да замахне е инструмента си срещу своите убийци, които ловко го удушили с копринена връв. Тялото на мъртвия вече бивш султан било хвърлено от Топкапъ в краката на Мустафа Байрактар. Русенският аянин се хвърлил върху трупа на султана и се разплакал, както казват неговите привърженици, за загубените надежди на цялата държава и бъдещето на Османската империя. Атанас подозираше, че е плакал за себе си и собствения си живот, защото, ако и принц Махмуд беше убит, за Байрактар не оставаше никакъв изход освен да се самоубие. Събитията налагали да се действа незабавно, защото в същия този момент джелатите бързали към покоите на Махмуд. Когато пристигнали там, прислужникът на принца, който се казвал Чеври калфа, веднага разбрал за какво става въпрос. Той сграбчил с голата си ръка въглени и гореща пепел от огнището и ги хвърлил в очите на джелатите. Немите убийци били изгорени и объркани, те за миг се забавили, а и трябвало да убият прислужника. Това време било използвано от Махмуд, който побягнал. Той се качил на покрива на покоите си и се скрил. В същото време войската на Мустафа Байрактар разбила дворцовата врата и се втурнала в двореца. Незабавно Мустафа IV бил свален от престола и на негово място бил поставен брат му Махмуд II.