С верхнего этажа, где в роскоши жил папа, он приказал приносить пленнику каждые три дня немного хлеба и воды и давать ему немного масла, чтобы тот мог читать Библию, Послания Святого Петра и требник, который ему оставили. Александру было необходимо, чтобы его пленник прожил еще некоторое время. Скрывая свои намерения, он несколько раз посылал к нему Жана Марадеса, избранного епископа Тула, Пьера де Солиса — архидиакона Бавии в церкви Овиедо, и еще других своих приближенных, чтобы с ним поиграть в шахматы. Так они принудили его признаться, что он направлял многочисленные бреве без ведома понтифика, и среди них право на получение бенефиций в Испании: это признание позволило бы Александру VI доставить удовольствие Изабелле и Фердинанду, отменив как подложные подлинные акты, полученные людьми, которые им не нравились. Флоресу пообещали дать новые должности, если он признается. Но когда он это сделал, посетители исчезли и оставили его гнить в своей камере до самой смерти 23 июня 1498 года.
Вот что происходило за кулисами папской резиденции. Знаком божьего гнева посчитали ужасную грозу, которая обрушилась на замок Сант-Анджело. Молния ударила в пороховой склад, и он взорвался. Каменные глыбы разлетелись во все стороны. Некоторые упали на другом берегу Тибра, было ранено около пятнадцати человек. Статуя Святого архангела Михаила, венчавшая памятник, исчезла, разбитая на куски, молния ударила в острие шпаги, направленной в небо. Народ был убежден, что статуя вознеслась на небо.
Свирепствовала болезнь. Раскаяние папы закончилось очень быстро, в Вечном Городе снова царил разврат. В первом ряду в церквах стояли публичные женщины и любовницы прелатов, как это видел Буркард в церкви Отшельников Святого Августина 28 августа в день праздника этого святого, когда шла торжественная служба. Эпидемия сифилиса охватила все слои населения. За два дня до того как Флорес был заключен в тюрьму, сторож замка Сант-Анджело Бартоломео де Луна, епископ Никастро, умер от «французской болезни». Скорее всего, в Неаполе у Чезаре тоже был приступ этой венерической болезни. Его личный врач Гаспаре Торелла, к счастью, нашел лекарство, которое в соединении с заботами Санчии позволило больному преодолеть кризис. Лекарь приобрел большую известность, опубликовав впоследствии свой рецепт в трактате De Pudendagra. Сразу же по возвращении кардинал Валенсийский, защищенный этим лекарством, смог наслаждаться прелестями римских куртизанок. Одной из его любовниц была знаменитая Фьямметта. Но Чезаре умел скрывать свои связи. Матери его незаконнорожденных детей неизвестны. Говорят только, что одной из них была придворная дама его сестры Лукреции.
Сладострастие, поощряемое примером высших слоев, ничем не сдерживается. Буркард приводит самые яркие примеры из жизни Священной коллегии. Кардиналу Сегорбскому, изъеденному сифилисом, разрешено не преклонять колени перед папой во время празднования Пасхи в 1499 году. Кардиналу Монреальскому удалось, наконец, выздороветь после двухлетнего отсутствия на церемониях: он присутствует на мессе в декабре 1499 года. Враг папы — Джулиано делла Ровере, будущий Юлий II, — тоже заразился этой болезнью. Отказ от плотских удовольствий, который из-за болезни стал более явным, чем когда-либо, выражается в глубоком скептицизме. Нравственное отречение папы становится более уязвимым. Он не препятствует появлению памфлетов, отрицающих загробную жизнь. Только в связи с необходимостью охраны здоровья общества предпринимаются меры, ограничивающие царящий разврат. В апреле 1498 года римляне становятся свидетелями странной процессии: по улицам сбиры ведут шесть селян в бумажных митрах и хлещут их кнутом. Зараженные «французской болезнью» дали им деньги, чтобы те позволили им лечь в чаны с растительным маслом для облегчения их страданий. После чего крестьяне отправились продавать это масло в город, уверяя покупателей, что оно чистое и хорошее.