Около 4500 г. до н. э. в истории додинастического Египта начался амратийский период, известный также как Накада I. Это название он получил по той причине, что подавляющее большинство стоянок данной эпохи датируется тем же временем, что и заселение Накады. Типичное для этого периода оформление керамики позволяет говорить о развивающейся, художественно совершенствующейся культуре. Если прежние изделия из глины украшали незамысловатыми узорами, то теперь на керамике появляются геометрические фигуры и изображения животных. Более разнообразными становятся и формы сосудов. Объясняется это как практическими, так и эстетическими целями. Не менее популярными были всевозможные декоративные вещицы, в частности фигурки так называемых «танцовщиц» (раскрашенные статуэтки женщин с поднятыми руками).
Однако самые серьезные изменения наблюдались в этот период в архитектуре. Найденные при раскопках могил глиняные модели домов напоминают прямоугольные здания эпохи Древнего царства. Создается впечатление, что идея индивидуальных жилищ, крупных поселений, а возможно, и городов зародилась около 4500 г. до н. э.
Около 4000 г. до н. э. в Накаде, Гиераконполе, Гебелейне и Абидосе возникли первые города-государства. Археологи называют этот период герзейским (или Накада II). Он значительно отличался от амратийского и характеризовался прежде всего ростом влияния северных народов на их южных соседей. Об этом свидетельствуют различные артефакты той эпохи — главным образом керамика. Слияние этих городов-государств привело впоследствии к появлению культуры поздней додинастической эпохи, известной как Накада III.
Разницу между герзейской и амратийской культурами можно проследить на примере той же керамики. Амратийские глиняные изделия носили чисто функциональный характер (даже если некоторые из них и покрывали рисунком из простых линий). Герзейские сосуды отличались большим разнообразием форм, а среди узоров стали преобладать сложные геометрические фигуры и сценки из жизни людей и животных, в частности страусов и ибисов. Поскольку эти представители животного мира практически не встречаются у берегов Нила, можно предположить, что герзейские племена охотились в местах, расположенных в непосредственной близости от пустыни. По мнению ученых, именно представители этих племен оставили нам в наследство первые изображения богов. Как правило, богов рисовали плывущими в лодках или несущими штандарты — предметы, отчасти напоминающие те, которые позднее символизировали различные провинции Египта. Не исключено, что подобные изображения носили всего лишь исторический характер. Но поскольку рисовали их на тех артефактах, которые клали затем в могилы умерших, можно предположить, что эти образы имели особый, сакральный смысл.
Благодаря подземным комнатам, во многом напоминавшим те жилища, которые египтяне занимали при жизни, герзейские усыпальницы стали предтечами гробниц раннединастической эпохи. Помимо чисто утилитарных вещей, в могилы клали амулеты и прочие ритуальные предметы, многие из которых несли на себе изображения богов (в их первоначальной, животной форме). Некоторые ученые полагают, что именно представления герзейцев о загробной жизни положили начало культу Осириса и пышным погребальным церемониям династического Египта.
Одно время считалось, что переход от додинастической к династической культуре явился результатом настоящей революции, обусловленной открытием металлов и образованием новых социальных структур. Однако современные исследователи склонны полагать, что на самом деле подобные изменения стали закономерным следствием поэтапной технологической эволюции. В этот же период начало формироваться египетское письмо. Разнообразные узоры, украшавшие керамические изделия, со временем превратились в набор стандартных знаков, во многом напоминающих классические иероглифы. Эти знаки представляют собой комбинацию из пиктограмм и фонограмм (рисунков, отображающих звуки), что является главным принципом иероглифического письма. Схожие системы письма существуют и по сей день (к примеру, японская).