В личной жизни вице-король отрекся от роскоши, приличествовавшей его сану. Он начинал день с молитв, причащался один раз в неделю, а когда заканчивал государственные дела, подчинялся правилам ордена Сантьяго: уединялся и молился, размышляя о таинствах молитвы и перебирая четки. Ночью долгими часами он стоял на коленях, налагал на себя различные наказания, например, никогда не ужинать, что, правда, скорее напоминало нечто вроде диеты. Он стал болезненно тучным и поэтому жестоко страдал, когда скакал верхом. Насмехаясь над собой и намекая на свою кольчугу, он писал Карлу: «Ваше Величество прекрасно представляет себе, что это значит для моего толстого брюха!» Но не жаловался и даже считал себя в привилегированном положении: «Теперь меня будет вести вперед правосудие Божие!» Он прибегал к этому божественному суду в своих карательных экспедициях, но также и совершая благотворительные поступки: он всегда был готов помочь скорбящим и убогим. Он подавлял беспорядки, возникавшие после прохождения войск, морем направлявшихся из Барселоны в Италию или Фландрию. Обеспечивал снабжение продовольствием провинции и укреплял города в тот момент, когда французы угрожали Русильону. В период волнений он гарантировал населению безопасность.
Пока Франциск Борджиа — мирянин с замашками монаха-воина — восстанавливал общественный порядок, защищая духовные и материальные интересы своих подданных, скромная организация, появившаяся в подземной часовне Монмартра 15 августа 1534 года благодаря усилиям Игнатия Лойолы, бывшего узника Инквизиции Алькалы, добилась официального признания. Папа Павел III выдал ей буллу об основании 27 сентября 1540 года. «Общество Иисуса» было основано как ополчение и подчинялось генералу. От древних религиозных орденов этот отличался тем, что был настроен очень воинственно: его целью было завоевание душ, которым угрожали мирские опасности и бурное развитие новой реформистской религии. Строгий отбор давал возможность испытать искренность вступающих в ряды общества: помимо трех обетов — целомудрия, бедности, послушания, — они с большими трудностями получали разрешение дать обет неограниченного повиновения воле папы. Таким образом, в распоряжении понтифика была армия бесконечно более преданная, чем все светские армии. Так иезуиты начали штурм мира.
17 апреля 1541 года, в день Пасхи, Игнатий Лойола был избран генералом ордена. Первым членам своего общества он доверил первую миссию — трудиться на благо Церкви. Однажды в Барселону приплыл отец Антонио Араос. Он встретился с Франциском Борджиа, которого без труда убедил поощрять действия Ордена. В то время снова завязались отношения семьи Борджиа и Святого престола — в 1539 году был назначен кардиналом один из братьев вице-короля Генрих, сменивший своего покойного брата кардинала Родриго, который умер в 1537 году — через год после посвящения в кардинальский сан. Папа Павел III, бывший всего лишь кардиналом Фарнезе и братом красавицы Джулии, обязан своей карьерой Александру VI. Теперь он оказался связан с Борджиа: его привлекали не только мирские выгоды — они были едины в стремлении обеспечить спасение душ человеческих.
Вице-королю постоянно сообщали о том, как развивается деятельность Общества. Решающую поддержку иезуитам оказал король Жуан III Португальский, брат Императрицы Изабеллы. Основание Коллегии в Коимбре, необычайная миссия Отца Франсуа Ксавье в Индии, затем на границах Японии и Китая открывали Христианству такие перспективы, о которых раньше никто не осмеливался мечтать. Лютеранская Германия, Швейцария, завоеванная учением Цвингли и Кальвина, как и Франция, стали тем полем, на котором должна была развернуться битва против реформистов — их теперь считали еретиками. Иезуиты проникли повсюду: в императорские собрания выборных, города Империи, университеты, а на Тридентском вселенском соборе стали глашатаями папской власти.