Чарнецький мав би дотримуватися неписаного військового кодексу, за яким він міг би пограбувати та спалити хутір і замок, але навряд чи вчинив наругу над могилою гетьмана і його сина. Також сумнівно, що Чарнецький мав особисту образу на гетьмана. Так, Хмельницький свого часу полонив його під Жовтими Водами, але згодом відпустив до Чигирина без будь-якої кривди, образ і за традицією надав можливість відкупитись від полону.
Спроба визначити місце останнього спочинку гетьмана ускладнюється ще й тим, що не відомі, не знайдені (або спеціально не створені?) письмові свідчення про процедуру поховання Хмельницького. У літописах наводиться фрагмент тексту промови Самуїла Зорки, останнього секретаря Хмельницького, виголошеної під час поховання. Однак повний текст із деталями мав бути в щоденнику Зорки, оригінал якого вважається втраченим. Поки що не знайдено відомостей про процедуру поховання та облаштування могили ані в листах Лазаря Барановича, ані в кореспонденції Івана Виговського, які брали безпосередню участь у поховальному обряді. Виникає питання: чому? Чому архієпископ Лазар Баранович, котрий виконував останню волю померлого й особисто супроводжував з Чигирина в Суботів тіло Богдана, не залишив жодної згадки про похорон гетьмана? Чому Іван Виговський, генеральний писар Війська Запорозького, близька до покійного гетьмана особа, не залишив жодних свідчень про цю подію?
Виникає також питання: чому похорони Богдана пройшли аж через місяць? Зважаючи на напружену політичну ситуацію через неповноліття Юрія Хмельницького, місячний термін очікування поховання, а відтак і вирішення подальшої долі гетьманства повинні були мати вагомі причини. Відповідь на це питання можна шукати в архівах Польщі, Швеції, Росії, Туреччини. Дипломатичні представники майже всіх цих країн перебували в Чигирині під час смерті гетьмана і тому мали б бути присутніми і під час поховання, а також за своїм обов’язком подати докладний опис подій. Але не так багато українських дослідників працює над пошуками цих відомостей в закордонних архівах, тому подібні документи залишаються невиявленими й невідомими.
Припускають і той варіант, що причиною відтермінування поховання була недобудована Суботівська церква, у якій заповідав себе поховати Богдан. Проте останнім часом щораз більшої популярності набуває версія, яка в принципі пояснює і мовчанку письмових джерел про похорон, і тривалість підготовки до захоронення. Вона така: Хмельницького поховали в потаємному місці, а широкому загалу повідомили, що в Суботівській церкві. Власне поховання відбувалося за участі обмеженого кола наближених осіб: Лазара Барановича, Івана Виговського, близьких родичів, які, навмисно чи попередньо домовившись, не залишили жодних письмових свідчень, а місячне очікування поховання в такому разі виправдовувалося приготуванням якогось спеціального приміщення, що зберегло б таємницю. Беручи до уваги політичну нестабільність, у якій опинилась Україна після смерті Богдана Хмельницького, таке рішення могло бути цілком виправданим. Таким чином, Чарнецький або інший вандал, може, і викинув чиїсь кістки з могили, але навряд чи Хмельницького.
На користь версії таємного поховання також може свідчити низка фактів, що виявилися після детального обстеження Суботівського храму. Свого часу дослідник архітектури Г. Логвин звернув увагу на нетипове двометрове потовщення південно-західної стіни церкви. Також припустив, що в ній могли бути підземні ходи. Використовуючи сучасне пошукове обладнання, розвідувальна експедиція Інституту археології НАН України в 2005 р. провела ультразвукове обстеження південно-західної і південної стін та знайшла ознаки порожнин, що ведуть до південної стіни, уздовж якої також виявлені ознаки порожнин на глибині 10—13 м, а глибина власне порожнин сягає 2,5—5 м. Це дало змогу припустити те, що підземелля та підземні ходи навколо Суботівської церкви все ж таки існують, а також те, що поховання Богдана Хмельницького могло проводитися без зайвих свідків, у присутності обмеженого кола осіб, які домовилися не залишати свідчень про це з метою збереження поховання видатної особи. Ймовірно, до цього кола належав Іван Виговський, якому родина Хмельницьких подарувала мільйон золотих талярів під офіційним приводом опікунства над Юрієм, а також Лазар Баранович, якого новообраний гетьман наділив землями — винагородою за мовчанку.