Вечером 25 сентября 1828 года Боливар почувствовал себя плохо. Вызванная одним из своих адъютантов Maнуэлита заставила Боливара принять горячую ванну и лечь в постель. В полночь в доме поднялась суматоха, раздались выстрелы, разбудившие Боливара.
— Что случилось? — спросил Боливар Маиуэлиту.
— Тебя хотят убить. Оденься. Не думаешь же ты драться за свою жизнь и ночной рубашке?
Пока Боливар одевался, Мануэлита закрыла дверь на ключ и дала ему еще один толковый совет:
— Прыгай в окно!
Боливар, схватив шпагу и пистолет, выпрыгнул на улицу. Кругом стояла непроглядная тьма. Беглец кинулся к казармам. По дороге он встретил своего слугу. Они побежали вместе. Вскоре им преградили путь несколько военных, громко требовавших смерти «тирана». Опасаясь расправы, Боливар и его спутник вынуждены были укрыться в болотистых зарослях под мостом.
Тем временем заговорщики, убив адъютанта Боливара Фергусона, ворвались в спальню и потребовали от Мануэлиты указать, куда бежал Освободитель. Мануэлита, не растерявшись, ответила, что Боливара срочно вызвали на совещание.
Выстрелы и шум у резиденции Боливара подняли тревогу в округе. Жившие неподалеку товарищи Освободителя по оружию, среди них военный министр генерал Урданета, поспешили в казармы, где мятежники призывали солдат к бунту. Многие солдаты отказались в нем участвовать. Друзьям Боливара не стоило труда убедить их выступить в защиту Освободителя. Узнав о провале заговора, в казармы явился Сантандер и заявил о своей готовности поддержать Боливара.
Освободитель со своим слугой провели два часа под мостом. Они вышли из укрытия, когда услыхали, что солдаты кричат «Да здравствует Боливар!». Появление Боливара солдаты встретили возгласами ликования. Прошло еще полчаса, и все участники нападения на президентскую резиденцию — 12 офицеров и студентов и 25 солдат были арестованы. Только майору Карухо удалось скрыться. Боливар допросил арестованных в ту же ночь и посоветовал им не признаваться в покушении на его жизнь, ибо военный суд мог приговорить их за это к смертной казни.
На следующий день ближайшие сотрудники и советники Боливара потребовали от него сурово покарать заговорщиков.
— Если вы их помилуете, они вновь примутся за свое, — убеждал Боливара генерал Урданета. — Вы по имеете права так играть своей жизнью и ставить под удар не только себя и своих друзей, но и дело, которому посвятили всю свою жизнь.
Боливар не устоял перед этими аргументами, и 15 главных заговорщиков были преданы военному суду под председательством Урданеты. Среди них были Сантандер, мулат адмирал Падилья и другие видные противники Боливара. Суд приговорил всех подсудимых, в том число Падилью и Сантандера, связь которого с заговорщиками была установлена, к смертной казни. В последнюю минуту Боливар заменил Сантандеру смертную казнь высылкой, остальные 14 человек были расстреляны на одной из площадей Боготы.
Покушение на Боливара, арест Сантандера, суд над заговорщиками и расправа над ними потрясли население Новой Гранады. В Пасто и других местах вспыхнули восстания.
Событиями в Колумбии воспользовался перуанский президент генерал Ла Map: во главе армии в 8500 солдат от вторгся в Колумбию.
После 25 сентября Боливар быстро начинает терять оставшиеся у него физические и духовные силы. Те, кто его видел в эти дни, не узнавали прежнего жизнерадостного, энергичного, уверенного в себе Освободителя; перед ними был старик, жаловавшийся на свои болезни и предсказывавший неминуемый распад и гибель созданной им республики. Теперь Боливар считал, что его мечта о сильной, могущественной Андской конфедерации окончательно развеялась и что единство Колумбии — недосягаемая мечта. В эти дни он говорил своим друзьям:
— Государство, опирающееся только на одного человека, осуждено на гибель. Когда я умру, демагоги, как волки, перегрызут друг другу горло, и здание, которое мы возводили с такими нечеловеческими усилиями, рухнет в трясине переворотов. Я сожалею о смерти Пиара, Падильи и других, которые погибли за то, за что Сантандера помиловали. Сантандер начнет все сначала: он ввергнет Колумбию в хаос и тем самым оправдает себя. Цветные скажут, и это будет более чем справедливо, что я проявил слабость только по отношению к этому гнусному белому, заслуги которого были ничтожны по сравнению со славными сынами родины, какими были Пиар и Падилья.