Казалось, все эти договоры принесли мир в Южную Италию. Но тем временем весной 1502 года разразился кризис между Францией и Их Католическими Величествами в королевстве Неаполитанском и скомпрометировал соглашение, достигнутое между двумя династиями. Анонимный корреспондент Савелли, который пишет из Таранто и лагеря Гонзальве Кордуанского — генерала Альфонса Арагонского, стремится разрушить зарождающееся согласие между Францией и Австрийским императорским домом, призывая осудить Александра VI, и особенно Чезаре — главного союзника Людовика XII в Италии.
Все эти злобные нападки привели к ожидаемому результату. Австрийцы стали очень сдержанны с Францией и ее союзником Борджиа. Эрцгерцог Филипп, начавший предварительные переговоры о заключении династического союза с французским сувереном, пытается стать посредником между Фердинандом Арагонским и Людовиком XII, но его усилия тщетны, и столкновение в королевстве Неаполитанском становится неизбежным. В этой войне Чезаре должен выступить на стороне Франции. Поэтому несмотря на враждебные настроения и недовольство Людовик XII показывает себя в Милане самым радушным хозяином. Ограбленным сеньорам остается только проявлять свое нетерпение. Франциск де Гонзага ловко меняет линию поведения. Он предлагает договориться о помолвке своего сына и Луизы — дочери Чезаре и Шарлотты д’Альбре. Так как Мантуя оказалась в окружении земель, принадлежащих Франции и ее союзникам — Венеции и герцогу де Валентинуа, этот брак становится очень ловким маневром для обеспечения безопасности маркграфства. Зная о выборе своего супруга, Изабелла д’Эсте соглашается, но не без задней мысли: она надеется, что смерть папы повлечет за собой разорение захватчика Романьи и тогда станет недействительным акт об обязательствах ее сына. В Милане Чезаре, уверенный в добром расположении к нему короля, возобновляет союз с Людовиком XII. Он обещает воевать на его стороне в течение трех лет. Со своей стороны, Людовик поставит де Валентинуа 300 групп копьеносцев, которыми тот сможет располагать по своему усмотрению против Бентивольо в Болонье и против кондотьеров Бальони, Орсини и Вителлоццо Вителли, если те откажутся прекратить войну против флорентийцев.
По просьбе короля Чезаре вместе с ним торжественно вступает в Геную 26 августа. Затем герцог и король уезжают — Чезаре сопровождает короля до Асти. Там они прощаются, и королевская гвардия салютует Чезаре. 7 сентября он снова в Ферраре навещает свою сестру Лукрецию. Она все еще не встает с постели. Снова он помогает своему шурину Альфонсу: держит ногу больной, когда ей пускают кровь. Но он не только утешает Лукрецию. Вместе с Геркулесом д’Эсте и его сыном, как и Чезаре, тесно связанным с французской короной, он обсуждает возможности покорения Болоньи в ближайшем будущем.
Имея согласие Людовика XII, де Валентинуа намерен направиться в Болонью и восстановить там права и власть Святого Престола. Французский суверен попросил его, однако, защитить интересы местных сеньоров Бентивольо: он направил Клода де Сейсселя к Джованни Бентивольо с уверениями в своем покровительстве, что несколько смущало Чезаре и его отца. Действия Рима никак не предполагали мирного разрешения проблемы.
2 сентября папа опубликовал бреве, обязующее Бентивольо и его двух сыновей явиться в Рим в ближайшие две недели, чтобы найти способ, как лучше управлять Болоньей. Разумеется, сеньоры Болоньи от этого уклоняются — за ними стоят жители Болоньи, среди которых перемешались враги и друзья Бентивольо.
Пока целый город выступает против Рима, Чезаре возвращается в свои владения в Имолу, чтобы подготовить карательную экспедицию. Его встречают управлявшие городом кардинал Борджиа, епископ Эльны, и Рамиро де Лорка. Там же герцог встречается со своим «великолепным и любимым инженером» Леонардо да Винчи, в отсутствие Чезаре проинспектировавшего крепости Романьи. До нас дошел подробный маршрут великого человека: 30 июля — Урбино; 1 августа — Пезаро, где он придумал новые машины и сделал наброски; 8-го — Римини, где он записал нотами музыку фонтанов; 11-го — Чезена, где Чезаре попросил его построить дворцы Университета и Апелляционного суда — Роты, где будет заседать «президент Романьи» — глава администрации и полиции. На эту должность Чезаре подобрал человека очень мудрого — Антонио дель Монте Сан-Савино, который возьмет на себя все полномочия жестокого Рамиро де Лорки. Организация подготовки празднеств была образцовой, а само торжественное вступление президента в должность состоялось 24 июня 1503 года.