В бывшем королевстве Гренада, на юге Испании, обстановка была взрывоопасной. Мориски время от времени бунтовали против представителей Его Католического Величества. В 1569 году репрессии достигли своего пика. Филипп II издал декрет, в котором приказал разрушить турецкие бани, запретил арабский язык и ношение традиционных мавританских одежд. Ответом стала настоящая война: нападения на Гренаду и Альмерию, осквернение церквей, убийства священников и монахов. Брат короля дон Хуан Австрийский выставил против бунтовщиков мощную армию. Адмирал Кастилии привел к побережью свой флот, чтобы помешать приходу подкрепления из Африки. Наконец, в 1571 году герцог д’Аркос разгромил мавров в решительном сражении, а Филипп II изгнал обращенных насильно, оставшихся в живых и их семьи; они шли через все королевство, доведенные до нищеты, умирая от болезней, и единственными, кто оказал им помощь, были отцы-иезуиты. Еще со времени основания их ордена они считали своей обязанностью проявлять сострадание к «новым христианам», евреям или мусульманам по происхождению. Франциск Борджиа увидел раздробленную Испанию, где царил произвол, преследовали за религиозные верования. Страна полыхала от религиозных сражений с внутренними и внешними врагами.
30 августа 1571 года кардинал Александрийский и отец прибыли в Барселону. Каталонцы радостно встретили своего бывшего вице-короля — они прекрасно помнили его как великолепного воина и умелого администратора. В его честь Инквизиция, до этого осудившая его труды, теперь опубликовала их, отдавая дань уважения стойкости его веры.
В Валенсии дети ждали встречи со своим отцом. Там были его сыновья — герцог Карлос и его брат Алонсо, его внук Франсиско, маркиз де Ломбэ, его зять маркиз де Дениа. Он с трудом избежал приготовленного для него праздника и поспешно направился в Мадрид выполнить поручение, данное ему и кардиналу Александрийскому — чисто формальное, потому что Испания уже согласилась стать ударной силой в будущем крестовом походе.
Дон Хуан Австрийский находился в Мессине, где под знаменем Святого Петра собирался огромный флот. Эскадрами командовали величайшие моряки того времени: генуэзец Андреа Дориа, римлянин Маркантонио Колонна, венецианец Бабариго и кастилец маркиз де Санта-Крус. 7 октября 1571 года этот христианский флот с иезуитами и капуцинами на борту (они составляли духовное войско) разгромил ислам, одержав решительную победу в морском сражении при Лепанто.
Успех крестового похода, однако, не значил, что посольство кардинала Александрийского и Франциска Борджиа закончилось. В Португалии они должны были решить одну деликатную проблему — речь шла о выживании королевской династии вообще. Молодой король Себастьян в свои семнадцать лет находился под абсолютным влиянием воспитавшего его иезуита Гонзальве де Камарра. Монах устроил так, что его брат Мартин де Камарра стал фаворитом и министром короля. В 1568 году, когда Себастьян достиг возраста совершеннолетия — ему исполнилось четырнадцать лет, — могущество иезуитов проявилось во всей своей полноте. Под их влиянием дворянские фамилии были вынуждены возвратить награбленное ими имущество, принадлежавшее военным орденам. Молодой человек мечтал только о заморских завоеваниях и победах над неверными. Но его духовные наставники считали, что необходимо срочно обеспечить династическую преемственность. Нужно было найти жену для юноши, хотя и было известно, что сделает он это нехотя, только повинуясь приказу своего исповедника, потому что ни по своей физической природе, ни по мистической экзальтированности он не был к этому расположен.
Его бабушка, королева Екатерина, хотела, чтобы он женился на одной из ее внучатых племянниц — одной из дочерей императора Максимилиана II. Тогда Австрийский дом по-прежнему обладал бы португальской короной. Но одна из этих двух принцесс вышла замуж за Филиппа II, а другая — за Карла IX. Единственной подходящей партией оставалась французская принцесса Маргарита де Валуа — дочь Екатерины Медичи и сестра короля Карла IX. В беседе с королем отец Борджиа подчеркнул, что папа Пий V тоже согласен на этот брак, так как благодаря ему Франция присоединится к католическому лагерю. Наконец Себастьян согласился, но сделал это исключительно из христианского смирения.
Зима была в самом разгаре. Начатые в Португалии переговоры теперь надо было продолжить по дипломатическим каналам. Однако Франциск Борджиа опасался, что папским посланникам во Франции придется столкнуться с определенными трудностями, потому что принцесса, как говорили, была помолвлена с принцем-протестантом Наваррским. Король Испании предоставил ему корабль для возвращения в Италию. Но кардинал Александрийский получил из Рима приказ продолжать свою миссию. 2 января 1572 года он снова отправился в путь и приказал генералу иезуитов следовать за ним. Страдающий от болей Франциск окольными путями пересек Пиренеи, пытаясь обойти владения еретички Жанны д’Альбре, королевы Наваррской. В Блуа он приехал через два дня после легата. Молодой король оказал ему почетный прием, выехав верхом ему навстречу. Но римское посольство опоздало. В соответствии с секретным мирным договором, заключенным с протестантами 8 августа 1570 года в Сен-Жермен-ан-Лэ, Екатерина Медичи и ее сын готовили брак принцессы Маргариты с Генрихом Беарнским, королем Наваррским, юным предводителем реформистской партии. Теперь было почти уже невозможно начать переговоры в пользу Себастьяна. И речи не могло быть о вступлении французского королевства в антисултанскую лигу, во-первых, потому что со времен Франциска I между Францией и Турцией существовали особые связи, а во-вторых, потому что после яркой победы при Лепанте сама лига оказалась бесполезной. Кроме того, французы и слышать не хотели о проведении Тридентского церковного собора на территории Франции. Поэтому аудиенция у короля 8 апреля оказалась особенно неудачной.