Смерть улюбленого сина Тимоша тяжко позначилася на здоров'ї гетьмана Богдана і викликала тривалу депресію.
Трагічною виявилась і доля молодшого сина гетьмана Богдана Юрія. Саме його Богдан незадовго до своєї смерті визнав за свого наступника на гетьманство.
У народній легенді середини XIX ст., яку записав П. Куліш, переповідалось, що «Хмельничанко, обусурманившись, збив пушкою з гори верх батьківської церкви, бажаючи дістатись батьківських грошей, які, кажуть, були замуровані на горищі церкви. Він прийшов за ними до Суботова, та боявся, бо тут стояло військо, то вже зі злості хотів розбити церкву… Хмельничанко живе й досі. Наші старі чумаки розказували, що бачили його в горах на свої очі. І при зустрічі він і сам казав, що «я син Хмельницького». Його ссе гадина, і він буде мучитись та блукати поміж горами аж до Страшного суду; а тоді вже Господь його простить, що обусурманившись хотів розбити батьківську церкву».
Старий Хміль нічого не шкодував, аби виховати Юрія справжнім козаком. Молодий гетьманич дістав непогану домашню освіту, був добре обізнаний із Святим Письмом, міг читати й писати не лише українською, але й церковнослов'янською, польською, грецькою та латинською мовами, хоч і поступався в цьому своєму батькові. Вчився Юрій Хмельницький і в Києво–Могилянському колегіумі, але недовго, бо через погіршення здоров'я Богдан повернув сина до Чигирина. Пізніше, вже як гетьман, Юрій Хмельницький ствердив батьківський привілей колегіуму, зазначивши, що він сам був колись його учнем. Відомо також, що одним із вчителів гетьманича в колегіумі був видатний український письменник, філософ і теолог Іоаннікій Галятовський. Повернувшись додому, Юрій Хмельницький продовжив науку. В одному з документів 1656 р. називається ім'я домашнього вчителя гетьманича — ченця Києво–Печерської лаври Іларіона Добродіяшка.
Незадовго до своєї смерті, у квітні 1657 p., гетьман Богдан домігся, щоб козацька рада проголосила Юрія гетьманом України. Шістнадцятилітнього гетьманича було обрано на батьківське місце одноголосно, і старий гетьман іще за свого життя подбав про визнання цього державно–династичного акту з боку сусідніх держав. Юрія визнали законним наступником свого батька Москва, Швеція, Польща, Семигород, Волощина, Молдавія, Крим і Туреччина.
Юрію Хмельницькому, з волі Москви, потім Варшави і, нарешті, Стамбула, випало тричі тримати гетьманську булаву (1659–1662,1677–1681,1685), але без особливого успіху. За своє коротке життя Юрієві довелося бути і промосковським в'язнем–ченцем, і в'язнем польської тюрми, і в'язнем турецьких казематів, За поширеною версією, він загинув 1685 р. від рук турків. Отож, у життєвій долі «нещасливого Богданового сина», як у краплині роси відбивається сонце, віддзеркалилась тогочасна недоля України, яка після смерті Богдана Хмельницького стала об'єктом настирливих домагань одночасно Московії, Речі Посполитої та Османської імперії.
У Богдана був ще й третій син, який не дожив до 1651 р. Дехто з істориків припускає, що ім'я його Остап. Він також помер неповнолітнім, дуже побитий посіпаками Чаплинського під час нападу на Суботівський хутір 1647 р.
Здається, менше було турбот із доньками — розумницями та красунями, вихованими матір'ю у кращих родинних традиціях: працьовитими, гарними господинями, вірними козацькими подругами та дружинами, цнотливими та гордими, для свого часу високоосвіченими.
Найенергійнішою з–поміж них і не позбавленою політичних амбіцій була, мабуть, найстарша (або одна зі старших) — Олена. Спершу вона — дружина полковника і наказного гетьмана Данила Виговського (брата майбутнього гетьмана Івана Виговського). Вдруге Олена була повінчана в Суботові 1660 р. з колишнім переяславським полковником, згодом генеральним писарем та гетьманом (1662–1665) Павлом Тетерею. Олена і Данило Виговські мали двох синів — Юрія та Василя. Політичне честолюбство довело Олену до конфлікту з чоловіком та її ув'язнення. Після розлучення з П. Тетерею Олена стала черницею й у Вільнюсі перейшла в уніатство.
З другою донькою Богдана, Степанидою, 1650 р. одружився білоруський (могилівський) полковник Іван Нечай.
