Король вступает в Капуа, рядом с ним скачет брат султана, но он едва держится в седле: его мучают сильнейшие боли в голове и горле. Через несколько дней начинает болеть грудь. Принца приходится нести на носилках сперва в Аверсу, а потом в Неаполь, куда король вступает 22 февраля. Врачи короля бессильны перед этой таинственной болезнью. 25 февраля тридцатипятилетний Джемаль умирает, скорее всего, от пневмонии, возникшей как последствие бронхита.
Как это часто бывает, если внезапно умирает какой-нибудь принц, сразу же возникают разговоры о яде. По мнению церемониймейстера Буркарда, Джемаль «проглотил продукт или напиток, к которому его желудок оказался не приспособлен, не привык». В этих словах сдержанно высказывается предположение об отравлении. Венецианский историограф Марио Санудо уверяет, что на трупе имелись явные признаки, указывающие, что смерть была вызвана ядом. Вслед за слухами он повторяет, что «папа выдал королю уже отравленного принца», но тут же добавляет, что речь идет здесь об «обвинении, на которое не стоит полагаться, так как прежде всего это повредило бы самому папе». Конечно, эта смерть для Александра VI была не выгодна: он терял таким образом 40 000 дукатов ежегодного содержания, выплачиваемого Баязидом II за своего брата. Но враги Александра VI весьма своевременно вспоминают, что в письмах к папе, захваченных осенью 1494 года, султан предложил ему 300 000 дукатов за устранение Джемаля. Никаких следов, свидетельствующих о передаче этих денег, нет, но смущает тот факт, что позже Александр попытается потребовать уплаты за выдачу трупа Баязиду. Сами турки верили в отравление: летописец Сиадеддин предположил, что цирюльник внес яд папы через бритву.
Таким образом, со всех сторон начинается настоящая клеветническая кампания против Борджиа. Об этом шепчутся современники, а их преемники выдвинут настоящее обвинение. В следующем веке итальянский историк Паоло Жове высказывается за отравление: «Все полагали, что из ненависти к королю Франции и желая получить вознаграждение, обещанное султаном, папа приказал подмешать смертоносный порошок в сахар, который Джемаль клал во все напитки. Это был очень белый порошок, достаточно приятного вкуса, который не лишал жизни внезапно, как современные яды, а постепенно проникал в вены, вызывая впоследствии смерть». Гишарден выдвигает такое же обвинение и добавляет, что подобное преступление вполне характерно для преступной натуры понтифика. Скорее всего, использовали либо мышьяк, либо порошок из шпанской мушки, получаемый путем высушивания жучков-навозников; в маленьких дозах шпанская мушка оказывает возбуждающий эффект, а в средних дозах — внутренние повреждения, могущие вызвать смерть. Эти предположения станут почвой, на которой даст обильные всходы литература, посвященная легенде о яде Борджиа…
Не желая портить свои отношения со Святым престолом, Карл VIII предпочел согласиться с мнением о естественной смерти. Он приказал набальзамировать труп и перенести его в замок Гаэты: только четыре года спустя — в 1499 году — останки заложника будут перенесены в некрополь его предков в Бурсе, Анатолия.
Несомненно одно: косвенно смерть Джемаля была выгодна папе и всем тем, кто в Италии был враждебно настроен к появлению короля Франции — она лишала его козыря, которым он собирался воспользоваться для крестового похода после завоевания Неаполя. Теперь, когда религиозный довод короля перестал существовать, Александр мог заключить союз с Венецией и Миланом, чтобы заманить Карла в западню, прервав его связь с тылами герцога Орлеанского, оставшегося в Пьемонте, и с Францией.
Положение французов в Неаполе осложняется: там их врагами становятся неизлечимые болезни, а особенно одна из них, до тех пор неизвестная, — сифилис. Швейцарские наемники покидают армию и возвращаются домой. Когда четырнадцать солдат и одна женщина проезжали через Рим, они были убиты и ограблены. Добыча оценивалась в 500 или 600 экю. Рассказывают, что Чезаре Борджиа организовал ловушку, чтобы отомстить за ограбление дома его матери во время первого пребывания французских войск. Такие нападения становятся обычными. Так, около Изолы, в нескольких лье к северу от Рима, был убит и ограблен сын кардинала де Сен-Мало: он вез 3000 экю.