Окрестности замка расчищены, соседние дома снесены, восстановлены крепостные рвы. Внешняя крепость — квадрат со стороной в сто метров — защищена бастионами, а массивная башня преграждает вход на мост Сант-Анджело. Связь с Ватиканом обеспечивается через коридор, по которому можно пройти из крепости в папский дворец вдоль стены Борго. Эти работы по укреплению и расширению крепости осуществлены управляющим Хуаном ди Кастро, епископом Агридженты, доверенным лицом папы.
Когда в середине декабря 1494 года Александр узнает, что король Франции покинул Витербо, он прячет сокровища Святого престола в крепости: тиары из золота и серебра, папские драгоценности, мощи. Сундуки и постели, гобелены и дорогие ковры сносят в парадные помещения вокруг двора Борджиа. Конечно, папа не собирается немедленно прятаться. Он еще надеется, что герцог Калабрии сможет остановить захватчиков, используя папские войска. Но ничто не может помешать быстрому движению французов, разделившихся на три армии. Первая, насчитывающая 7000 пехотинцев и 2400 всадников, под командованием Людовико Моро, заставила отступить в Романью неаполитанскую и папскую армии. Вторая, которую возглавляет король, в 6000 пехотинцев и 4000 всадников, готовится соединиться с первой на подходе к Риму. Третья, в 5000 пехотинцев и более чем в 2000 всадников, перевозимая на кораблях, должна высадиться в Неттуно: план предусматривает, что она соединится с баронами Колонна, врагами Александра VI, с сентября занимающими замок Остии по договору с кардиналом Джулиано делла Ровере. Таким образом, французы собираются взять Рим в тиски.
11 декабря вынужденный отступить герцог Калабрии отправился в Рим, чтобы вместе с графом де Питильяно разработать новый план действий. Они решают использовать римские крепости, чтобы организовать сопротивление захватчикам. Замуровываются северные двери крепости в том месте, где заканчивается дорога из Витербо. На верхней площадке замка Сант-Анджело устанавливаются пушки. Воинственные демонстрации возвращают храбрость и оптимизм папе и его окружению. Карл VIII понимает это по той небрежности, с которой в Риме приняты его чрезвычайные послы. Камергер Луи де ла Тремуль, глава парижского парламента Жан де Гане и главный интендант финансов Дени де Бидо явились потребовать «свободного прохода» по землям Святого престола, но еще и выдачу принца Джемаля в связи с предполагаемым крестовым походом и признание прав Карла на королевство Неаполитанское.
Ободренный присутствием герцога Калабрии, папа отвергает их просьбы. Он делает их своими пленниками и оставляет в качестве заложников кардиналов, к которым благоволят в Милане и во Франции — Асканио Сфорца, Лунати, Савелли, Сан-Северино, а также мирян — Просперо Колонна и Джироламо Туттавилью, сына кардинала д’Эстутвиля. Но римляне совершенно не расположены подражать ему в подобных проявлениях воинственности. Как только Колонна занимает город Остию, продовольствие прекращает поступать в город и начинается голод. Деревню заполонили дезертиры и грабители. Немногочисленные купцы, которые рискуют ехать в Рим, вынуждены собирать вооруженные караваны. Видя бездеятельность своих подданных, папа обращается к живущим в городе иностранцам. Буркард и шесть его соотечественников пытаются объединить германскую нацию: собралось около двадцати человек, среди которых владельцы постоялых дворов Колокола и Ангела, пять башмачников, и один из них — сапожник Буркарда, хирург, цирюльник, слесарь и несколько торговцев. Миролюбивые ремесленники ничего не хотят делать без приказа начальников городской полиции. Но даже если бы и удалось их мобилизовать, то понятно, что они разбежались бы, едва завидев французов.