Полки поділялись на сотні. На території сотень адміністративну владу виконували сотники, в окремих містах і селах — отамани. На місцях полковники, сотники й отамани часто збирали козаків своєї округи, щоб обговорити з ними військові, адміністративні і судові справи.
У містах, особливо великих, Хмельницький зберіг магдебурзьке право. На чолі міста стояв війт, при якому допоміжні функції виконували бурмистри, райці і лавники. Війта вибирало все «поспільство», міські жителі, затверджував його гетьман.
Значне місце у внутрішній політиці Богдан відводив фінансам, збагаченню своєї держави. Він спирався на ті соціальні групи, що були провідними в економічному житті, — на козацьку старшину, яка представляла середнє й велике землеволодіння, і на велике купецтво. У цьому плані гетьман також великої ваги надавав міським багачам, патриціату і самим містам — звільняв їхніх жителів від військових обов’язків, надавав «оборонні» (захисні) привілеї, піклувався про торгівлю, час від часу запрошував міську верхівку на старшинські ради. Усі ці заходи мали на меті залучити міста до участі в новому державному апараті, насамперед до використання коштів міщан для потреб державних фінансів. Ця політика виявилась доволі успішною. Адже міста надавали гетьманському урядові допомогу, яку той хотів. Так, київські міщани передали до військового скарбу прибутки з оренди, які раніше сплачували польському воєводі. У інших, менших містах війти і бурмистри збирали податки за дорученням полковників, а ті вже передавали «нагору», до гетьмана і військового скарбу.
У той період, коли Хмельницький був гетьманом, «військовий скарб» не було ще відділено від гетьманського і всю фінансову справу контролював тільки гетьман. У цій роботі Богданові допомагав підскарбій. При підскарбієві допоміжні завдання виконував завідувач оренд. Важливу роль відігравали «екзактори», тобто збирачі податків та інших державних прибутків. У полках фінансові справи було покладено особисто на полковників.
За умовами Зборівського миру 1649 р. Хмельницький був змушений погодитися на те, щоб у підконтрольних йому воєводствах зберігалося шляхетсько-магнатське землеволодіння. Щойно в січні 1650 р. мир був затверджений сеймом, шляхта, яка раніше втікала з охоплених повстанням земель, почала повертатися до своїх маєтків. Але селяни та козаки сприймали колишніх шляхтичів особливо вороже, даючи відчути себе в кращому разі «гістьми, не господарями». До Чигирина почали їздити посланці різних панів, прохаючи для себе оборонних універсалів; навіть особисті вороги Війська Запорозького та недруги Богдана — магнати Вишневецький, Конєцпольський, Потоцький — були змушені скоритися і вести переговори з гетьманом про повернення їм давніх земель. Хмельницький рішуче відмовляв їм у проханнях і погоджувався лише на те, щоб прибувала дрібна шляхта або панські слуги під супроводом невеликої кількості осіб.
Реваншувати магнати вирішили після Білоцерківського миру. Тоді Хмельницький і старшина були змушені прийняти умову, що територія Війська Запорозького обмежиться лише Київським воєводством, а Брацлавське і Чернігівське воєводства займе польське військо. На цих землях люди, що не увійшли до реєстру, «повинні залишитись у звичайному підданстві в королівських замках і при роботах». Шляхта поспішала запроваджувати умови миру. За короткий час Брацлавщина та Чернігівщина були зайняті польськими жовнірами, в усіх великих містах були розташовані військові застави, і вже під їхнім захистом шляхта поверталася до своїх маєтків.