В 539 г. до н. э. Кир пересёк реку Тигр и вторгся на территорию Вавилонского царства; он повёл наступление на Сиппар, где столкнулся с поспешно возвращавшимся Набонидом, а затем, утверждая, что его пригласил сам Мардук, без боя занял Вавилон. Приветствуемый жрецами, которые видели в нём избавителя от еретика Набонида и его непопулярного сына, Кир «взял за руки Мардука» в знак почитания бога. Кроме того, своим первым указом он аннулировал изгнание иудеев, разрешил восстановить храм в Иерусалиме и приказал вернугь всю храмовую утварь, вывезенную Навуходоносором.
Вернувшиеся изгнанники под руководством Эзры и Неемии закончили восстановление храма — с тех пор его стали называть Вторым храмом — в 516 г. до н. э., через семьдесят лет после его разрушения, что в точности совпадало с пророчеством Иеремии. Библия считала Кира орудием воли Господа, «помазанником Божьим»; историки полагают, что Кир объявил всеобщую религиозную амнистию, позволив каждому народу поклоняться своим богам. Что касается веры самого Кира, то, судя по памятникам, которые царь сам себе устанавливал, он представлял себя крылатым херувимом (рис. 120).
Кир — некоторые историки добавляют к его имени эпитет «Великий» — объединил в Персидскую империю все земли, которые прежде принадлежали Шумеру и Аккаду, Мари, Митанни, хеттам, Эламу, Вавилону и Ассирии; его сын Камбис (530–522 гг. до н. э.) расширил империю, присоединив к ней Египет. Египет только начинал оправляться после эпохи раздробленности и хаоса, которую некоторые специалисты называют Третьим переходным периодом, когда в стране отсутствовала центральная власть, столица несколько раз менялась, а престол захватывали чужеземцы из Нубии. Египет также страдал от религиозной раздробленности: жрецы настолько растерялись и не знали, кому поклоняться, что главным культом был культ мёртвого Осириса, главным божеством считалась Нейт, которую называли Матерью Богов, а главным объектом поклонения стал священный бык Апис, которому устраивали пышные похороны. Камбис, подобно своему отцу Киру, не отличался религиозным рвением и позволял людям молиться тем богам, которым они хотят; он даже (как свидетельствует надпись на стеле, ныне хранящейся в музее Ватикана) постиг тайны поклонения Нейт и участвовал в обряде похорон быка Аписа.
Эта политика религиозного невмешательства позволила персам добиться мира и спокойствия в своей империи — но не навечно. Недовольство, восстания и бунты возникали повсеместно. Особенно беспокоили царей усиливающиеся торговые, культурные и религиозные связи между Египтом и Грецией. (Большая часть сведений об этом исходит от греческого историка Геродота, который много писал о Египте после посещения этой страны в 460 г. до н. э., совпавшего по времени с началом «золотого века» Греции.) Персы были недовольны этими связями в первую очередь потому, что греческие купцы принимали участие в восстаниях местного населения. Предметом особого беспокойства также были провинции в Малой Азии (современная Турция), на западной оконечности которой персы соприкасались с Европой, в частности с Грецией. В этих районах греческие поселенцы возрождали и укрепляли старые города; персы, в свою очередь, стремились отгородиться от назойливых европейцев, захватывая соседние греческие острова.
Растущее напряжение вылилось в полномасштабную войну, когда персы вторглись на материковую часть Греции и в 490 г. до н. э. были разбиты при Марафоне. Десять лет спустя попытка вторжения с моря была отбита греческим флотом в Саламинском проливе, но небольшие стычки и борьба за Малую Азию не утихали на протяжении следующих ста лет — несмотря на то что в Персии один царь сменял другого, а в Греции вели борьбу за власть афиняне, спартанцы и македонцы.
В этой войне на два фронта — против соперников в самой Греции и против персов — поддержка греческих колоний Малой Азии была очень важна. Как только материковая Греция оказалась под властью македонцев, их царь Филипп II отправил армию через пролив Геллеспонт (современные Дарданеллы), чтобы обеспечить лояльность греческих поселений. В 334 г. до н. э. его наследник Александр (Великий) во главе пятнадцатитысячной армии переправился на берег Азии в том же самом месте и повёл масштабное наступление на персов.