Однак дехто з істориків стверджує, що падіння Івана Виговського сталося не через масове народне повстання, а через незадоволення його старшини. Полковники і вищі посадовці після Конотопа одержали новий варіант Гадяцької угоди, яку ратифікував польський сейм. Як ми вже говорили, поляки внесли в текст корективи на свою користь, вольностей козаків поменшало. Саме це розлютило верхівку козацької держави. Не слід відкидати і інші причини перевороту. І альтернативний гетьман Безпалий, і російські представники (лідерство в цьому взяв на себе воєвода Шереметєв) продовжували агітувати проти Виговського. Від Москви вони одержали дозвіл дещо обіцяти полковникам. Розуміли, ймовірно, старшини і непопулярність політики Виговського. Чи не вирішили вони врятувати самих себе від народного гніву через «здачу» свого ватажка, який таким чином був оголошений чи не єдиним винуватцем в польських зв'язках? Нарешті, далися взнаки і амбіції авторитетних козаків. Іван Виговський цілком природно не мав тієї харизми і сили, що були у Богдана Хмельницького. Тому його спроби посилити свою владу неминуче повинні були наштовхнутися на спротив опозиції, що сама бажала більше влади. В тому числі — у вигляді булави. Все ж таки Україна не була монархією, а демократичні засади потребують довшого розвитку.
Отже, у вересні-жовтні 1659 року проти гетьмана вже ведеться відкрита боротьба багатьма козацькими чинами. Від Виговського відвернувся Іван Богун, на півдні виступив славетний лідер запорожців Іван Сірко — принциповий ворог кримських татар, а як слід — усіх, хто з ними дружить. До бунту вдаються мешканці деяких міст і сіл. Жертвою такого повстання пав соратник гетьмана Юрій Немирич, якого селяни зарубали біля села Свидовця Козелецького повіту. Змову проти Виговського організують претенденти на гетьманські клейноди — полковники Т. Цецюра, В. Золотаренко, Я. Сомко. На той момент переяславський полковник Цецюра грав між ними провідну роль. Вже ЗО серпня Шереметєв доповідав цареві, що полковники били чолом і присягнули. Серед старшини шириться думка, що Виговського потрібно замінити на Юрія Хмельницького, який поступово залишається єдиним претендентом. До нього переходить навіть брат Івана Євстахійовича Данило, який був одружений на сестрі Юрія. Розуміючи небезпечне становище гетьмана, свій захист запропонував йому О. Потоцький. Виговський погодився переїхати з Чигирина до нього в обоз, що був розташований в Гребінках неподалік від Білої Церкви. Незабаром більшість полків були вже готові підтримати молодшого Хмельницького. 10 тисяч чоловік зібрались біля нього в Германівці.
11 вересня на раді в Германівці гетьман спробував спростувати всі звинувачення, пояснити позитивність досягнутих з поляками домовленостей. Схоже на те, що він сам не очікував настільки різкої реакції присутніх. Гетьман ледве встиг залишити Германівку з купкою вірних козаків, бо йому загрожувала страта на місці. Верещага і Сулима, яким Виговський доручив зачитати на раді Гадяцькі пункти, були порубані. Група Цецюри звинуватила Виговського в тому, що він «продав козацьку волю за польські шляхетські привілеї». Згодом почалося знищення вірних гетьману людей по всій Україні. Про спалахнувше полум'я громадянської війни очевидець писав: «Одно містечко воює проти іншого, син проти батька, батько проти сина — страшне тут твориться вавилонське замішання». Противники Виговського закликали на Україну того ж таки Трубецького, який мусив рятуватися від гетьмана на початку липня. Князь зібрав свої полки, а потім вийшов на Лівобережжя, захоплюючи місто за містом і приводячи всіх до присяги на вірність цареві. Шереметєв послав до нього військо з Києва, яке попалило і зруйнувало дощенту Гоголів, Вороньків, Трипілля, Стайки, Макарів, Горностай-поле і ще багато інших містечок, сіл і хуторів, «а людей, — пише літопис, — і великих, і дітей, і жінок — усіх до ноги вибило».
Тим часом прибічники Юрія Хмельницького перенесли засідання ради до Жердева, поблизу Канева. Богданів нащадок був обраний гетьманом, а Виговський, розуміючи програш своєї справи, добровільно передав йому гетьманські клейноди — булаву та бунчук. При цьому Іван Євстахійович поставив умову, щоб його жінку Олену з маленьким сином Остапом Юрій Хмельницький випустив із Чигирина. Незабаром так звану «асекурацію» — документ, що підтверджував гарантії особистої безпеки — Виговському привіз Петро Дорошенка разом з генеральним обозним Т. Носачем і героєм оборони Конотопа Г. Гуляницьким. До речі, деякі історики саме Дорошенко, який стане гетьманом Правобережжя через шість років, вважають тайним керівником антигетьманського заколоту. Крім того, новий гетьман обіцяв відпустити дружину свого колишнього опікуна. Але Юрій Богданович зламав своє слово й не випустив Олену Виговську, якій довелося майже рік прожити в Суботові під сторожею. Він нібито навіть мав намір видати її з дитиною царському уряду. Гірка доля спіткала інших родичів Виговського. Заарештовані були його брати — Данила і Юрій, небіж Ілля. їх забрали до Москви, а потім заслали до Сибіру. Данило Виговський вмер по дорозі, в Калузі, можливо, не витримавши катування.