Вне стен химической лаборатории работа в академии радовала Бородина всё реже. Осенью 1873 года он потерпел фиаско, не добившись утверждения Менделеева профессором физики МХА, когда из-за болезни Хлебникова кафедра оказалась вакантной. Зинин почти полностью отстранился от дел. Когда моль поела его форменный сюртук, пощадив лишь погоны, он для визита к начальству одолжил форму у любимого ученика. Шить новую явно не стоило, коли Николай Николаевич собирался совсем оставить академию, что в 1874 году и осуществил. У Бородина прибавилось забот, а вот научного общения с учителем, всегда столь плодотворного, он окончательно лишился.
История с неизбранием Менделеева очень типична для тех лет. Один конфликт следовал за другим, и не всегда было понятно, где извечная борьба партий, а где — борьба всех против всех. Кажется, в истории с Ильей Ильичом Мечниковым, выдвинутым Сеченовым в профессора академии, но забаллотированным Конференцией, Бородин должен был оказаться на стороне будущего нобелевского лауреата. Но нет, он категорически встал на сторону академического большинства и не изменил своей позиции, даже когда Сеченов покинул МХА. Долго еще гуляло по аудиториям и коридорам эхо ухода знаменитого физиолога. Рекомендованный им на свое место Илья Фаддеевич Цион (впоследствии один из предполагаемых авторов «Протоколов сионских мудрецов») не был одобрен Конференцией, однако через два года, ко всеобщему неудовольствию, его кандидатуру утвердил военный министр. В октябре 1874 года Циону пришлось покинуть академию после обструкции студентов. Малорабочая обстановка в кипящей страстями Конференции вкупе с полыхавшими студенческими волнениями, из-за которых обучение будущих врачей не раз прерывалось на целые месяцы, поставили под угрозу само существование МХА. Двойственность ее положения — с одной стороны, учреждения военного, с другой — обязанного за отсутствием в Петербургском университете медицинского факультета готовить и гражданских врачей — усугубляла опасность. Дело кончилось упразднением на два года Конференции и назначением Временной комиссии, которая управляла академией почти до 1881 года и в которую Александр Порфирьевич вошел на последнем этапе.
В этот сложный период полномочия ученого секретаря МХА принял сосед Бородина, к тому времени ставший его ближайшим другом, — Доброславин, умевший мирить профессоров, но не учащихся. Весной 1876 года Бородин вместе с Богдановским и Заварыкиным был в комиссии по расследованию беспорядков (студенты сорвали защиту диссертации). Комиссия поступила буквально по рецепту Герцена-сына, отрицавшего индивидуальную ответственность: «не нашла возможности указать виновных». Осенью беспорядки продолжились с новой силой. В конце 1878 года Александр Порфирьевич попал в очередную комиссию, расследовавшую, в частности, «дерзкие поступки студентов по отношению к некоторым профессорам» (подразумевалась травля другого его друга, Руднева). После горячих дебатов комиссия приняла решение в духе Деларю из толстовского стихотворения «Великодушие смягчает сердца» — разрешила курсовые сходки. Пока шли беспорядки да разбиралось дело, преподавание не велось.
Не позднее 1874 года Бородин стал дирижировать хором студентов, к которому вскоре прибавились занятия с хором женщин-врачей, а позднее — и с оркестром академии. Мария Александровна Бокова вспоминала, что Бородин неровно относился к ученикам и особо благоволил к тем, которые играли у него в оркестре и вообще с ним музицировали. В свете политической ситуации усиленное поощрение профессором «художественной самодеятельности», постоянные вечерние посиделки в его квартире, где всем желающим подавались обед и ужин, приобретают дополнительное значение. Возможно, дело было не в одной любви Александра Порфирьевича к музыке. Видя студента у себя на репетиции, он мог быть спокоен: этот не устроит ему завтра на лекции политического демарша, не угодит в подозрительный кружок, и профессору не придется ночью вызволять его из полицейского участка.
Научная деятельность Александра Порфирьевича теряла интенсивность. Виной тому могли быть частые недомогания, которые вроде бы не мешали музыкальным занятиям, но от работы в лаборатории отрывали. В 1874 году новых его публикаций не появилось. В 1875-м в Петербурге и Берлине вышла статья «О нитрозоамарине». Тогда же Бородин снова обратился к теме, связанной с медициной: по просьбе своего товарища по академии врача Дмитрия Ивановича Кошлакова сконструировал прибор для определения азота в моче и вплоть до 1886 года совершенствовал методику анализа. Кошлаков был в академии заметной личностью. Ученик Боткина, он в 1864 году защитил диссертацию «Исследование формы пульса посредством сфигмографа Марея» и отправился за границу завершать образование. С его возвращением в МХА началось систематическое преподавание ларингологии и болезней почек. Он активно занимался физиологической химией, а в 1883 году возглавил терапевтическую клинику академии. Поначалу студенты по каким-то причинам бойкотировали лекции Кошлакова, добиваясь его отставки (впрочем, его предшественника Эйхвальда они тоже не жаловали), но Дмитрий Иванович в отставку не ушел, а из его клиники вышло множество научных работ. В 1884 году он был одним из оппонентов при защите диссертации Иваном Петровичем Павловым. В Петербурге Кошлаков имел обширную практику, много лет консультировал Достоевского.