С этого момента снова всплыло обвинение в кровосмесительной связи дочери и отца, выдвинутое Джованни Сфорца, но заговорили и об инцесте сестры и брата.
Гуманист Саннадзаро сочинил ужасную эпиграмму в форме латинской эпитафии, направленную против Лукреции:
Это обвинение в перекрестном инцесте, со сладострастием воспроизводимое поэтами и летописцами Возрождения, враждебно настроенными по отношению к Борджиа, а также поэтами-романтиками, оказалось подхваченным в XX веке писателем Джузеппе Портильотти, который предположил, что молодая женщина потребовала издания двух булл, потому что сама не знала, от кого из двух любовников — отца или сына — был ребенок!
Другие историки, напротив, отказываются видеть в Лукреции mulier soluta, «незамужнюю женщину», названную в булле матерью ребенка. Они указывают, что, принимая Лукрецию при дворе Феррары, Альфонс д’Эсте обращался с этим ребенком как с братом своей супруги и сыном папы и неизвестной женщины. Но такое поведение доказывало только его осторожность и желание соблюсти приличия. В семье герцогов Феррары привыкли смешивать законных и незаконных детей, и раз уж сам папа подтверждал происхождение «римского инфанта», приличия были сохранены и ничто не мешало Лукреции держать при себе сына, выдавая его за своего брата.
Скромное рождение «римского инфанта» не помешало ходу переговоров папы и Чезаре с неаполитанским двором по поводу брака Лукреции и принца Альфонса. Король Фредерик тем более благосклонно был настроен к этому браку, что с помощью папы он только что разгромил своих врагов-баронов семьи Сан-Северино — и теперь праздновал победу. 13 февраля 1498 года он с триумфом вошел в свою столицу. Укрепление союза папы и арагонской династии Неаполя было необходимо как никогда. Политика Александра VI была направлена на то, чтобы сделать невозможным возвращение французов в Италию: это была одна из причин, по которой он хотел добиться от Флоренции устранения Савонаролы, бывшего в тосканской республике самым стойким сторонником короля Франции.
Утешительное письмо, присланное в момент убийства герцога Гандийского, временно усмирило гнев папы. Но период покаяния закончился, и 19 июля 1497 года Александр VI снова поставил флорентийской сеньории суровые условия, предварявшие отмену бреве, которым Савонарола отлучался от церкви: брат Джироламо должен будет оправдаться в Риме, если только он не согласится вступить в римско-тосканскую конгрегацию, находящуюся под непосредственной властью папы. Об этом ультиматуме во Флоренции узнают в тот момент, когда там свирепствовала эпидемия чумы, за лето убившая множество людей. Сторонники Медичи воспользовались беспорядками, сопровождавшими это ужасное бедствие, чтобы составить заговор. В самый последний момент он потерпел неудачу, и в назидание пятеро заговорщиков были приговорены к смерти. В атмосфере гражданской смуты Савонарола решает не увеличивать своим упрямством несчастья соотечественников. 13 октября 1497 года он решается просить прощения у суверена-понтифика.
«Как дитя, страдающее при виде разгневанного отца, пытается любыми путями и средствами смягчить его и не теряет надежду, что он сжалится над ним, так и я, терзаемый отказом Вашего Святейшества в милости Вашей, снова припадаю к вашим стопам, умоляя услышать наконец крик моей боли и позволить мне вернуться в лоно Церкви».