Православні священики напередодні козацьких нарад з приводу присягання на вірність цареві виступали з проповідями проти цього. І так успішно, що козаки Богдана Хмельницького назвали зрадником та звинуватили в тому, що він хоче продати Україну «народові, котрий не подав їм жодної допомоги в найлихішу їхню годину, не подав навіть води промити кривавих уст». Козаки разом з Іваном Богуном заявили, що краще бути «у безперервних війнах за свободу, ніж накладати на себе нові кайдани рабства та неволі. Та і кому із сусідніх народів можна віддатися без жаху і трепету?».
Однак Хмельницький, тверезо оцінюючи ситуацію, що склалася навколо України, змушений був прийняти протекцію російського царя. До цього змушували грабіжництво орди та непримиренність Польщі до української державності, навіть на обмеженій козацькій території. Сучасні українські дослідники епохи Хмельниччини сходяться на тому, що угода, підписана гетьманом в Переяславі, зовсім не передбачала входження України до складу Московської держави. Створювалась лише своєрідна конфедерація під егідою московського царя, спрямована на розгром Речі Посполитої та протистояння агресії Кримського ханства. За козацькою державою зберігалися дійсна форма правління та інститути політичної влади. Її суверенітет лише частково обмежувався у сфері зовнішньополітичної діяльності, а також зобов’язанням виплачувати певну данину до московської скарбниці. Союз із Москвою Богдан Хмельницький, як би в це не вірили козаки, намагався використати в першу чергу для зміцнення козацької державності, невід’ємною частиною якої мала виступати власна незалежна православна церква.
І в березні 1654 р. гетьманський уряд, подаючи царю «Статті», які б мали регулювати відносини Війська Запорозького і Московського царства, поряд із правами «мирського чину людям», ставить на затвердження й права людей «духовного чину», здавна наданих руськими князями та польськими королями, з вимогою їх не порушувати.
Розглянувши «Статті», цар із боярами звеліли гетьману «бути під нашою царської величності рукою за давніми їхніми правами й привілеями, наданими їм від польських і великих князів литовських», і тих їхніх прав та вольностей порушувати нічим не веліли. Прохання, які стосувались церковних питань, майже не було розглянуто і згадано. Зате бояри одразу вказали на необхідність Київському митрополиту разом із духівництвом бути під благословенням (фактично — під підпорядкуванням) Московського патріарха.
Після того як московські війська зазнали успіхів у воєнній кампанії проти Речі Посполитої в 1654 р., Московська патріархія взяла безпосередньо в своє управління Смоленську, Мстиславсько-Могилівську та Полоцьку єпархії. Ніби й не «знала», ніби «забула», що це була юрисдикція Київського митрополита.
У зв’язку із цим наприкінці травня 1654 р. Богдан Хмельницький знову порушив перед царем питання відносно прав та привілеїв української церкви. Із Чигирина в Москву від його імені надходять листи, адресовані царю Олексію Михайловичу та патріарху Никону, де він наполягає, аби цар врешті підтвердив давні вільності українського духівництва. Одночасно гетьман просив царя, аби той задовольнив прохання ченців київських Богоявленського, Братського, Пустинно-Микільського монастирів та Печорської лаври.
Проте в Москві із відповіддю зволікали. Православні українські ієрархи усвідомлювали, що відсутність з боку царя гарантійних документів на права та привілеї Київської митрополії робить можливим втручання царських чиновників у її справи і на території власне козацької держави. Утративши надію на допомогу польського короля й наочно переконавшись у рішучості Богдана Хмельницького та його уряду щодо збереження канонічного статусу непорушності митрополії, українські духовні особи разом із митрополитом Сильвестром Косовим йдуть на остаточне зближення з гетьманом. До царя послали посольство, до якого входили гетьманські посланці та представники духівництва.