Это были рассуждения обреченного, хотя на счету у Морильо числились пока одни лишь победы. Тюрьмы Боготы не вмещали всех арестованных патриотов. Испанцы заточали своих противников в монастыри. Военный трибунал чинил суд и расправу над патриотами. По его приговору Кампло Торрес — президент Новогранадской республики, Мануэль Родригес Торрисес — диктатор Картахены, эквадорский генерал Монтуфар были расстреляны в спину, их трупы повешены, потом четвертованы и в таком виде выставлены на поругание. С особой жестокостью расправлялись колонизаторы с представителями креольской интеллигенции, с «грамотеями» — студентами, учеными, которых считали главными виновниками провозглашения независимости. Всякий, кто умел читать и писать, рассматривался испанцами как потенциальный повстанец, ему угрожали арест и смертная казнь.
Испанцы казнили известного астронома и ботаника Франсиско Хосо де Кальдаса, сотрудника Гумбольдта и Бонплана. Когда у Морильо попросили даровать ученому жизнь или хотя бы разрешить Кальдасу привести в порядок его ценнейшую ботаническую коллекцию, граф Картахены изрек: «Испания не нуждается в мудрецах». Спокойно взошел Кальдас на эшафот и перед казнью воскликнул: «Да здравствует родина!»
Все напечатанные патриотами книги, журналы, газеты предавались огню. Политическим деятелям, ученым, старикам и подросткам, женщинам, цветным и белым, креолам и испанцам — участникам патриотического движения, их родственникам, друзьям и случайным знакомым — всем им угрожали виселица, расстрел, топор палача или смерть от палочных ударов.
Цвет гранадского общества погиб на плахе. С гордостью докладывал Морильо Фердинанду: «Я очистил вице-королевство Новой Гранады от докторов, которые всегда являются зачинщиками смуты». Взамен он просил прислать испанских священников и теологов, ибо «дело покорения и усмирения должно проводиться теми же самыми методами, что и в начале конкисты». Инквизиция и военный трибунал — такова была программа усмирения, предложенная наместником испанского короля, о котором говорили, что у него сердце тигра, а голова мула.
Имущество арестованных подвергалось конфискации. «Патриоты должны быть лишены не только жизни, но и собственности», — поучал своих приближенных Морильо.
Пролив потоки крови в Новой Гранаде, Морильо во главе четырехтысячного отряда испанцев решил возвратиться в Венесуэлу для подавления быстро развивавшегося там партизанского движения. Переход через Кордильеры и льяносы убедил его в том, что судьба Испанской империи зависела от настроений льянеро: без их содействия было невозможно ни утолить голод в пути, ни найти дорогу сквозь тропические дебри, ни обнаружить брода в реках. Морильо понимал: чтобы удержать льянеро на стороне Испании, следовало дать им нечто более конкретное, чем обещания, которыми кормил их в свое время Монтеверде. Однако граф Картахены не имел ни полномочий, ни желания делить свою власть с полудикими жителями венесуэльских степей.
В Боготе в качестве наместника Морильо остался генерал Самано, считавший, что самое полезное для бога и короля дело — убивать патриотов. Его первым распоряжением было — соорудить постоянную виселицу на главной площади и устроить четыре лобных места в центральном парке города.
Одной из жертв Самано стала патриотка Поликарпа Салаварпета, двадцатипятилетняя голубоглазая светловолосая красавица с нежным сердцем и мужественной душой. Ее первой страстью была родина и независимость, а второй — Алехо Сабараин, молодой офицер республиканских войск. Мобилизованный простым солдатом в армию испанцев, Сабараин по совету своей невесты готовил восстание, но, будучи предан, бежал вместе с нею. По дороге их схватили и приговорили к смерти. Поликарпа громким голосом подбадривала патриотов, ожидавших казни. Ее убили выстрелом в спину вместе с ее любимым 11 ноября 1817 года. Новогранадцы сложили в честь Поликарпы песню, ставшую военным гимном патриотов Южной Америки.