Время проходило, и языки понемногу развязывались. «Я снова слышал, что в смерти герцога Гандийского обвиняют его брата, кардинала», — напишет из Венеции 22 февраля 1498 года Джованни Альберто делла Пинья герцогу Феррары. Историки Санудо и Гишарден будут утверждать, что Чезаре виновен. Позже, в зависимости от того, захотят польстить или нет папской власти, будут либо сомневаться, либо соглашаться с этим обвинением. Убийца действовал таким образом, что никогда против него невозможно будет собрать доказательства. Но предосторожность даже подчеркивала исключительный характер преступника. Это был гениальный человек, и подобного человека при римском дворе, кроме Чезаре, не было.
То, что папа слишком рано начал подозревать своего сына, доказывает тот факт, что он не пытался с ним встретиться до его отъезда в Неаполь. Действительно, 22 июля Чезаре покидает Рим, имея полномочия легата, чтобы короновать в Капуа короля Фредерика. 7 августа Александр VI направляет Джофре и Санчию участвовать в этой церемонии. Санчия приезжает как раз вовремя, чтобы ухаживать за Чезаре, почувствовавшим легкое недомогание. Он был ее любовником. Коронация происходит в назначенный день 10 августа. Несмотря на отсутствие баронов Сан-Северино, враждебных по отношению к арагонцам, большинство крупных вельмож сопровождают короля, едущего под золотым балдахином, в собор, где ведет службу Чезаре. Фредерик раздает титулы и милости своим сторонникам, в частности Просперо и Фабрицио Колонна.
Королевский праздник в Капуа пришелся кстати, чтобы удалить из Рима Джофре и Санчию, имена которых упоминаются в следствии по делу об убийстве Хуана. Лукреция все еще находится в монастыре Сан-Систо. Папа даже рад, что его дети находятся вдали от него и не встречаются. Таким образом, ему не придется видеть, как они рвут на части друг друга. Но в курии устанавливается какая-то странная атмосфера. Летописец Санудо рассказывает, что в Ватикане и замке Сант-Анджело появляются призраки: фантастическое свечение и загробные голоса пугают папское окружение. Находясь вдали от Рима, Чезаре демонстрирует полное хладнокровие. Короновав Фредерико в Капуа, 15 августа он вместе с ним отправляется в Неаполь и останавливается в королевской резиденции Кастель Капуано. Он объявляет при неаполитанском дворе, что из папских анклавов (вклинившиеся части чужой территории) было образовано герцогство Беневенте. Он извещает, что оно было передано старшему сыну Хуану Гандийскому. Поступая таким образом, он действует как исполнитель воли своего убитого брата, к великому гневу его вдовы, Марии Энрикес, убежденной в его виновности. Представляя папу, сюзерена короля, он торжественно проезжает по улицам Неаполя во главе 300 всадников рядом с Санчией и ее братом Альфонсом Арагонским. Этот пышный парад становится успешным завершением его деятельности в Неаполе в качестве легата: Священная коллегия оказывает ему честь, выехав встречать его, когда он возвращается в Рим 6 сентября. От церкви Санта-Мария-Нуова до Ватикана кардиналы сопровождают своего молодого собрата. Александр VI созывает консисторию, чтобы встретить его в папском дворце. Он, по традиции, целует его, но не говорит ему ни единого слова. Эта непривычная холодность свидетельствует о глубокой убежденности, что Чезаре виновен в убийстве брата. Недомогание, которое из-за этого испытывает папа, вынуждает уехать из Ватикана, как если бы он хотел защититься от своего собственного сына.
28 октября Александр поселяется в замке Сант-Анджело. В этот же день, по странной случайности, полиция посадила в карцер подземелья бывшего личного секретаря понтифика архиепископа Козенца Бартоломео Флореса, предварительно лишенного церковного сана. Арестованный 14 сентября прелат был приговорен к пожизненному заключению 13 октября, после того как сознался, что вместе с тремя из своих служащих он изготовил более 3000 фальшивых булл. Один из этих актов разрешал монахине из Португалии, особе королевской крови, покинуть монашеский сан и вступить в брак с внебрачным сыном покойного короля. Другой позволял священнослужителю жениться, сохранив свой сан. Большинство предоставляли освобождение и возможность незаконно получить богатые бенефиции. За такую торговлю, чрезмерно практиковавшуюся в папской канцелярии, Флорес был замурован в подвал мавзолея императора Адриана, ужасный каземат Сан-Марокко. В рубахе из грубой парусины и зеленом плаще с капюшоном архиепископ-фальсификатор дожидался там своей смерти.