Людовик XII поручает господину де Ла Ромажеру обсудить брак с Аленом д’Альбре. В марте в Кастельжалу королевский посланник встречается с прокурорами семьи: Габриэлем д’Альбре, братом Шарлотты, Рено де Сен-Шаманом, сеньором Лиссака, сенешалем Ажене и лиценциатом права Жаном де Кальвимоном, сеньором Тинсака. Переговоры долгие и трудные, потому что Ален д’Альбре оказывается требовательным и алчным. 19 апреля в Нераке подготовлены, наконец, условия брачного контракта. Через 10 дней отец сообщает о них королю, но только после того, как ему разрешено «увидеть и пощупать» папское разрешение, освобождающее Чезаре от данных им обетов, потому что он не хочет, как когда-то король Неаполя, отдать свою дочь замуж за священника, сына священника. Ален д’Альбре дает Шарлотте в приданое 30 000 ливров: 6000 он выплатит во время свадьбы, а затем по 1500 ежегодно, пока не будет выплачена вся сумма, но при этом Шарлотта должна отказаться от своих прав на наследство родителей. Мебель и другое имущество супругов будут находиться в общей собственности. Если Чезаре умрет первым, Шарлотта будет получать до конца жизни ренту в 4000 ливров и будет жить в том замке, который ей выберет Чезаре. Чтобы увеличить приданое Шарлотты, король обязался дать герцогу де Валентинуа 100 000 ливров, а Ален д’Альбре просит выплатить эту сумму в дукатах. Он требует, чтобы его прокуроры проверили, что движимое имущество Чезаре во Франции действительно стоит 120 000 дукатов, как это заявляет сын папы.
Просьбу выплатить приданое в дукатах король считает чрезмерной и отклоняет ее. Но желая ускорить подписание контракта, свое обязательство о выплате 100 000 ливров он подкрепляет личной гарантией генеральных казначеев Франции. Он обещает, что вся сумма будет передана Алену д’Альбре через 18 месяцев, а Чезаре сам передаст ему половину — 50 000 ливров. В ордонансе, изданном в Монтиль-су-Блуа в апреле 1499 года, король признает, что сын папы занял ему эту сумму в деньгах и драгоценностях, «для того чтобы соединить в браке, который мы собирались и собираемся заключить, его и одну из наших родственниц в нашем королевстве». Чтобы вернуть свои деньги, Чезаре получит доходы королевского имения в Иссудене, то есть то, что дадут штрафы, и сможет продать должности в соляном амбаре этого города, — то, что раньше было прерогативой короля, а теперь эти права получил Чезаре. Чтобы ускорить заключение брака, сын папы соглашается, чтобы герцогство было закреплено за его женой. Он использует свое влияние на папу для назначения брата Шарлотты Аманье д’Альбре кардиналом.
10 мая в Блуа обе стороны подписывают брачный контракт в присутствии короля, королевы Анны, кардинала Амбуазского и главных сановников королевства. Свидетелями Чезаре стали его верные слуги — Агапито Гверарди и Рамиро де Лорка. Так как главная цель этого союза — заручиться поддержкой Святого Престола, когда король отправится воевать в Италию, Людовик приказывает, чтобы в тексте появилась дополнительная статья о том, что герцог, его родственники, друзья и союзники окажут ему услугу в завоевании королевства Неаполитанского и герцогства Миланского, а взамен он пошлет папе королевские войска, если последует такая просьба.
Брак отпразднован и совершен 12 мая. Чезаре посылает своему отцу письмо на испанском языке, где рассказывает о своей первой брачной ночи и хвалится, что совершил «восемь путешествий». Возможно, Чезаре грешил излишним самодовольством, рассказывая об этом. Но если верить слухам, ходившим при дворе и сохранившимся в Мемуарах Робера де ла Марка, сеньора Флеранжа, Чезаре попросил у аптекаря возбуждающих пилюль, а тот либо по ошибке, либо из злого умысла дал ему слабительное, «столько, что всю ночь ему пришлось ходить в отхожее место, как на следующее утро сообщили дамы в своем отчете».
Как бы то ни было, новобрачная была счастлива. На следующий день она пишет своему свекру почтительное и очаровательное письмо, в котором сообщает о своем большом желании навестить его в Ватикане и о том, что она без ума от своего мужа. Людовик XII, радуясь тому, что этот союз ему удался, тоже пишет папе, чтобы порадовать его любовными успехами его сына: с Анной Бретонской он «сломал четыре копья», а Чезаре — восемь: два до обеда, шесть — ночью. Подобная доблесть заслуживала награды, и Анна Бретонская подарила Чезаре коня и кольцо за 400 дукатов, попросив его носить «из любви к ней». А король направляет папе в его дворец в Ватикан сто бочек бургундского вина. 19 мая, в день Троицы, он награждает Чезаре орденом Святого Михаила.