По линии своего деда Екатерина Медичи предъявляла права на Португалию и попыталась поэтому устроить торг. Об этом она написала в Лиссабон отцу Франциску: она согласилась бы на короля Себастьяна в качестве претендента на руку своей дочери, если бы испанскую инфанту выдали замуж за ее сына герцога Анжуйского, будущего Генриха III. Но так как подобного предложения никто ей не сделал, она оставила в Блуа кардинала-легата и генерала иезуитов и отправилась в Шенонсо, куда только что прибыла королева Наваррская. 14 февраля обе королевы начали последнюю стадию переговоров о браке своих детей. Через десять дней не оставалось никаких сомнений — в Блуа пришло известие, что, несмотря на суровые требования Жанны д’Альбре, приводивший в ужас Римский двор, брак между юным еретиком и принцессой был практически решен.
24 февраля посольство Святого престола покинуло королевский двор. Кардинал Александрийский удалился с большим достоинством, его сопровождал епископ Антонио Мария Савелли, папский нунций. Кардинал отказался принять королевские подарки — серебряные и золотые вазы. Но когда он уже уходил, Екатерина задержала отца Франциска и как о милости попросила оставить ей скромные четки, висевшие у него на поясе. Папские представители уезжали в большом смущении. Несмотря на то, что им дали вежливый отказ, от них не скрыли, насколько недоверчиво королева-мать и некоторые ее советники относились к протестантам: вполне возможно, во Франции грядут перемены…
В Лионе кардинал-легат и генерал иезуитов расстались. Кардинала Александрийского срочно вызвали в Ватикан, где его дядя папа Пий V был при смерти. Отец Франциск был не в состоянии так торопиться. По дороге в Блуа он остановился в оскверненной церкви, открытой всем ветрам, и там отслужил мессу в честь Девы в день праздника Сретения Господня. Было очень холодно, и у него начался плеврит. Он не лечился как следует, и болезнь обострилась. Франциску шел шестьдесят первый год, его организм был ослаблен усталостью и умерщвлением плоти. В Сен-Жан-де-Морьен ему пришлось лечь в постель. Об этом сообщили герцогу Савойскому и тот прислал своих людей, чтобы на носилках перенести отца в Турин. Герцог приготовил почетную встречу своему гостю, но у Франциска не было сил на ней присутствовать. Он приказал перенести себя в лодку, стоявшую у берега По. Он провел Страстную неделю и пасхальные праздники в двух лье от столицы Пьемонта. Затем он спустился вниз по течению реки. Повторив путь, который когда-то совершила Лукреция, он добрался до Феррары за четыре дня.
Великолепная бригантина, посланная навстречу его родственником герцогом Альфонсом II д’Эсте, ждала его у границ герцогства. Отец Франциск приказал отвезти себя в коллегию иезуитов в Ферраре. Но он был слишком болен, и ему было недостаточно ухода врачей коллегии. Альфонс поместил его в один из своих загородных домов, куда направил самых сведущих врачей, и приказал молиться за выздоровление больного перед Святым Причастием во всех церквах города.