Узнав об аресте кардинала, Чезаре тут же приказал задушить Паоло Орсини и герцога де Гравину. Казнь состоялась 18 января в Сартиано, около Пастель делла Пьеве. Затем де Валентинуа продвигается в глубь земель Сиены, разоряя маленькие города — Пиенцу, Кьюзи, Сан-Квирико. 27 января он обращается с ультиматумом к сиенцам, дает им 24 часа, чтобы изгнать Петруччи, и действительно добивается своего. Теперь он может возвращаться в Рим, разграбив по пути Аквапенденте, Монтефьясконе, Витербо; он не испытывает никакого почтения к достоянию Римской Церкви и предпочитает доставить удовольствие своим солдафонам, чем провоцировать бунт.
В Риме Александр VI посылает Джофре захватить имущество Орсини, но молодой человек оказывается неспособным выполнить это поручение. Папа желает, чтобы этим занялся Чезаре, и на этот раз уничтожил оставшихся членов могущественного семейства и их союзников, в частности — Савелли, а среди них — Сильвио, адресата таинственного автора памфлета, направленного против Борджиа. Самый могущественный из всех этих сеньоров — Джанджордано Орсини, засевший в своем замке Браччано. Начинать надо именно с него. Но Чезаре уклончиво отвечает на просьбу своего отца, потому что Джанджордано — друг короля Франции. Де Валентинуа считает себя связанным клятвой ордена Святого Михаила, запрещающей ему нападать на сеньора, если тот является его собратом. Ему снова приходится уклониться от ответа, когда Александр просит его осадить Питильяно, принадлежащий знаменитому кондотьеру Никколо Орсини, когда-то бывшего главным капитаном Церкви, а теперь ставшего генералом Венецианской Республики. Он знает, что должен быть осторожен как никогда: король Франции только что организовал лигу между Сиеной, Луккой, Флоренцией и Болоньей с целью усмирить амбиции Чезаре. Поэтому де Валентинуа выбирает единственное возможное решение: он решает осадить город Чери, расположенный на невысоком холме восточнее Черветери. Его защищает Джулио Орсини, брат кардинала, от имени местного сеньора — Джованни Орсини.
На все эти проволочки Чезаре папа отвечает ужесточением мер по отношению к своему пленнику — кардиналу Джанбаттиста Орсини. В разгар карнавала к нему приходит престарелая мать его пленника и просит позволить самой готовить и подавать еду ее больному сыну в замке Сант-Анджело. Несчастная женщина скрывает, что опасается отравления. Она покупает такое разрешение ценой в 2000 дукатов, которые она сама передает понтифику, а через любовницу своего сына, приехавшую в Ватикан в костюме всадника, вручает ему очень красивую жемчужину. Но за прелатом ухаживать теперь уже слишком поздно. Он умирает 22 февраля. Так как опять ходят слухи, что его отравили, Александр приказывает перевезти тело к усыпальнице в открытом гробу, чтобы все видели отсутствие характерных для отравления пятен. Но эта инсценировка и свидетельство врачей почти не смогли убедить общественное мнение. Все помнят, что Борджиа считали кардинала и Пандольфо Петруччи душой заговора кондотьеров. Следовательно, его устранение было необходимым политическим актом. Записи в дневнике Буркарда обрываются на драматической смерти кардинала Орсини и возобновятся только через полгода — 12 августа. К счастью, депеши послов и летописи позволяют восполнить этот досадный пробел, скорее всего, вызванный поездкой церемониймейстера в Страсбург. В Вечном городе постоянно происходят важные события.
Осада Чери дает Чезаре возможность использовать новые мудреные военные машины, придуманные Леонардо да Винчи: баллисты, подставные машины, катапульты, расположенные под углом платформы, позволяющие солдатам без риска взбираться на крепостные стены. 6 апреля, после месяца осады, город добровольно капитулирует. Джулио Орсини получает пропуск, дающий ему возможность укрыться со своими солдатами в Питильяно.