Вимогу ліквідувати церковну унію Богдан ставив і перед Яном Казимиром як претендентом на польський престол. Таку ж саму вимогу на сеймі 1648 р. поставила й православна шляхта, яку представляв брацлавський воєвода Адам Кисіль. Той був досвідченим політиком і чи не першим зрозумів можливі згубні наслідки козацько-селянського повстання для Речі Посполитої, яке піднялось проти шляхти і за православну віру. Так само Кисіль знав про значний вплив українського православного духівництва на козаків, які до скону будуть його боронити. Воєвода попереджав про згубність наклепів на духівництво православної Київської митрополії, що їх розповсюджували єзуїти, та вказував на потребу в лояльності шляхти в ім’я досягнення злагоди та спокою в країні.
Ян Казимир погодився зі справедливістю вимог православних українців та обіцяв їх виконати. Ставши королем, він відрядив для переговорів з гетьманом своїх послів. Унаслідок цього 2 грудня 1648 р. з’явився універсал Богдана Хмельницького, де вказувалося, що Ян Казимир, якого «Господь Бог зволив поблагословити на панування», закликає припинити «цю непотрібну війну і пролиття християнської крові і залишає нас у мирі та при давніх вольностях». Від свого імені гетьман попередив шляхту, яка поверталася в свої маєтки, щоби вона не чинила селянам утиски та визиски і не знущалася з їхньої православної віри.
Турбота Богдана Хмельницького про права православної церкви не обмежувалася тільки переговорами з польським урядом. Гетьманський уряд прихильно ставився до монастирів, беручи до уваги їхні заслуги перед православною вірою і те, що православне духівництво переслідувалося шляхетською владою. Варто зауважити, що частина його членів брала участь у війні. Із судових книг міст Руського воєводства відомо про близько 100 священиків, які брали участь у селянських походах на шляхетські замки, маєтки, міста. Декотрі з них навіть були сотниками і полковниками у селянських загонах.
Старшина вважала духівництво своїм союзником, церква мала великий вплив на селянство і цим впливом могла підтримати організацію нової влади. Заручитися ж підтримкою церкви та її духівництва, особливо чорного, можна було, зокрема, шляхом збереження та розширення монастирського землеволодіння. За підрахунками історика Івана Крип’якевича, у період з 1648 по 1657 р. монастирі отримали понад 80 маєтків, шляхта — близько 50, а старшина — до 20.
Робились певні земельні надання і білому духівництву, очевидно тим представникам, які були вигідні політиці Хмельницького. Наприклад, універсал Богдана, виданий Лазарю Барановичу з нагоди його обрання на Чернігівську кафедру, виразно свідчив про наміри гетьмана зберегти за білим духівництвом їхні маєтності. Зокрема, підтверджувалося право на землі «на віки вічні», заборонялось відбирати чи нападати, чинити шкоду цим маєткам. Існувало ще й дрібне духівництво, яке брало участь у повстанні і теж намагалося розширити свої володіння за рахунок маєтностей католицької церкви та шляхти.
Позиція гетьмана щодо повернення «колишніх прав та вольностей» подобалась не лише козацькій верстві. Вона цілком відповідала інтересам вищої православної ієрархії та значної частини дрібного духівництва Київської митрополії. Саме тому в’їзд Богдана Хмельницького до Києва в 1648 р. напередодні Різдвяних свят був таким тріумфальним. Власне, це дало підставу Київському митрополиту Сильвестру Косову, обраному в 1647 р., вітати гетьмана як нового Мойсея, як визволителя України. Особливого значення цій зустрічі надавав візит єрусалимського патріарха Паїсія, що саме прибув перед тим зі Сходу. Патріарх намовляв Богдана Хмельницького використати військовий успіх та наявну козацьку силу в інтересах усього східного православ’я, розкладав перед ним плани союзу православних держав: Війська Запорозького, Московського царства, Молдовського й Валахійського князівств. Цей союз оборонив би православні народи, поневолені Османською імперією. Кампанія 1649 р. розпочалася серед загального піднесення настрою всіх верств українського народу, разом із духівництвом. Як писали очевидці тих подій, усюди на визволених територіях «і не чути іншої влади, окрім гетьмана та Війська Запорозького».