Воно приїхало в липні 1654 р. і привезло цілий список статей, які мало намір затвердити в царя:
1. Затвердити всі права та привілеї митрополії, здавна надані їй великими князями руськими та королями польськими.
2. Залишити її під юрисдикцією Константинопольського патріарха.
3. Визнати право митрополита, єпископів та ігуменів перебувати на своїх посадах до смерті, не допустити втручання у їхні справи духовних Московської патріархії.
4. Найвищою інстанцією українських церковних судів є суд митрополита, апеляція до Москви забороняється.
5. Визнати канонічну підлеглість православних Литви та Волині Київському митрополитові, як це було давніше, гарантувати їм вільні відносини з митрополитом.
6. Надати монастирям маєтки поблизу Києва взамін тих, що лишилися під Польщею, а також відібрати землі, незаконно займані шляхтою.
7. Нікого з українського духівництва «до Великої Росії не затягувати». Коли в когось виникне необхідність побувати у справах в Росії, то нікого силою там не затримувати.
Частина із цих статей, зокрема та, що стосувалась маєткових, земельних прохань, була одразу задоволена царем, щоб зменшити невдоволення духівництва. Але стосовно головної вимоги українського духівництва — залишити Київську митрополію в юрисдикції Константинопольського патріарха — цар запевнив, що цей указ з’явиться згодом, але цього не сталось. Московський уряд визнав за непотрібне задовольняти прохання київського духівництва.
Отже, поїздка посольства до царя Олексія Михайловича фактично виявилася безрезультатною. Далі було загострення відносин між царем та митрополитом. Воно дійшло до того, що на початку лютого 1656 р. Косів відмовив самому царю відправити до нього на деякий час «свого співака Ваську Пикулинського».
У березні 1657 р. Богдан Хмельницький чи не востаннє за своє життя спробував добитися гарантійних документів православній церкві козацької держави. У листі до Московського патріарха Никона він відверто писав, що «весь собор священний і весь чин духовний зажадав пожалувати і утвердити государськими грамотами їхні права, привілеї свободи і добра по чину і звичаю давньому на віки». Гетьман заявив, що він, Богдан Хмельницький, і все Військо Запорозьке підтримують українське духівництво та «молять» «великого святителя» Никона якнайшвидше виконати їхню волю. Проте в Москві промовчали і цього разу. Надто великим було бажання підпорядкувати собі Київську митрополію, а разом з нею і українську православну церкву.
У квітні 1657 р. Київський митрополит Сильвестр Косів помер. Богдан Хмельницький, вважаючи вибори нового владики внутрішньою справою України, не визнав за потрібне навіть повідомити Москву про смерть митрополита, що глибоко обурило царських урядовців. Без відома Москви гетьман затвердив тимчасовим очільником Київської митрополії Чернігівського єпископа Лазаря Барановича, а день виборів нового духовного керманича призначив на 15 серпня 1657 р. Від свого імені Богдан Хмельницький відправив універсали-запрошення до єпископів «у Львів і в Перемишль і в Луцьк, щоби вони приїхали на обрання митрополита за стародавнім правом, як перед тим споконвіків бувало». Проте до виборів нового глави Київської митрополії гетьман вже не дожив.
Складно сформулювати однозначно ставлення Хмельницького до євреїв. З одного боку, він не міг стримати селян та козаків, вороже-радикально налаштованих проти юдейського народу, з іншого — одного разу звелів прикувати до гармати козацького полковника за те, що вирізав ціле єврейське поселення. Деякі історики взагалі розвивають припущення, що Богдан був сином вихрещеного єврея, але ця гіпотеза має надто мало доказів.
Як би там не було, та достовірно відомо про масові винищення козаками єврейських громад вже в 1648 р. Спалах ненависті до «жидів» мав свою соціальну причину: польські магнати давали євреям право на збір податків у своїх володіннях, на різноманітні промисли та оренду корчем і млинів. Отож негативне ставлення до шляхти відбивалось і на євреях-орендарях, які, як видавалося селянству і козакам, вже в своїй вірі мають принцип зневаження руського православного народу.