Во вторник, 18 августа, как мрачно повествует Буркард, «учитывая, что дон Альфонсо отказывался умирать от ран, он был задушен в своей постели». Флорентийский и венецианский посланники более словоохотливы по этому поводу. Их рассказы совпадают и поражают. Как вихрь во второй половине дня в комнату больного врывается герцог де Валентинуа. Оттуда он прогоняет всех — Лукрецию, Санчию, слуг и приказывает вожаку своих головорезов Микелотто Корелле задушить герцога. Позже, уже в правление Юлия II, зловещий убийца признается под пытками, что Александр VI приказал убить Альфонса, но это признание, единственная цель которого — обелить Чезаре Борджиа, не вызывает доверия. Когда в опочивальню Александра прибежали Лукреция и Санчия, он послал своих камергеров попытаться предотвратить убийство Альфонса. Но когда те пришли, было уже поздно. «В тот же вечер, — пишет Буркард, — к часу ночи, труп герцога де Бисельи был перенесен в собор Святого Петра в часовню Богоматери Всех Скорбящих. Преподобнейший Франциск Борджиа, архиепископ Козенца, сопровождал тело убитого вместе с членами его семьи. Врачи покойного и горбун, который за ним ухаживал, были арестованы и препровождены в замок Сант-Анджело. Было начато следствие. Затем их отпустили как невиновных: об этом прекрасно знали те, кто приказал их арестовать».
Горе Лукреции безгранично. Ей было всего 20 лет, а Альфонс Арагонский стал ее первой настоящей любовью. Но даже то, как она выражала свое горе, вызывало неудовольствие папы и Чезаре. Им надоело постоянно видеть ее заплаканные глаза, осунувшееся лицо. Так как традиция требовала от вдовы строгого траура, Александр отправил свою дочь в Непи, дав ей в сопровождение 600 всадников. Там она уединилась — среди мрачных этрусских гор. Безутешная герцогиня уехала из Рима 31 августа. «Настоящей причиной этого отъезда, — пишет недоверчивый Буркард, — было стремление найти утешения или отвлечься после потрясения, вызванного смертью светлейшего Альфонса Арагонского, ее мужа». Там она оставалась до ноября. Пребывая в постоянной печали, она подписывала свои письма так: «Самая несчастная из женщин».
Траур в Ватикане был более чем призрачным. Казалось, что Александр совершенно забыл об этом отвратительном преступлении. Чтобы отвлечься, он нашел для себя полезное занятие в разработке новых планов крестового похода против турок, который он предложил христианским государствам в начале Святого Года. Еще в марте один из его капелланов, венецианец Стефано Талеацци, подготовил данные о состоянии сил оттоманского противника, которые оценивались в 150 000 всадников и 50 000 пехотинцев. Он считал, что христианская Европа в состоянии им противопоставить 80 000 пехотинцев и 50 000 всадников, которые разделились бы на две армии. Одна двигалась бы через Центральную Европу, другая — через Балканы на Стамбул. Все было предусмотрено: флот, артиллерия, продовольствие, боеприпасы и даже гильдии ремесленников, которые бы их сопровождали. Предполагалось, что затраты составят три миллиона дукатов за год военных действий. Эти деньги будут получены в соответствии с июньской буллой от обложения 10 %-м налогом христиан, а евреи будут платить налог в 20 %.
Крестовый поход стал предлогом для выяснения доходов кардиналов. Кардинал Асканио Сфорца признался, что его доход — 30 000 дукатов, Джулиано делла Ровере — 20 000, кардинал Зено — 20 000, Эсте — 14 000, Сан-Северино — 13 000. Фарнезе заявил, что имеет только 2000 дукатов ренты. Всего налог от Священной коллегии мог принести 30 000 дукатов, от курии — 15 800, а папа сам по себе заплатил бы 16 000. Если к этому добавить суммы, выплаченные в качестве доходов по бенефициям за пределами Рима, то налог, взятый с сановников Ватикана, мог бы составить 76 000 дукатов. Но требуемых миллионов не находилось. В сентябре, в качестве примера, понтифик сразу выплатил 50 000 дукатов. Этот дар был вызван очень важным событием: в руках у турок оказался стратегически важный город Модон на Пелопоннесском полуострове. Это снова вызвало интерес тысяч паломников, находящихся в Риме. Трагедии Ватикана тут же были забыты, и все увлеченно следили за этими приготовления, предвещающими великий заморский поход. Александр умел делать показательные жесты. В августе он издал приказ, чтобы колокола церквей звонили каждый день в полдень, призывая верующих молиться за успех будущего похода, читая Pater и Ave Maria. Он поощрял поклонение святой Анне и Деве Марии: утвердил буллу Сикста IV, установившую культ Непорочного Зачатия. Хотя он не занимался канонизацией, но начал следствия о набожных личностях, которые впоследствии могли бы стать предметом поклонения верующих: несчастный Генрих VI Английский и вдова Франсуаза Роман, бросившая светскую роскошь ради умерщвления плоти — две антитезы семьи Борджиа.