Началось испытание на прочность характеров. Распространялись непристойные памфлеты о Бланке Кастильской, "шлюхе легата"; другие интеллектуальные центры попытались воспользоваться оттоком парижских преподавателей. "Приезжайте в Оксфорд", — зазывал их Генрих III; "В Нант", — предлагал Пьер Моклерк; "В Тулузу", — настаивал Раймунд VII. Власти Тулузы распространяли листовки, в которых рассказывали о преимуществах своего города: Аристотель, который запрещен в Париже, разрешен у нас, а тулузские женщины очень красивы. Но большинство преподавателей перебрались в Анжер и особенно в Орлеан.
В самом Париже некоторые воспользовались этим исходом. Канцлер Нотр-Дам, Филипп де Грев, осудил магистров университета, которых в своей проповеди назвал "бойцовыми петухами"; епископ высказался за возвращение монахов-учителей в Сент-Катрин-де-ла-Кутюр, а Бланка выделила 300 ливров на строительство их церкви. В первую очередь от кризиса выиграли доминиканцы с улицы Сен-Жак, которых поддерживала регент. 1229 год ознаменовался началом проникновения нищенствующих монашеских орденов в Университет, что впоследствии станет причиной серьезных конфликтов между монахами и светскими священниками. Нищенствующие монахи завладели тремя кафедрами теологии: двумя доминиканцы и одной у францисканцы.
Однако Папа начал беспокоиться. Он был покровителем Университета и опасался, что его распад ослабит богословские исследования главного интеллектуального центра христианства. 24 ноября он направил Бланке и Людовику довольно откровенное письмо, в котором напомнил им о незаменимой роли Университета в борьбе с ересью. Он порицал епископа Парижа и, игнорируя аргументы посланников Бланки, Гийома д'Осерра и Этьена Баутеля, поручил трем своим представителям, епископу Ле-Мана Морису, магистру Жану, архидиакону Шалона, и магистру Адаму де Шамбли, найти компромисс.
Но процесс затянулся. К концу 1229 года ничего не было решено. 2 апреля 1230 года Папа вновь выразил свое недовольство и попросил магистров прислать делегатов, а епископ Гийом Овернский с канцлером также отправились в Рим, к ним присоединился и легат. Только через год, в апреле 1231 года, было достигнуто соглашение. Судебные привилегии Университета, дарованные Филиппом Августом, были возобновлены; король выплатил компенсацию за насилие, совершенное его сержантами; буржуа были подвергнуты штрафам за приставания к студентам; епископ Парижа, аббаты Сен-Женевьев и Сен-Жермен-де-Пре, каноники капитула Сен-Марсель поклялись не причинять больше вреда членам Университета, которым было дано право на забастовку, если через пятнадцать дней после убийства одного из них виновные не будут наказаны. Наконец, была назначена комиссия из двух магистров и двух буржуа для проверки соблюдения порядка налогообложения арендной платы за комнаты для студентов. Папская булла Parens scientiarum от апреля 1231 года стала своего рода уставом Университета, и мало-помалу магистры и студенты возвратились в Париж.
Эти меры были дезавуированием непримиримого отношения Бланки Кастильской к Университету. Ее имя нигде не появляется на заключительных этапах переговоров, и в своей Chronique universelle (Всеобщей хронике), написанной в конце XIII века, монах из Сен-Дени Гийом де Нанжи ставит молодому королю в заслугу то, что он понял важность Университета для своей столицы и заставил буржуа уступить магистрам, чтобы облегчить их возвращение. Он ни разу не упоминает о роли Бланки в этой истории:
В том же году (1229) в Париже возникли большие разногласия между клириками и горожанами, и горожане избили некоторых клириков; по этой причине университетские покинули Париж и отправились в различные провинции. Когда король увидел, что изучение литературы и философии, посредством которых приобретаются сокровища ума и мудрости, стоящие дороже всех других сокровищ, прекратилось в Париже и что оно покинуло Париж, придя из Греции и Рима во Францию, кроткий и мягкий король очень беспокоился и сильно боялся, что столь великие и богатые сокровища уйдут из его королевства, потому что богатство спасения полно смысла и знания, и потому что он не хотел, чтобы Господь упрекнул его: "Так как Ты изгнал и удалил знание из Царства Твоего, то знай, что Ты удалил Себя от Меня". Король вскоре созвал клириков и горожан, и сделал это так хорошо, что горожане удовлетворили клириков за проступки совершенные против них.