Кёкочу сознавал, что его положение позволяет приобрести больше личной власти с помощью интриг, и сообщил Чингисхану, что Тенгри посылает смутные и тревожные сообщения о замыслах Кэсэра, родного брата Чингисхана. Считая, что Кэсэр готовит заговор, Чингисхан решил убить его, однако вмешательство его матери сорвало эти планы. Кэсэра пощадили, но продолжающиеся махинации Кёкочу привели к нескольким изменам и неудовольствию Чингисхана. Поняв наконец, что шаман является источником его неприятностей, Чингисхан распорядился тайно убить его, а затем объявил, что Кёкочу согрешил против Тенгри. В соответствии с обычной шаманской практикой его подняли через дымоход юрты, а потом сожгли труп на костре.
Благодаря своим политическим аспектам и символике небесной власти монгольский шаманизм служил дополнительным двигателем территориальной экспансии империи монголов. Разумеется, для того, чтобы править по небесному мандату, нужно было обладать силой и угадывать намерения неба. Отчасти поэтому короли и императоры приставляли астрономов к работе по ведению календарей и наблюдению за небесными явлениями. Монгольские ханы китайской династии Юань могли начинать свою карьеру как кочевники и практики народного шаманизма, но, подобно всем королям и императорам, они нуждались в системе государственной власти. Им была нужна бюрократия, чтобы осуществлять администрацию в огромной империи, а среди бюрократов были шаманы, имевшие дело с техническими подробностями небесного ритуала.
Монгольские придворные шаманы читали небесные знамения, предсказывали затмения и служили распорядителями на церемониях, предназначенных для взаимодействия со сверхъестественными силами природы. Считалось, что они могут управлять погодой и вести переговоры с 99 небесными духами. История о конфликте между Чингисханом и Престором Джоном, легендарным христианским принцем Азии, пересказанная Марко Поло, повествует об активном участии придворных астрологов, гадавших на палочках тростника, читавших заклинания и изучавших книги, чтобы читать волю небес.
Антрополог Кэролайн Хамфри тщательно изучила взаимоотношения между развитием государства и шаманскими ритуалами в Северной Азии. Она согласна с тем, что формирование монгольской империи опиралось на древнюю азиатскую традицию экстатического шаманизма. Ее анализ показывает, как развивалась шаманская традиция в ответ на консолидацию династического правительства под властью одаренного и прозорливого военного вождя. Не ограничиваясь узким определением шаманизма, она видит два главных подхода к использованию сверхъестественной силы.
С одной стороны, она определяет духовные поиски в состоянии экстатического транса, предназначенные главным образом для общения с небесными духами. В данном случае транс позволял шаману призывать духов за особыми подношениями, которые позволяли заручиться их содействием.
Другой вид транса позволял шаману превращаться в некое существо — скажем, животное — и действовать в мире, пользуясь силой этого существа. В обоих случаях шаманам приходилось соперничать со специалистами в разных областях магии, способными решать сходные проблемы.
В Монголии буддийские ламы со временем вытеснили большинство традиционных шаманов, но в то же время они включили идеи и образы шаманских верований в символическую систему ламаизма.
В мире монгольского политического шаманизма пророчество и ритуалы были главными инструментами. Хотя некоторые ученые рассматривают шаманизм как проявление религиозной веры неразвитых народов, при монгольских ханах шаманы соперничали друг с другом и с представителями других религий за близость к кормилу власти. Хотя империя началась с вдохновенного видения конного воина-кочевника, ко времени Кубла-хана она превратилась в огромную административную систему, основой которой служило сельское хозяйство.
Практические знания о небосводе, хранившиеся в народной памяти кочевников и скотоводов, воплотились в системе государственных обсерваторий. Роль имперской астрономии очевидна при знакомстве с «Юань Ши», анналами династии Юань. Эта официальная история была составлена в XIV веке вскоре после того, как на смену монгольскому владычеству пришла династия Мин (1368). В ней содержится большой раздел календарей и подробные диаграммы и описания астрономических инструментов наряду с комментариями о способах расчетов и методах наблюдения. Гоу Шу-цзин, один из самых выдающихся и талантливых китайских астрономов, работал для Кубла-хана. Он реорганизовал государственную обсерваторию в Пекине и создал новый улучшенный календарь, пришедший на смену «Календарю Десяти Тысяч Лет», заимствованному ханом из персидского двора с помощью астронома Джамаль аль-Дина.