Про долю третьої доньки — Катерини — відомо дуже мало. Вона ходила за батьком під час його хвороби; ймовірно, що серія династичних проектів 1654 р. пов'язана з особою Катерини (але це могли бути й інші доньки). У 1654 р. Богдан нібито сватав свою доньку за сина брата російської цариці Марії Милославської. У червні–жовтні 1654 р. ширилися чутки, що Б. Хмельницький сватає дочку за Мігая, сина Ніколя Петрашку (і внука волоського господаря Мігая Хороброго), який міг претендувати на молдавський престол. Коли ця комбінація реалізована не була, гетьман висунув новий проект: віддати доньку за племінника трансільванського князя Д'єрдя (Юрія) II Ракоці. Але з династично–шлюбної лихоманки 1654 р. нічого не вийшло.
Одна з дочок Богдана (зі старших) була дружиною Лук'яна Мовчана. Їх син Федір зробив блискучу військову кар'єру — в 1675–1678 pp. був стародубським, прилуцьким полковником, командував іншими козацькими полками, мабуть, саме тому, що був онуком Богдана. Інша донька, треба думати також зі старших, була дружиною корсунського сотника Блиська, що загинув 1654 р. У 1649 р. в Чигирині біля гетьмана був його зять Павло, очевидно, чоловік однієї з дочок Богдана, ім'я котрої невідоме. Про Павла говорили як про дорадника гетьмана. Можна припустити, що у Богдана було не чотири малолітні доньки, а принаймні шість.
Кілька слів про ближніх та дальніх родичів Богдана. Більшість із них належала до старшинської верхівки, мала вагу у військово–цивільній адміністрації та дипломатичній сфері. Брат Богдана Григорій у 1648 р. був сосницьким полковником. Рідний брат його по матері Григорій Ставецький, який узяв прізвище Хмельницький (1648 р. воно вже було престижним), був у 1648–1649 pp. козаком на російській службі в Білгороді. Сестра Богдана, ім'я котрої невідомо, була дружиною Павла (прізвище невідоме), на якого 1649 р. також вказували як на дорадника гетьмана.
Навіть якщо в документах і є якась помилка, ми все одно поступово починаємо усвідомлювати, що родина Б. Хмельницького була набагато численнішою, ніж вважалося досі, і війна, розпочата батьком Хмелем, у долі її членів стала неабияким чинником.
«Щоб урятувати своє життя, я змушений був податися на Запорожжя…»
Проживши півстоліття, козацький сотник Богдан Хмельницький, що вірою та з гідністю служив польській короні, у буревії тогочасних подій не міг сподіватися на тихе життя у колі люблячої родини на затишному хуторі. По смерті можновладного Станіслава Конєцпольського, його нащадок Олександр Конєцпольський, у володіння якого перейшла Чигиринщина, заявив свої претензії на власність чигиринського сотника — хутір Суботів. То була давня задумка не стільки молодого і не дуже хазяйновитого магната, скільки його гоноровитого чигиринського підстарости Даніеля Чаплинського, який давно накинув оком на заможне Богданове господарство, в якому були млини, родючі лани, великі сіножаті, чотири рибні ставки, великий сад з пасікою, хороші нові будівлі.
Тяжба за хутір розпочалась ще 1645 р. Після аудієнції особисто у короля Б. Хмельницький одержав датований 12 липня 1646 р. королівський привілей на володіння Суботовим. Історики дещо спрощують і применшують особисті кривди, завдані родині Б. Хмельницького задиркуватим Д. Чаплинським. Насправді то була ціла система заходів усвідомленого цькування козацького достойника, до того ж наближеного до польського короля Володислава IV. Так, шляхтич Дольгерт за дорученням чигиринського старости «у рахунок поволовщини» (один із численних різновидів податків в Україні) забрав улюбленця Богдана Хмельницького — його бойового коня. Зрозуміло, що то була образа шляхетської, лицарської честі козацького сотника. Дружині Богдана з великими труднощами за 12,5 злотих (дуже велика сума на той час) вдалося викупити коня. Всіляко ображали і залякували дружину Богдана, його доньок та синів. Та це ще було не найбільше лихо. За наказом Д. Чаплинського його слуги люто побили сина Хмельницьких — «ще малого хлопця», який, на думку деяких дослідників, від нанесених побоїв помер. Нарешті, десь у березні–квітні 1647 р. чигиринський підстароста організував напад на Суботів, під час якого, за визнанням самого Богдана, «голодний люд снопами розніс зібране протягом кількох років збіжжя, якого було на гумні 400 кіп. На полях висіяне зерно все пропало, бо посіви було витолочено худобою, кіньми, вівцями».