Чтобы отпраздновать свершение брака, 23 мая Александр VI приказывает зажечь огни; это вызывает осуждение Буркарда, который считает событие «неприятностью и стыдом для Его Святейшества и Святого Престола». Но эта радость, сделанная всеобщим достоянием, являет собой очередной поворот в политике, о котором папа желает всем сообщить, — о присоединении Святого престола к союзу против Людовико Сфорца, заключенному два месяца назад между Францией и Венецией. Цезарь становится привилегированным союзником французского короля. Перед тем как отправиться походом в Италию с армией Людовика XII, он продолжает вести роскошную жизнь. За один месяц он растратил все деньги, которые привез из Рима. Александр VI вынужден прийти на помощь: сначала он передает ему 18 000, потом 22 000, наконец, 10 000 дукатов. Чезаре едет в свою сеньорию Иссуден, чтобы забрать полученные доходы. Там он заболел. Не успел выздороветь, как ему приходится прибыть ко двору в Роморантен, куда король заехал попрощаться с королевой Анной. Сын папы там встречается со своей супругой Шарлоттой д’Альбре и проводит с ней несколько дней. Но это их последняя встреча: он оставляет жену беременной, больше никогда не увидит ее и свою единственную законную дочь Луизу.
Тем временем Людовико Сфорца перехватил гонцов Рима и Франции: он прекрасно осведомлен о том, что замышляется против него. Папа сбросил маску. Отныне он очень резко выступает против него в своих публичных высказываниях. Зная, что маленький Франческо, сын Моро, страдает глазами, Святой отец радуется этой болезни и заявляет, что было бы хорошо, если бы весь дом Сфорца был разорен и уничтожен. Кардинал Асканио не может вынести этих провокаций. В ночь с 13 на 14 июля он бежит из Рима в замок Непи, а оттуда 21-го едет в Неттуно, где садится на неаполитанскую галеру. Он сходит на берег в Порто-Эрколе и через несколько дней вместе со своим братом в Милане готов отразить атаку французов и венецианцев.
Обращение Александра VI на сторону французов глубоко возмутило враждебные Франции государства. Испания и Португалия направляют в Рим послов с гневным протестом по поводу такой перемены в политике. Они недовольны, что Святой отец больше думает о выдвижении своих детей, чем о судьбе Церкви. Но все это пустое! Александр отвечает с некоторым юмором: он забирает Беневенто у своего испанского внука и снова делает эту вотчину собственностью Святого престола. Теперь он уже не скрывает своего удовлетворения, когда приходит известие о скором французском вторжении. Армия собирается в Асти с мая по июль 1499 г.: в ней — от 12 до 13 тысяч всадников, 17 000 французских и швейцарских пехотинцев и целый парк грозной артиллерии. В штаб вошли великолепные военачальники — Тривульс, Линьи, д’Обиньи, Шомон д’Амбуаз, к ним присоединился еще неопытный Чезаре Борджиа. Венеция пообещала прислать тяжелую кавалерию и 4000 швейцарских, итальянских и испанских наемников. У Людовико Моро нет армии, способной противостоять такой мощи. Ему не хватает денег, чтобы заплатить наемникам. Поэтому Людовик XII считает, что поход против Милана будет легким и продлится не больше 2–3 месяцев.
Эта новая политическая ситуация особенно тревожит мужа Лукреции Альфонса Арагонского, князя Бисельи, неаполитанца и друга Сфорца. Однако Александр пытается успокоить своего зятя. Вместе с Лукрецией он приглашает его на все церемонии в Ватикан. В январе он приглашает его и кардиналов Лопеса и Джанни Борджиа на охоту с гончими в окрестностях Остии: охотники вернутся в Ватикан только 1 февраля с богатой добычей — оленями и косулями. 9 февраля Лукреция вместе со своим мужем участвует в сельском празднике в виноградниках кардинала Лопеса. Чтобы развлечься, молодая женщина предлагает своим дамам побегать наперегонки по аллеям, но земля слишком скользкая. Герцогиня оступается. Падая, она увлекает за собой бежавшую позади девушку, и та падает в свою очередь на нее. Лукреция теряет сознание. Ее доставляют в ее дворец, где «в 9 часов вечера она потеряла ребенка, неизвестно — мальчика или девочку», — как сообщает посол Каттанео. И действительно, она была на третьем месяце беременности. К счастью, через два месяца она снова забеременела и о несчастном случае забыли.
Между тем Лукрецию очень обрадовала новость о браке Чезаре: она не забыла, что именно ему она обязана своим счастливым браком с Альфонсом де Бисельи. Но ее муж и его сестра Санчия не разделяют ее радости, потому что теперь Чезаре и его отец стали их врагами: вступая в брак, герцог де Валентинуа вынужден был пообещать, что он будет участвовать в завоевании Неаполя и Миланского герцогства. Санчия находит предлог, чтобы жестоко поругаться с папой, своим свекром: командующий папской гвардией напал на ее мужа Джофре на мосту Сант-Анджело и ранил его. Молодая женщина считает это происшествие проявлением враждебности папы по отношению к арагонцам. Таково же мнение ее брата Альфонса. После бегства кардинала Сфорца в июле Альфонс охвачен паникой. Даже любовь Лукреции не в состоянии его успокоить. Рано утром 2 августа 1499 года он бежит из Рима. Его преследуют сбиры папы, но ему удается укрыться в Дженаццано, вотчине Колонна — друзей короля Неаполитанского.