В 1491 году молодой Борджиа переехал из Перузы в Пизу, где посещал лекции по теологии Филиппо Дечио. Он встретился с молодым кардиналом Джанни Медичи, который уже заканчивал учебу. Там же, в Пизе, он узнал, что 12 сентября 1491 года папа Иннокентий VIII пожаловал ему епископство Памплонское: вскоре он назначил Мартина Запата, каноника и казначея Толедо, администратором его епархии.
Таким образом, Чезаре, как и его брат — новый герцог Гандийский, оказывался тесно связанным с колыбелью своей семьи. В это же самое время, по желанию отца, готовился брачный контракт их сестры Лукреции с испанцем, доном Керубино Хуаном де Сентелья, сеньором Валь д’Агора в королевстве Валенсийском. 29 февраля 1491 года римский нотариус Камилл Бенеимбене составил такой контракт. Вскоре Лукреция должна была отправиться в Валенсию, чтобы там через полгода вступить в брак. Ее приданое составляло 100 000 валенсийских су, часть его давалась в драгоценностях, часть — деньгами, и включало также 11 000 су, завещанных ей ее братом Педро Луисом, первым герцогом Гандийским. По неизвестным причинам два месяца спустя контракт был расторгнут. Состоялась новая помолвка — с пятнадцатилетним юношей, доном Гаспаре, сыном Хуана Франсиско де Просида, графом д’Аверса в королевстве Неаполитанском: Гаспаре тоже был испанцем и жил в Валенсии.
Отстаивая свои испанские права, Борджиа, естественно, восприняли взятие Гренады как событие, которое их непосредственно затрагивало. 1 февраля 1492 года весь Рим был освещен, и, несмотря на дождь и ветер, в церковь Святого Джакомо-Покровителя-Всех-Испанцев на площади Навоны отправилась огромная процессия с благодарственным молебном. Через несколько дней кардинал Родриго продолжил официальные праздники. Он дал римлянам возможность увидеть скачки быков. Пять представлений происходили на арене, вокруг которой располагались трибуны, на них присутствовали кардинальская семья и Лукреция вместе с Адриенной де Мила и Джулией Фарнезе.
За праздниками, посвященными взятию Гренады, последовали другие. В марте поводом стало вступление молодого кардинала Джанни Медичи. В мае Рим украсился флагами к визиту Феррандино, принца Капуанского. Внук короля Ферранте привез обязательство суверена заплатить ежегодную дань — 36 000 дукатов или 2000 всадников и 5 трехрядных галер. О достигнутом согласии свидетельствовал брак Людовика Арагонского, внука Ферранте, и Баттистины, внучки Иннокентия VIII, дочери Теодорины Чибо и Герардо Усодимаре, отпразднованный в Ватикане. 4 июня во время тайной консистории понтифик объявил Альфонса де Калабра законным наследником неаполитанской короны, что глубоко возмутило короля Франции Карла VIII: суверен опасался, что крестовый поход, который планировалось начать из Неаполитанского королевства, сорвется, если Франция присвоит неаполитанское наследство. Казалось также, что у папы установились прекрасные отношения с Турком: не ему ли прислал султан Баязид в мае 1492 года Святое копье, которым римский солдат Лонгиний пробил ребро Христу, распятому на кресте?
Никого уже не удивляли двусмысленные отношения папы и султана, основанные на чем-то вроде взаимного уважения двух врагов. Хотя точно так же уважалось античное язычество, которое иногда как-то странно возрождалось благодаря гуманистическому настрою и археологическим находкам. В Порто д’Анцо нашли чудесную статую Аполлона, и папа тотчас же принял языческого бога в Ватикане, мало заботясь о том, что таким образом он почтил одного из тех идолов, из-за которых преследовали первых христиан. Удивительные находки следовали одна за другой: однажды каменщики-ломбардцы, работавшие около монастырского дворика Санта-Мария Нуова на Аппиевой дороге, в саркофаге нашли тело юной римлянки лет пятнадцати. Она так хорошо сохранилась, что казалась живой. Толпа любопытных могла восхищаться румянцем, губами, приоткрывающими очень белые зубы, прекрасными волосами, забранными в хвост. Саркофаг перенесли в Капитолий, так как удвоилось количество желающих полюбоваться этим необычайным созданием: теперь говорили, что это — дочь Цицерона. Иннокентий VIII, испугавшись, что девушку объявят святой, приказал ночью похоронить тело. О находке теперь свидетельствовал только мраморный саркофаг, оставленный во дворце хранителей.