Лето 1864 года Бородины провели в Москве. Голицын-ская больница по своему окраинному местоположению и по близости к Нескучному саду вполне могла сойти за загородную резиденцию. Ее высокоблагородие Екатерина Алексеевна Протопопова зятя боготворила, именовала его «виновником нашей радости и надежды» (разумея всю свою «бедную» семью), брак дочери почитала «завидным счастьем» и наказывала той всячески беречь мужа-благодетеля. Зять, в свою очередь, отзывался о ней как о «великолепнейшей, эпической старушке, доброты неописанной», которую он любил, как родную мать.
В ноябре Александр Порфирьевич вступил на еще одну важную для себя стезю — крестил сына Ольхина. С тех пор таинство крещения стало для него важнейшим: подсчитать число младенцев обоего пола, коих он явился восприемником, не представляется возможным. А вот от частого посещения чужих свадеб он, кажется, уклонялся. Словом, на новом месте постепенно устанавливался порядок жизни на все последующие годы.
Существенную часть заведенного порядка составляли отлучки Екатерины Сергеевны в Москву, поначалу редкие. Первая случилась весной 1864 года, затмив своей важностью разразившуюся тогда австро-прусско-датскую войну. Супруг тосковал, не теряя чувства юмора: «Напиши пожалуйста и своему любовнику-мужу и Сясе, он ужасно соскучился, все говорит: где Мама? — и указывает пальчиком на разные неодушевленные предметы, которые торчат перед ним…» Во время отлучек госпожи Бородиной Авдотья Константиновна не оставляла сына заботами, навещала, насовсем отрядила в академию свою кухарку Михайловну, присылала в помощь экономку Катерину Егоровну. «Маменьку» только к концу года наконец перестала держать при себе и выдала замуж. Впрочем, здесь музу истории терзают сомнения: не был ли женихом бывший лаборант Менделеева, а сватом — сам Александр Порфирьевич?
Поначалу Бородин вряд ли тяготился житьем в стенах академии. Он вел себя как классический трудоголик. Все еще пребывавшему в Гейдельберге Алексееву сообщалось: «Я, слава Аллаху, здоров, толст, красен и весел; читаю в день по две лекции и работаю теперь шибко». Горячей порой было время экзаменов и переэкзаменовок. Строгий Зинин экзаменовать не любил, поручая это своему добродушному ученику. А когда все-таки заглядывал на экзамен, можно было ожидать казусов. Минералог Сергей Федорович Глинка передает следующий анекдот. Зинин, используя кальку с французского, называл химические соединения «телами», что иногда сбивало юношество с толку. Однажды на экзамене студент, заикаясь от волнения, стал говорить:
— Алкалоиды — это тела, названия которых оканчиваются на «ин».
— Значит, Зинин и Бородин — это алкалоиды, — заключил профессор.
Блестящее окружение поддерживало адъюнкта и вело к новым свершениям. Самым близким человеком по-прежнему был Зинин, в 1865 году ставший академиком. По воспоминаниям Алексея Петровича Доброславина, «ни к кому так горячо не относился он, как к Александру Порфирьевичу. Как Зинин считал Бородина своим духовным сыном, так и Бородин постоянно, говоря о Зинине, считал его своим вторым отцом. Эти отношения были столь живые, что при каждой встрече, хотя бы она совершалась в лаборатории, в аудитории, наполненной студентами, Зинин встречал своего ученика несколькими радостными и теплыми приветствиями и непременными поцелуями. Эти публичные выражения задушевности отношений не казались нам, студентам, странными. Наоборот, производили на нас впечатление глубочайшего уважения к этой нежно-родственной связи душ, столь сильной, столь пренебрегающей обычными формами внешних отношений и столь чуждой опасений насмешек или укоров в оригинальности… Не было научной мысли, не было приема в работе, о которых не переговорили бы и не посоветовались бы взаимно учитель с учеником». Еще в конце марта 1864 года Зинин по случаю тридцатилетия своей педагогической деятельности сделался «директором химических работ», предложив занять кафедру химии любимому ученику. Других кандидатов на вакансию не явилось, Конференция академии проголосовала 11 апреля с результатом: 17 — за, 1 — против. Бородин из адъюнкта превратился в ординарного профессора.
Менделеев еще в 1861 году выпустил в свет учебник «Органическая химия», удостоенный Демидовской премии, а в 1865 году защитил диссертацию «Рассуждение о соединении спирта с водой». Вместе с Менделеевым Бородин переводил с французского «Аналитическую химию Жерара и Шанселя: качественный анализ», выходившую частями в 1864–1866 годах. Предполагалось, что для книги Менделеева «Аналитическая химия: количественный анализ» он напишет специальный раздел о применении аналитической химии в медицине, — недаром темой его пробной лекции по возвращении из-за границы была «О значении анализа мерою при медицинском исследовании». Увы, этот замысел не осуществился. Сеченов в 1863 году напечатал сенсационную работу «Рефлексы головного мозга» (его тут же обвинили, что новая концепция служит оправданием преступникам), в 1866-м — «Физиологию нервной системы». Боткин, заваленный преподаванием и врачебной практикой, готовил к изданию «Курс клиники внутренних болезней» (1867).