Вся пьеса Виктора Гюго направлена на то, чтобы создать образ «анти-Лукреции», но автор все-таки пытается оправдаться: «Автор нем перед критиком… Конечно, он смог бы ответить на многие замечания… Тем, кто будет его упрекать в преувеличении преступлений Лукреции Борджиа, он скажет: „Почитайте Томази, почитайте Гиччардини, почитайте, главное, Diarium. Тем, кто порицает его за то, что он принимает на веру некоторые народные полуфантастические предания о смерти мужей Лукреции, он ответит, что очень часто истина поэта черпается из народных сказаний“». Уловка неплоха — сумел-таки утереть нос педантам-историкам. Венчает все радость автора, давшего этой чудовищной Лукреции утробу матери. Таким образом, его чистая совесть может спокойно почивать на лаврах его творения!
В этой драме преступление принимает гигантский размах: «Я видел Лукрецию Борджиа только издали […], как ужасный призрак, закрывший собой всю Италию, как привидение», — восклицает Дженнаро, тайный сын Лукреции. Разумеется, главную роль играет яд Борджиа: «Яд опасный, — говорит Лукреция, — яд, от одной мысли о котором бледнеет любой итальянец, знающий историю двадцати последних лет… Ни один человек в мире не знает противоядия этому страшному составу, никто, кроме папы, герцога де Валентинуа и меня».
Яд и кинжал снова встречаются у Александра Дюма, который отводит Борджиа главное место в первом томе своей серии Тайные преступления, постоянно переиздаваемой с 1839 по 1893 годы. Известнейший Якоб Буркхардт, автор книги Культура Итальянского Возрождения, твердо верит в «безжалостный яд»: «Те, кого не поразил кинжал Борджиа, находили смерть от яда». Такого же мнения придерживается Жюль Мишле: «У отца и сына было в обычае отправлять на тот свет кардинала, если не хватало денег». (Возрождение). Но как-то вдруг выяснилось, что пролито слишком много крови. Цепкие историки начали проверять документы, на которых основывалось обвинение. Начались терпеливые поиски во всех архивах и библиотеках, и возникла ненасытная потребность в издании текстов, во многом изменивших восприятие этой эпохи.
Поощренные такой реакцией и считая, что пришло время полностью реабилитировать Борджиа, некоторые благочестивые души решили, что пора действовать. Некий Черри в 1858 году, аббат Оливье в 1870, отец Леонетти в 1880 опубликовали настоящее жизнеописание святого… Александра VI — все, опубликованное ранее, было ложно. Никогда у папы не было детей. Те, которых ему приписывали, были его племянники, сыновья его неизвестного брата… или же он был женат до посвящения в сан. Безупречный ученый и убежденный католик граф Анри де Л’Эпинуа был вынужден взяться за перо в 1881 году и в Обозрении исторических вопросов опровергнуть эту ложь. То же самое сделали в 1873 году в связи с публикациями аббата Оливье в том же журнале отец Матань и отцы-иезуиты в Civilta Cattolica. Л’Эпинуа выступал от имени исторической науки, но, как он говорил, он прежде всего повиновался «властному призыву моего ума — говорить правду, всю правду, даже если придется осудить папу и эпоху, ставших для Церкви одним из самых суровых испытаний».
Этот спор возник в момент, когда возродился интерес к историческим документам, посвященным Борджиа. В 1866 году Джузеппе Кампори посвятил исследование Лукреции, озаглавив его весьма красноречиво — Una vittima delle Storia (Жертва Истории). В нем он впервые опубликовал значительное количество документов из архивов Эсте в Модене. Немецкий ученый Фердинанд Грегоровиус, великолепный знаток истории Рима, к ним добавил еще шестьдесят пять важных документов, многие их которых были найдены в Риме, Модене и Мантуе. Его обширная биография Лукреция Борджиа, опубликованная в Штутгарте в 1874 году, переведенная на французский и итальянский языки в 1876 году, положила начало научному подходу к истории Борджиа.
После появления этого труда великий эрудит Людвиг фон Пастор сделал смелую попытку написать на обновленной основе Историю пап начиная с конца средневековья. В течение трех столетий тайные архивы Ватикана были недоступны для исследователей. В 1888 году папа Лев XIII, наконец, их открывает. Он разрешает Пастору просмотреть архив консисторий и буллы и бреве Александра VI, содержащиеся в ста тридцати томах Папской Канцелярии. Пастор сличил эти документы со многими другими — неизвестными или малоизвестными — из 80 библиотек и хранилищ Европы, в основном итальянских. Книга X, посвященная Александру VI, опубликована в 1895, переведена и издана во Франции в 1898 году, впоследствии будет много раз переиздаваться и дополняться вплоть до самого последнего издания Анджело Меркати и Пио Ченци на итальянском языке в 1951 году. Это издание претендует на объективность и искренность и не обходит молчанием ни один недостаток Александра VI. Пытаясь объяснить крайности в его поведении, автор использует самые разнообразные документы, часто весьма противоречивые. Среди них — подлинные тексты и синтетические произведения, появлявшиеся примерно одновременно — Diarii (Ежедневные записки) — нечто вроде ежедневных обзоров новостей, собиравшиеся венецианцем Марино Санудо с 1496 по 1523 годы (опубликованные в пятидесяти восьми толстых томах в Венеции с 1879 по 1902 годы), Приули — с 1494 по 1512 годы (опубликовано с 1912 по 1937 годы). Фламандский ученый Питер де Роо компилирует значительное количество источников о Борджиа, большинство из которых были уже известны, в своем пятитомном сборнике Material for a history of pope Alexandre VI (Материалы по истории папы Александра VI), Брюгге и Нью-Йорк, 1924, переиздано в Испании в 1952 году.