Ко времени правления Бориса относится учреждение патриаршества (1589 г.), которое сравняло первосвятителя русской церкви со вселенскими восточными патриархами и дало ему первенство перед митрополитом киевским. Вместе с тем 4 архиепископии были возведены в достоинство митрополий: Новгородская, Казанская, Ростовская и Крутицкая; 6 епископов сделались архиепископами, и вновь явилось 8 епископств.
Другим важным событием внутренней истории России была отмена Борисом Юрьева дня, права свободного перехода крестьян от одного владельца к другому.
Из указа царя Василия Ивановича Шуйского узнаем, что «царь Феодор по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьян заказал». Указа о прикреплении не сохранилось, но он должен был относиться к первым годам царствования Фёдора, как видно из царского указа 1597 года. Целью прикрепления было обеспечить государственную службу помещиков и платёж повинностей, а это требовало необходимо твёрдой оседлости земледельческого класса. Прикрепление совершилось в интересах мелких служилых людей, которые при праве свободного перехода не могли выдерживать конкуренции с крупными светскими землевладельцами, а также с духовными (митрополит, архиереи, монастыри), которые привлекали крестьян на свои земли более льготными условиями. Указ о воспрещении перехода не позволяет, однако, считать Бориса основателем крепостного права, так как оно было создано укладом жизни, а не законодательным актом.
В 1591 г. совершилось событие, имевшее огромное влияние на судьбу Бориса: 15 мая в Угличе погиб царевич Димитрий, причём жители Углича перебили людей, заподозренных ими в убийстве царевича. Следствие, произведённое на месте особой комиссией, присланной из Москвы, выяснило, что царевич, страдавший падучей болезнью, был не убит, но, играя в тычку ножом, в припадке упал на нож и зарезался. Народная молва обвинила в убийстве Бориса. Насколько действительно Борис виноват в преждевременной смерти царевича, остаётся до сих пор тёмным. Обвинение же Бориса в убийстве основывается, главным образом, на соображении, что смерть Димитрия была в интересах Бориса: она не только спасала его от опалы в будущем, но и очищала дорогу к престолу, После углицкого происшествия клевета не раз чернила Бориса, обвиняя его в различных злодеяниях и нередко истолковывая лучшие действия его в дурную сторону. Вскоре после смерти Димитрия (в июне того же 1591 года) в Москве вспыхнул сильный пожар, истребивший весь Белый город. Борис старался оказать всевозможную помощь погорельцам, и вот пронёсся слух, что он нарочно велел зажечь Москву, чтобы милостями привлечь её жителей. Нашествие крымского хана Казы-Гирея под Москву летом 1591 г. приписывалось также Борису, который будто бы желал тем отвлечь внимание народа от смерти Димитрия. Не пощадили Бориса даже от обвинения в смерти царя Фёдора, беспотомственная кончина которого ставила Бориса, имевшего много врагов, в трагическое положение.
Борису оставалось одно из двух; или достижение престола, или падение, которое в лучшем случае привело бы его в монастырь. Не только ради честолюбия, но и ради самосохранения он избрал первое. По смерти Фёдора (7 января 1598 г.), последнего царя из династии Рюриковичей, все присягнули царице Ирине, чтоб избежать междуцарствия, но она, чуждая властолюбия, в девятый день по кончине супруга удалилась в московский Новодевичий монастырь, где и постриглась под именем Александры. За Ириной последовал в монастырь и брат. Управление государством переходит в руки патриарха и боярской думы, а правительственные грамоты издаются по указу царицы Ирины. Во главе правительства стал патриарх Иов, действиями которого руководила не просто преданность Борису, но глубокое убеждение, что Борис — человек наиболее достойный занять престол и что избрание его в цари обеспечит порядок и спокойствие, в государстве. В пользу избрания Бориса, кроме свойства с покойным царём, всего более говорило долголетнее пользование царской властью при Фёдоре, а царствование Фёдора рассматривалось современниками как царствование счастливое. Сверх того, долголетнее пользование верховной властью дало Борису и его родственникам громадные средства и связало с его интересами интересы всей тогдашней администрации Московского государства. С самого начала патриарх предлагает Бориса в цари и, сопровождаемый боярами, духовенством и народом, просит Бориса принять царство, но получает от него решительный отказ. Чтобы сломить упорство Бориса, созывается земский собор. 17 февраля выборные собрались к патриарху в числе свыше 450; большинство из них состояло из духовенства, покорного патриарху, и служилых людей, сторонников Бориса. После речи Иова, прославлявшей Бориса, земский собор единогласно постановил «бить челом Борису Феодоровичу и кроме него никого на государство не искать», 21 февраля, после многих упрашиваний, угрожаемый отлучением от церкви, Борис согласился исполнить просьбу земских людей. Эти неоднократные отказы со стороны Бориса объясняются сначала ожиданием избрания от земского собора, а затем русским обычаем, который требовал всякую почесть, даже простое угощение, не принимать по первому приглашению. 30 апреля Борис переехал из Новодевичьего монастыря в Кремль и поселился с семьёй в царском дворце. Слухи о нашествии крымцев заставили Бориса вскоре (2 мая) выступить из Москвы во главе огромного войска и остановиться в Серпухове, но вместо орды явились послы от хана с мирными предложениями. В стане под Серпуховом Борис угощал служилых людей пирами, одарял их, и они остались очень довольны новым царём, «чаяху и впредь себе от него такого жалованья». Из этого похода царь с торжеством вернулся в Москву, как бы после великой победы. 1 сентября, в день Нового года, Борис венчался на царство. Во время венчания, под влиянием радостного чувства, у осторожного, сдержанного Бориса вырвались слова, поразившие современников: «Отче великий патриарх Иов! Бог свидетель сему, никто же убо будет в моём царстии нищ, или беден!» Тряся за ворот сорочки, царь прибавил: «И сию последнюю разделю со всеми». Царское венчание, кроме пиров во дворце, угощений народа, пожалований в чины, сопровождалось необыкновенными милостями: служилым людям выдано двойное годовое жалованье, купцам дано право беспошлинной торговли на два года; земледельцы освобождены на год от податей; есть известие, что было определено, сколько крестьяне должны были работать на помещиков и платить им; вдовам и сиротам розданы деньги и съестные припасы; освобождены заключённые в темницах и получили вспоможение; иногородцы также были освобождены на год от податей.