Предупрежденный о катастрофе в конце июня, Николай V еще раз сделал попытку мобилизовать христиан, но это ему не удалось. В апреле 1454 года Венеция заключила сепаратный договор с султаном, чтобы сохранить свои владения. Генуя сделала то же самое: банкирский дом Святого Георгия, управлявший восточными территориями, попал в зависимость к султану. А что касается короля Неаполитанского, он и слышать не хотел о мире с другими государствами полуострова.
Этот мир, который папе так и не удалось установить, случился неожиданно вследствие соглашения между Миланом и Венецией в Лоди 9 апреля 1454 года. Предупрежденный Святой престол, а также Неаполь и Флоренция тут же к нему присоединились: 2 марта 1455 года Николай V приказал торжественно оповестить Рим о лиге, которую заключили итальянские государства сроком на двадцать пять лет, чтобы обеспечить «мир и покой Италии и защиту христианской веры». Этот акт оказался последним деянием папы.
События на Востоке сильно пошатнули здоровье папы. Болевший долгое время Николай V угас в ночь с 24 на 25 марта 1455 года. Для назначения его преемника 4 июня собирается конклав.
В то время Священная коллегия насчитывает двадцать членов, но пятеро из них отсутствуют: два француза — Жан Ролен, епископ Отунский, и Гийом д’Эстутвиль, два немца и венгр. Выбирать будут оставшиеся пятнадцать. Из них семеро — итальянцы: кардиналы Фиеско, Скарампо, Капраника, Каландрини, Барбо и представители могущественных римских семейств — Просперо Колонна и Латино Орсини. Еще двое с Востока — Бессарион и Исидор. Двое принадлежат к «французской нации»: Ален де Коэтиви, кардинал Авиньонский, и Гийом д’Эстен. Последние четверо — испанцы: Торквемада, Карвахаль, Антонио де ла Серда и Алонсо Борджиа.
Как обычно, происходит столкновение между сторонниками Колонны и Орсини. Кардинал Орсини может рассчитывать на голоса испанцев, которых король Альфонс пригласил, чтобы за него проголосовать. Но еще накануне открытия конклава ясно, что этого недостаточно. Ходят слухи, что папой станет венецианец Пьетро Барбо, племянник Евгения IV, потом приходят к выводу, что чаша весов склонится в сторону Доменико Капраника, но он римлянин и друг Колонны. Значит, придется выбрать нейтрального кандидата. Казалось бы, для этого подходит грек Бессарион: восемь кардиналов высказываются в его пользу. Но боятся оскорбить общественное мнение, поставив во главе римской церкви представителя Востока, который совсем недавно отрекся от раскола. Подумали также об одном из несовершеннолетних братьев не имеющего отношения к Священной коллегии Антонио де Монтефальконе. Большинством голосов был выбран «переходный папа», и это после упорного сопротивления и таинственных шушуканий, происходивших, по словам Энеаса Сильвия Пикколомини, ночью в отхожем месте!
Утром 8 апреля 1455 года кардиналы присоединяются к предложению своих коллег Скарампо и Алена де Коэтиви. Они выбирают Алонсо Борджиа «по возвышению», то есть через наследственное членство. Нет никаких сомнений, что решение принималось с учетом его возраста — семьдесят семь лет. Кардинал Валенсийский соглашается. Он объявляет, что принимает имя Каликста III.
Единственный участник конклава, которого не удивили результаты выборов, — это сам Алонсо. В глубине души он всегда был уверен, что предсказание Винсента Феррье однажды осуществится. Частенько говорил об этом со своими друзьями; Жан де Капистран упоминает об этом в 1449 году. Чтобы отблагодарить выдающегося доминиканца и выполнить его пророчество, он поспешил канонизировать его 29 июня 1455 года. Правда, процесс канонизации был устроен до выборов Каликста. Но оставалось его закрыть, и это было сделано так поспешно, что позже, при Пие II, пришлось составлять новую буллу!
Незадолго до прославления Винсента Феррье, Каликст, чтобы завершить еще один процесс, начатый его предшественником, отдал приказ о пересмотре процесса Жанны д’Арк. 11 июня 1455 года он поручил его ведение архиепископу Реймскому, которому помогали епископы Парижский и Кутанский, а также великий инквизитор, доминиканец Жан Бреаль. Через год, в результате изучения мемуаров, предпринятого следствия и консультаций 7 июля 1456 года был вынесен приговор, который признавал недействительными обвинения, выдвинутые против Жанны д’Арк, и торжественно ее реабилитировал.