У серпні 1649 р. відбулось укладення Зборівського договору. У цілому він не відповідав фактичному успіхові козацької армії і надіям селянства. Проте Зборівський договір у разі його дотримання надавав православній церкві великі перспективи. Зокрема, у Київському, Чернігівському та Брацлавському воєводствах вона зрівнювалась в правах з римо-католицькою. Усі урядові посади в цих воєводствах мали діставатися тільки православній шляхті. Київському митрополитові разом з двома єпископами митрополії надавалися місця в сенаті. Євреям та ченцям-єзуїтам на території згаданих воєводств проживати заборонялося. Крім того, ставилося питання про скасування церковної унії та дозвіл православним відкривати свої храми і вільно здійснювати обряд віросповідання в Кракові, Варшаві, Любліні та інших містах.
Здається природнім, що так розширювались права православної церкви. Адже над виробленням умов договору разом із гетьманом активно працював київський митрополит Сильвестр Косів. Хмельницький своєю чергою намагався врахувати всі побажання українського владики. Зокрема, в Інструкції, виданій козацьким послам на Варшавський сейм, наказував їм добиватися підтвердження Зборівської угоди, враховуючи і пункти, що стосувалися церковної справи.
Вимоги скасувати унію та надати Київському митрополитові місце в парламенті викликали велике невдоволення з боку римо- та греко-католицького духівництва. Тому на сеймі, що працював у кінці 1649 р., Сильвестр Косів за порадою Адама Кисіля тимчасово відмовився від свого права засідати в Сенаті. Було вирішено відкласти це питання, як і питання про долю церковної унії, до наступного сейму. Самого ж Адама Кисіля на основі договору призначили київським воєводою. І на початку січня 1650 р. сейм в цілому підтвердив «права та вольності православного руського народу і його віри». Згідно із затвердженими постановами Луцьке, Холмське, Вітебське та Мстиславське єпископства, а також Жидичинська архимандрія залишалися у підпорядкуванні Київського митрополита. Єзуїтам заборонялося відкривати свої школи в Києві. Сейм підтвердив права православних на друкарні та школи. Окремо підтверджувалися права священиків та їхнє підпорядкування тільки духовному суду. На початку 1650 р. король ствердив погоджені сеймом умови Зборівського миру.
Чи виконувались прийняті і затверджені умови? Далеко не завжди. У березні того ж року Хмельницький відрядив до короля чергове посольство. Воно мало розповісти наступне: хоч сейм і затвердив «права наші», проте «пани уніати не хочуть відступитися, нехтують наказом і не хочуть залишати маєтків духовних установ, які здавна належать православним установам». Тому необхідно було, щоби «унія була скасована», щоби розв’язання цього питання «не відкладалося на наступні сейми», а «фундації православні негайно повернути православному духівництву». Якою була відповідь короля Яна Казимира, невідомо, проте вже восени Богдан Хмельницький сповістив шляхту Волинського воєводства про повернення православній церкві всіх її маєтностей. Вимоги православних до кінця не виконувалися. Але позиція польського уряду давала всі підстави сподіватись Київському митрополитові та єпископам на повне задоволення у недалекому майбутньому всіх їхніх потреб та прохань.
Ще однією актуальною проблемою православного духівництва були його економічні інтереси, точніше, часто повне їх ігнорування. Історики мають підстави вважати, що селянські рухи в 1648—1649 рр. (коли відбувалися погроми шляхетських садиб і замків, канцелярій судових інстанцій; привласнення майна шляхти й орендарів; захоплення орних земель й сільськогосподарських угідь) були не просто повстанням, а селянською війною. Громили будь-яких панів, незалежно від їхнього віросповідання.
Відповідно під гарячу руку потрапляли і православні монастирі. Вони були зруйновані, непорушними залишилися тільки їхні садиби; що ж до земель, то здебільшого вони переходили до рук селян та козаків. Незважаючи на універсали гетьмана Богдана Хмельницького, селяни з Холмів, Ядутина та інших сіл не визнавали влади Максаківського монастиря. Скаржився гетьману протопіп Григорій Васильович, що селяни Козелецького монастиря кривду «тому місцю святому» чинили. Звісно, це тільки один із прикладів. Зрозуміло, що в умовах війни Богдан Хмельницький не міг своєчасно попередити та зброєю захистити всі церковні володіння. Та це не завжди розуміло духівництво. Тому духівництво поступово відходило від співробітництва з гетьманським урядом.