Он рассказал о видении своему духовнику. В связи с этим у него появилось твердое убеждение, что после смерти герцогиня обретет вечную жизнь. Поэтому он стойко принял последний вздох своей супруги, мысленно произнеся однажды им данную клятву у открытого гроба императрицы-королевы в Гренаде.
Герцогиня умерла 27 мая 1546 года. Герцогу было 36 лет, и его связывала семья. Он не мог покинуть мир, не обеспечив будущего пятерым сыновьям и трем дочерям. Он откровенно рассказал об этом Игнатию Лойоле, потому что еще со времени встречи с отцом Антонио Араосом между ним и генералом установились дружеские отношения. Здесь стоит привести ответ Лойолы. В нем содержится новая форма вступления в Общество Иисуса — тайное обязательство. Польщенный просьбой герцога, генерал немедленно согласился. Он воззвал к Господу, прося указать новому Иезуиту, когда и как ему следует публично объявить о своем вступлении в Общество, и высказал при этом и свое мнение:
«Мне кажется, для того, чтобы вы могли как можно лучше выполнять все ваши обязательства, эти изменения должны происходить с желанием и большой осмотрительностью, во славу Господа Бога нашего. Тогда вы сможете постепенно решить все ваши проблемы так, что даже не открываясь никому из мирян, через некоторое время освободитесь от всего, что сможет задержать исполнение ваших святых желаний.
В пояснение я могу сказать, что так как вашим дочерям пора выходить замуж, то вы думаете обеспечить им соответствующее их рангу положение и женить маркиза, если для него представится подходящая партия. Остальным сыновьям недостаточно иметь только поддержку вашего старшего сына, который унаследует герцогство, — вы должны будете оставить средства для завершения их обучения в одном из главных университетов и средства для честной жизни. Остается верить, что, если они окажутся такими, какими они должны быть, и, надеюсь, они такими станут, Император окажет им милости в соответствии с вашими заслугами и из расположения к вам.
Полезно также продолжать стройки, вами начатые. Потому что мне хотелось бы, чтобы все ваши домашние дела были завершены, когда мы сообщим о переменах в вашей жизни. Однако так как вы сведущи в словесности, я хотел, чтобы вы серьезно занялись изучением теологии, и я надеюсь, что эта наука вам более будет нужна, чтобы служить Богу. Я желал бы даже, если, конечно, это возможно, чтобы вы получили степень доктора вашего университета в Гандии. Но в связи с тем, что в миру не в силах будут принять новость такого рода, я хотел, чтобы все произошло без особой пышности и все это сохранялось в тайне, пока время и обстоятельства дадут нам, с Божьей помощью, полную свободу действий».
Герцог, 2 июня 1546 года тайно давший обеты целомудрия и послушания, а также обет вступить в Общество Иисуса, вскоре принялся за дело. Его маленькими детьми занималась сестра его супруги — донья Хуана де Менессес. В 1548 году восемнадцатилетний маркиз де Ломбэ женился на донье Магдалене де Сентельяс и Кордона, графине д’Олива. В 1549 году старшая дочь Исабель вышла замуж за дона Франсиско де Сандоваля и Рохас, маркиза де Дениа и графа де Лерме. Впоследствии другие дети тоже заняли завидное положение в свете: Хуан — вице-король Португалии, Альваро — посол при Святом Престоле, Фернандо — рыцарь ордена Калатравы, Алонсо — императорский камергер; его вторая дочь выйдет замуж за Хуана Энрикеса де Аламансу, маркиза д’Алканисе, а последняя — Доротея — станет монахиней в обители Бедных Кларисс Гандийских.
Заботы о детях не помешают герцогу продолжать строительство Коллегии, названной Лойолой Университетом, к которой он присоединил свой собственный замок. Он установил стипендии и обеспечил жильем бедных студентов, детей морисков и детей марранов, надеясь сделать из них настоящих католиков. Отец Пьер Ле Февр, помогавший Игнатию Лойоле в создании Общества, вместе с ним заложил основы этой организации. Ее первым ректором стал отец Андре Овиедо — он и еще пятеро иезуитов обосновались в Гандии.
Постепенно все замыслы осуществлялись, и 1 февраля 1548 года герцог открыто дал торжественный обет вступления в Общество Иисуса, при этом ничего не изменив ни в своем облике, ни в образе жизни, только теперь он больше времени посвящал изучению теологии, чем управлению своими владениями.
В 1550 году в сопровождении тридцати слуг Франциск и его второй сын, двадцатисемилетний Хуан, отправились в Рим за индульгенциями Святого Года. Всадники двигались со скоростью религиозной процессии. Кортеж защищали отцы-иезуиты. Герцог исповедовался и причащался каждый день. Но ему было неудобно во время остановок на постоялых дворах заниматься привычным умерщвлением плоти: слуги, спавшие под его дверью, слышали удары хлыста — плети для истязаний, которым он себя подвергал, и каждый вечер они насчитывали более пятисот ударов.