25 октября 1555 года в Брюсселе Карл V передал своему сыну все свои владения в Голландии, потом, 16 января 1556 года — свои королевства Кастилии, Арагона и Сицилии. Перемирие в Восель, заключенное с Генрихом II, позволило ему передать своему сыну Франш-Конте в Бургундии. В середине сентября 1556 года он смог, наконец, отплыть в Испанию. 28-го высадился в Ларедо. После остановок в Бургосе и Вальядолиде 11 ноября он прибыл в Харандиллу, что недалеко от монастыря Святого Юста. Там он остановился, чтобы дождаться окончания работ по строительству его дома в монастыре. Ему оказал гостеприимство дон Гарсиа Альварес де Толедо, граф д’Оропеса.
Дворец Харандиллы, возвышающийся над Тахо, защищенный от северных ветров отрогами Гредос, был загородной резиденцией, и сейчас, поздней осенью, в погожие дни, он был весь залит солнцем. Из окон апартаментов и садов можно было видеть крыши соседнего монастыря Святого Иеронима Юсты, очень часто окутанного легким туманом, покрывавшим склоны гор. Император выбрал это место из-за его относительной близости к Новой Кастилии и к почитаемому храму Святой Марии Гвадалупской. 25 ноября 1556 года он проверил, как идут строительные работы. Очень простое по планировке здание имело четыре хорошо освещенные комнаты на первом и втором этажах. Опочивальня императора через проход, украшенный разноцветным фаянсом, сообщалась с хором церкви. Просторная кухня с огромным камином могла вместить около пятидесяти слуг, находившихся при императоре в течение дня, а вечером возвращавшихся к себе домой в соседнюю деревню Куакос или Харандиллу. Чудесное спокойствие, проточные воды, прекрасный сад с апельсиновыми и фиговыми деревьями, отгороженный от песчаной равнины маленькой рощей — после всех своих нравственных терзаний император обрел здесь предвосхищение рая, к которому он так стремился.
Примерно на Рождество 1556 года, еще будучи в Харандилле, Карл пригласил Франциска Гандийского к себе. Он не забыл их долгих бесед, намереваясь заставить бывшего герцога отречься от ордена Иезуитов и держать его при своей особе в качестве духовного наставника и с его помощью обеспечить себе вечное спасение. Он хотел ему предложить вступить либо в орден Иеронимитов, либо в орден Картезианцев. Франциска об этом известила регентша Хуана, и он смог подготовить защиту свою собственную и ордена так хорошо, что после долгих бесед со своим прежним повелителем в течение двух дней он убедил того в превосходстве правила иезуитов: цель каждого члена ордена — действовать ради «вящей славы божьей» и в том, что не следовало критиковать эту организацию под тем предлогом, что она недавно появилась. Франциск сумел переубедить императора. Карл встретил его с необычайным почтением: отец Франциск спал в соседней комнате и разговаривал с ним с покрытой головой, что ему разрешалось как испанскому гранду. Эти подробности окончательно сломили сопротивление по отношению к иезуитам в правящих кругах: их обвиняли, в частности, в их слишком тесных отношениях с Римом. Дон Хуан де Ла Вега, глава Совета Кастилии, стал активным покровителем ордена.
5 февраля 1557 года Карл V обосновался в своем доме в монастыре Святого Иеронима Юста. Он виделся только с некоторыми верными ему людьми. Среди них был и отец Франциск Борджиа. В сентябре Карл поручил ему передать соболезнования своей сестре Екатерине, потерявшей мужа — короля Жуана Португальского, умершего 11 июня 1557 года.
Вдовствующая королева очень приветливо встретила отца Борджиа, и он провел у нее большую часть октября, отстаивая тайное предложение императора своей сестре. В тот момент маленькому королю Себастьяну было только три года. Если ему случится преждевременно умереть, Карл V желал бы, чтобы португальская корона перешла бы к его родному внуку дону Карлосу, который родился в 1545 году от брака принца Филиппа, ставшего Филиппом II, и инфанты Марии Португальской. Отец Борджиа смог получить согласие королевы несмотря на уклончивость грандов.
Эта миссия при Португальском дворе имела очень серьезные последствия как для ордена, так и для самой страны. Франциску удалось убедить вдовствующую королеву доверить воспитание наследника короны ордену Иезуитов. Отец Лаинес поручил одному из португальских отцов — Луису Гонзальве де Камара стать наставником юного принца. Влияние этого монаха на неокрепший ум принца, взбалмошного и фантазера, оказалось роковым. Впоследствии это привело к тому, что молодой король затеял совершенно безумный крестовый поход в Северную Африку. Там он погиб в 1578 году на поле битвы при Альказарквивире, вызвав тем самым трагический династический кризис, в результате которого Испания захватила Португалию. Но ничто пока не предвещало такого драматического исхода. Правоверное королевство, богатевшее на продаже пряностей и колониальных товаров, по всем морям рассылало свои прибыльные экспедиции, а иезуиты, подготовленные в Коимбре и в других местах, участвовали в этой необычайной эпопее. Казалось, что их орден с триумфом выполнил здесь свою программу духовного завоевания мира.