Начиная со следующего зала, роспись совершенно меняется. Это просторный рабочий кабинет, его фрески изображают свободные искусства и науки. На мраморных тронах восседают молодые женщины, окруженные знаменитыми учеными, представляющими разные дисциплины. Женщины воплощают грамматику, риторику и диалектику (искусства первого цикла обучения, или trivium), музыку, астрономию, геометрию и арифметику (искусства второго цикла, или quadrivium). Если присмотреться, то на этих портретах можно увидеть приближенных папы. Так, на фреске «Риторика», принадлежащей кисти Пинтуриккьо, можно увидеть тайного камергера, который охранял маленькую дверь, ведущую из зала Свободных Искусств в комнаты отдыха Святого отца. На потолке — аллегорическое изображение Правосудия, библейских сцен из истории Лота и Иакова. Здесь опять мы видим знаки Борджиа — бык и корона, бросающая пять лучей на землю.
Из рабочего кабинета можно пройти в башню Борджиа, построенную в 1494 году. Для приемов использовался зал Кредо, его площадь — 95 квадратных метров. Он освещен тремя окнами. В его росписи чередуются апостолы и пророки в двенадцати композициях: каждый апостол держит в руках свиток со стихом из «Символа веры»: считалось, апостолы составили его текст до ухода из Иерусалима. Наконец, в «Зале Сивилл», не таком просторном (чуть менее 60 квадратных метров) изображены двенадцать прорицательниц с пророками. Свод расписан сценами из мифа об Озирисе и изображениями языческих богов. Эта роспись еще раз подтверждает преемственность воплощений Бога со времен языческой древности до христианской эпохи.
Закрытые после правления Юлиана II комнаты апартаментов Борджиа, обновленные и предоставленные для посещения публики в 1897 году Львом XIII, — одно из самых прекрасных творений итальянского Возрождения. Британский историк Эвелин Марк Филипс, побывавшая там после их повторного открытия, прекрасно передала невероятно сильное впечатление, возникающее и сегодня от посещения этих апартаментов: «Возможно, здесь как нигде в Риме ощущаешь себя в реальной обстановке эпохи Возрождения. Днем, когда тишину в этой длинной анфиладе комнат нарушает лишь шум воды из фонтана посреди двора, сразу же возникает мысль о живших здесь некогда людях. Как в этом месте солнце сверкало в светлых волосах Лукреции, знаменитый понтифик прогуливался в парчовых одеждах, а Чезаре Борджиа надевал золотые доспехи…»
Замечательная роспись была выполнена очень быстро. За работами наблюдали папа и члены его семьи. Можно сказать, что волшебная кисть Пинтуриккьо обессмертила его модели.
Весной 1494 года Лукреции приходится покинуть блестящий и радостный римский двор. Понтифик приказал своему зятю Джованни Сфорца отправиться в Пезаро, чтобы собрать армию. В Романье вместе с неаполитанцами ему предстояло бороться против грозного французского нашествия. По случаю отъезда Лукреции организуется пышный парад. Многочисленная свита, состоящая из кавалеров и дам, покидает Санта-Мария-ин-Портику. Лукреция и Джулия, ее придворная дама, скачут на белых иноходцах. За ними следуют носилки с племянницами папы — Адриенной де Мила и Хуаной Монкада. Доверенное лицо — Франсиско Гасет — приставлен к ним в качестве советника: ему поручено постоянно поддерживать связь с Ватиканом.
Приезд в Пезаро 8 июня 1494 года оказался испорченным из-за ливня, срывавшего гирлянды цветов и перевернувшего триумфальные арки, возведенные в честь приезда сеньоров. В течение следующих дней Лукреция знакомится со своим княжеством: это маленькая равнина, зажатая между зеленых холмов, где протекает река Фолья, а затем уже впадает в море. Планировка города напоминает шахматную доску. Его улицы, проложенные по прямой, застроены монастырями, церквами. Господский замок — настоящая крепость с четырьмя бастионами — возведен на углу крепостных стен и развернут к Адриатическому морю. В летнюю жару в этой резиденции можно задохнуться, но, к счастью, в получасе езды находится «Императорская вилла». Построенная в 1464 году во время пребывания императора Фридриха III, она привлекает приятностью просторных залов и свежестью садов. Жизнь Лукреции размеренно протекает между замком и деревней, иногда ее оживляют скромные развлечения. К счастью, в архивах замка Сант-Анджело сохранилось несколько писем, дающих нам сведения об этом пребывании, но, что еще более ценно, рассказывающих о привязанности, существовавшей между папой, его дочерью и его любовницей. Мы узнаем, что Лукреция выдает замуж Лукрецию Лопес, дочь папского датария и даму из своей свиты, за врача, владельца Пезаро Джанни Франческо Ардицио. Затем маленький двор украсился, чтобы принять с 22 июня по 5 июля соседку — Екатерину де Гонзага, супругу графа Оттавиано де Монтевеккья: кроме светских игр, был организован турнир красоты между Екатериной де Гонзага и Джулией Фарнезе. Арбитром выбран папа, находящийся в Риме. Адриенна де Мила, Хуана Монкада, каноник Гасет, сама Джулия и Лукреция направляют ему свои суждения. Особенно колко высказывается Лукреция. «Я не буду много говорить Вашему Блаженству о красоте Екатерины Гонзага, о ней вы наслышаны. Она на шесть пальцев выше мадам Джулии, дородна, у нее белая кожа и красивые руки: это милая особа, но у нее отвратительный рот, ужасные зубы, белые глазищи, довольно уродливый нос, безобразный цвет волос, длинное, почти мужеподобное лицо». Для Лукреции спор уже решен: любовница ее отца, ее подруга Джулия — самая прекрасная.