Існували й інші обставини, що розділяли ієрархів митрополії, зокрема Сильвестра Косова, та гетьмана. Вступ козацьких військ у ту чи іншу місцевість, як правило, супроводжувався погромами шляхти та католицького духівництва, проте нерідко зачіпав і духівництво православне. Від козаків, попри заборону Хмельницького, діставалось і православній шляхті. А Сильвестру Косову та єпископам як людям шляхет-ського походження це було далеко не до вподоби. Поволі проходила переорієнтація симпатій духівництва на бік колишнього зверхника, Речі Посполитої. Коли в липні 1651 р. польсько-литовські війська зайняли Київ, то Косів звелів надати їм грошову допомогу в розмірі 25 тисяч злотих. «Ми, — казав щодо цього владика, — були в неволі майже чотири роки і кожний день вмирали від жахів козаків та власних підданих». Учинок київського духівництва став відомим королю Яну Казимиру, і той через місяць видав універсал, яким гарантував особисту та майнову недоторканість православного духівництва, а також монастирів і церков «грецької релігії», взятих королем під свою опіку.
Узагалі, хід воєнних дій і зміна при цьому влади суттєво впливали на матеріальне становище Київської митрополії. До прикладу, після поразки українських військ під Берестечком польська шляхта відібрала в Києво-Братського монастиря землі, надані Богданом Хмельницьким. Але ж після Білоцерківського договору монастирю можна було забрати ці землі назад.
Отож, під час війни обставини, у яких опинилося вище духівництво православної церкви на українських теренах, були доволі складними. Перемінні успіхи ворожих сторін змушували його бути дуже обережним у своїй поведінці та висловлюваннях. Загроза втратити привілеї, маєтки, здобуті ще за часів Петра Могили та значно розширені в роки війни, змусила українських ієрархів більш детально проаналізувати процеси, що розвивалися навколо них. Урешті- решт православна еліта на чолі з митрополитом Сильвестром Косовим вибрала варіант уникати будь-яких політичних акцій або тих, які б навіть частково мали політичний характер. Така позиція давала їм змогу підтримувати доброзичливі стосунки і з гетьманом, і з польським королем, і з православними патріархами та митрополитами, і з московським урядом, розвивати з ними церковно-господарські зв’язки, а також управляти митрополією та турбуватися про належний професіоналізм її духівництва.
Щоправда, таку політику не дуже розумів і підтримував константинопольський патріарх. Той кожного разу висловлював «велику любов та радість» з приводу перемог Богдана Хмельницького, постійно просив Сильвестра Косова, щоби той «піклувався і старався перед благочестивим та великим вождем (гетьманом — Т. Б.) про встановлення й зміцнення великої церкви Христової», кажучи «добрі, милі та гарно підібрані слова від чистого серця».
Протягом 1649—1651 рр. у Києві побували єрусалимський патріарх Паїсій, митрополити Назаретський Гавриїл та Коринфський Йоасаф. І варто зауважити, що гетьман, не маючи належної політичної підтримки з боку українських православних ієрархів, всіх їх використовував як посередників на переговорах України з Росією, а Паїсія, крім того, ще й з Молдовою та Волощиною.
На початку 1653 р. новий Константинопольський владика Афанасій поїхав до Москви залагоджувати церковні справи. Шлях патріарха пролягав через Україну, де він зустрічався і мав розмову з Богданом Хмельницьким. Гетьман, побачивши такого «чесного чоловіка, деякі справи доручив», аби він «царській величності запропонував таємно».
Поза сумнівом, присутність східних владик сприяла зміцненню церковних інституцій Київської митрополії, позитивно впливала на розвиток релігійної думки в Україні. Вони не тільки відвідували православні монастирі та церкви, але й нерідко особисто правили службу в храмах. Зокрема, Коринфський митрополит Йоасаф тривалий час служив ранкову і вечірню відправи в гетьманській столиці Чигирині.
Упродовж усього періоду, коли Богдан Хмельницький вів переговори з Москвою, митрополит Сильвестр Косів мав добрі стосунки з московським урядом. Задовольняючи прохання в церковних потребах, він натомість отримував жалувані грамоти, які дозволяли збирати в Москві пожертви київським монастирям. Але цікаво те, що митрополит і українське духівництво у своїй більшості, не маючи жодних ворожих настроїв супроти Росії, зовсім не бажали йти під «високу государеву руку». Про московитів в українського духівництва склалась думка, що ті лише на слові християни, а «ділом і звичаями гірше варварів самих». Тому Косів та інші не поділяли намірів гетьмана укласти політичну угоду з Московським царством.