Хоча на політичних переговорах Богдана Хмельницького з урядом Росії питання про підпорядкування митрополії не розглядалося, проте переговори, за словами історика Івана Власовського, «щиро чи не щиро, але велись найперше в ім’я православія, для спасіння його від гніту в Польщі». Для Богдана ідея захисту православ’я була чи не головним аргументом, який змусив би Московію в союзі з Військом Запорозьким розпочати війну проти Польщі. «Ми, — казав гетьман, — ласки царської шукаємо і бажаємо, тому що від Володимирового святого хрещення одна наша благочестива віра з Московською державою і ми мали єдину владу, а роз’єднали нас неправдами своїми і насиллям лукаві ляхи».
Царський же уряд вбачав у війні Хмельницького силу, здатну підірвати могутність Речі Посполитої, бачив у ній реальну можливість «повернути» Росії «спірні» землі України, Білорусі та Литви і закріпитися там. Ось чому, підтримавши визвольну війну, Москва намагалася заручитися насамперед підтримкою авторитетного духівництва Київської митрополії, влада якого розповсюджувалася на вказані території. Намагаючись зблизитися з українськими ієрархами, уряд Московського царства без зволікань надав вагому матеріальну допомогу, різного роду жалувані грамоти владикам, великим монастирям і прагнув об’єднати митрополії, залишаючись при цьому «згори».
Проте зусилля Москви були марними, їй так і не вдалося перевести церковно-господарські зв’язки з Київською митрополією в політичну площину. І вина за це покладалась на Богдана Хмельницького. Московський уряд, тоді ще не впевнений у своїх силах, боявся відкрито надати військову допомогу Україні, що означало би опинитися в стані війни з Польщею. На своє виправдання цар та бояри посилалися на політичну інертність українського духівництва, зокрема митрополита. Гетьману не залишалося нічого іншого, як повідомити в Москву, що Сильвестр Косів «радий би поїхати до великого государя бити чолом про підданство Малої Росії, але боїться помсти від поляків, коли государ не згодиться прийняти її».
Проте Косів опирався, як міг, і не реагував на заклики Хмельницького. Тимчасом 1 жовтня 1653 р. Московське царство зважилося оголосити війну Польщі та взяти Військо Запорозьке під свою протекцію, бо там «пани Ради і вся Річ Посполита на православну віру і на св. Божії церкви повстали і хочуть їх знищити». Особливо здивувало московський уряд мовчання, що ним відреагував митрополит на рішення Переяславської ради 1654 р. Лише 16 березня, по приїзді російського посла Василя Бутурліна до Києва, владика пообіцяв, що «тепер уже буде молитися Богові й за царя». Проте й далі не послабив свою впертість та норов. Наступного дня, коли привели до присяги царю поселенців Печерського монастиря — шляхту, міщан та дворових слуг, митрополит заборонив їм присягати. «Як тільки довідається литовський король, — заявив Сильвестр Косів, — що я шляхту та дворових людей своїх до присяги послав, то звелить тих єпископів і духівництво, що по литовських містах перебувають, порубати, я буду перед Богом відповідати за всі ті душі». Крім того, «шляхта його та дворові люди маєтностей не мають, служать за наймом і тому присягати їм не годиться». Тільки через два днів мовлянь та погроз митрополит дає на це свій дозвіл.
У лютому того ж 1654 р. Сильвестр відмовляється надати землі Софійського митрополичого монастиря для побудови під Києвом нової фортеці. Свою відмову владика мотивував тим, що хоч «Хмельницький і піддався під високу государеву руку, тільки він, митрополит, із всім собором про то бити чолом не посилав і живе з духовними людьми сам по собі, ні під чиєю владою». Митрополит, як і раніше, не дивлячись на особи та чини, твердо оберігав Київську митрополію. «А якщо стануть бояри та воєводи на тому місці ставити город, — попередив Сильвестр Косів, — то він буде з ними битися». Конфлікт дійшов до гетьмана і царя. Справа закінчилася тим, що цар грамотою від 30 березня 1654 р. змушений був розпорядитися замінити ділянку монастирської землі, відведеної під забудову фортеці, на іншу. При цьому він примирливо писав гетьману, щоби митрополит не ображався, оскільки землі ніхто не збирається відбирати, «а готові ще прибавити».
У такий спосіб вище православне духівництво активізувало відносини із польськими й литовськими урядовими колами та самим королем. Хмельницький же не дуже цьому опирався, бо починав бачити зневажливе та загарбницьке ставлення московських урядовців до населення козацької держави. До короля Косів писав, що «Москва нас хоче перехрестити», а патріарх Московський «собі присягать велить». Московські воєводи без відома митрополита втручалися у справи київських монастирів, затримали на деякий час у Києві та піддали допиту настоятеля Слуцького Феодосія. Боярин Василь Бутурлін, прибувши до Києва для складення присяги, замість того щоб розпитати владику про його здоров’я, як це належало за тодішнім етикетом, одразу накинувся на нього: чому і «з якою метою» він ніколи царю «чолом не бив, не писав та царської милості до себе не шукав». Не кращим було й ставлення царя Олексія Михайловича. Після Переяславської угоди на ім’я Сильвестра Косова не надійшло жодної його грамоти чи листа. Із 27 березня 1654 р. із Москви до Богдана Хмельницького надійшов царський указ, де в грубій формі говорилося: «І тобі би, гетьману Богдану Хмельницькому, того київського митрополита Сильвестра веліти до нас, великого государя, в Москву прислати, щоб він... виправлення дав», тобто виявив покірність. Треба в цьому випадку віддати належне гетьману, який постійно захищав митрополита.