Першу ж колегію ввіреного йому відомства провадить спільно з президією Академії мистецтв України. Головує на засіданні в тандемі з Андрієм Чебикіним, президентом АМУ. Виявляється, існує задум державної програми «Розвиток музичної культури України у світовому контексті». А ще – стратегія фундаментальних наукових досліджень АМУ. На межі фантастики. Понад сорок найменувань видань, іноді багатотомних. їх видання розтягнеться років на двадцять… Міністр не перебиває присутніх. У фіналі ставить крапку: «Нічого з цього не вийде». Пояснює, що прем'єр-міністр щойно пообіцяв йому, що на культуру в державній скарбниці, за винятком якихось екстраординарних потреб, грошей катма! Коли Богдан Ступка грає негативного героя – шукає в ньому хороше. Позитивного – шукає погане. В кабінеті міністра поводиться впевнено, як справжні королі. У 2000 році завершує відбудову Михайлівського Золотоверхого собору. Він здійснив мрію Олеся Гончара – відновити знищений Постишевим та іншими вождями Собор. Перший свій міністерський день народження змальовує трагікомічно: «З 9-ї ранку до 9-ї вечора приймаю гостей у кабінеті. Йшли, як до мавзолею. Квітів стільки, наче вже лежиш у труні і слухаєш про себе некрологи».
В 2000 році щиро використовує службове становище та організовує гастролі франківців у Севастополі. До нього тут фестивалять різні герої на кшталт мера Москви Лужкова з частівками про «русский город». На прес-конференції міністра-актора питають, чи не боїться він провалу в російськомовному місті.
Богдан Сильвестрович не з лякливих: «Ми в Москві граємо без перекладу і в Пітері – теж. Що це за таке особливе місто Севастополь? Може, людина просто не хоче зрозуміти? У Греції кажуть: чим більше ти знаєш мов, тим більше ти людина. Я знаю російську, польську, трохи англійську. Я вивчив би й німецьку, французьку. Богдан Хмельницький знав шість мов, коли був полоненим у хана, оволодів татарською. У фільмі "Вогнем і мечем" я розмовляю польською, українською, татарською. Я вивчив кримськотатарську спеціально: вчив ночами, вдень одягав слухавки, гуляв містом, а у моїх вухах бриніла татарська мова. Та тільки після того, як я вловив музику в ній, я почав розуміти, що це таке. Так це ж татарська мова! А українська мова у всіх на слуху! Що там розуміти? Український театр бував у Ташкенті, Алма-Аті, на Далекому Сході, у Польщі… І скрізь всі розуміли. У Німеччині – там уже були слухавки, в Америці – йшли субтитри… Отож приходьте на вистави – і все зрозумієте!..» Севастопольці прийшли. Кожний вечір – аншлаг. Не відпускають акторів хвилин десять після закінчення вистав. Гукають: «Браво! Молодці!»
Того ж 2000 року грає в антрепризі Валерія Фокіна «Старосвітська любов» за мотивами повісті Миколи Гоголя «Старосвітська історія». Його партнерша – Лія Ахеджакова. У рідному Львові їх очікують хулігани. Півсотні башибузуків зривають у перший вечір виставу. Суть вимог ясно розтлумачити не в змозі. Може, їм бракує синхронного перекладу Гоголя українською? Чи обурює, що міністр рідної культури, як Афанасій Іванович, по-російськи балака? Богдан Сильвестрович гірко згадує, як за комуністів його за Преслі, за рок-н-рол ганили. А за націоналістів, бач, уже за Гоголя. З точнісінько таким само непідкупним ентузіазмом…
Приймає непросте рішення. Виділяє 10 мільйонів гривень Юрію Іллєнку на зйомки картини про Мазепу. Коштів не вистачило. Дефіцит готовий допомогти покрити міністр культури Росії Швидкой. Але політики стали на заваді. Роль Мазепи виконує Богдан Ступка: «На мене всі тоді накинулися. Писали, що сам грає, сам собі гроші дав. А я насправді не хотів грати. Але тоді саме поїхав до Варшави, підписувати культурний договір про співпрацю між Україною і Польщею. І питаюся Гофмана: "Юрчику, мене ганьблять за те, що я дав гроші. Хотів краще зробити один гарний фільм, ніж десять поганих. Іллєнко пропонує мені грати головну роль. А мене ганьблять так, що кістки перемелюють. Що мені робити?" Раніше такого не було. Десь критики могли щось там сказати, а як тільки став міністром, то відразу всі почали казати, що я поганий. Питаюся: "Юрчику, що мені робити? Грати чи ні?" А він каже: "Чи ти будеш грати, чи не будеш, а ганьбити тебе все одно будуть. Краще грай". Я і згодився».