Супруги жили в то лето мирно и без происшествий, но долго гостить у Кудашева не пришлось. 20 августа в Москве открылся Второй съезд русских естествоиспытателей. 22 августа Бородин открыт первое заседание химической секции сообщением о синтезированной им изокаприновой кислоте и ее производных — альдегиде и солях. Еще 10 августа он «прописался» (как это тогда называлось) в Москве у родственников жены Ступишиных, в Гранатном переулке. 5 сентября докладчик отбыл по месту службы и 9-го начал принимать переэкзаменовки. В тот год около половины студентов имели «хвосты», что для академии было скорее нормой, чем исключением.
Жизнь потекла обычным порядком. В середине сентября переэкзаменовки постепенно сменились лекциями (по четыре дня в неделю), чтобы в ноябре учебный процесс, как водится, прервался на время ледостава. Чуть не каждое лето инженеры с целью починки труб выкапывали в нижнем коридоре академии канаву и заново перекладывали печи, растягивая это удовольствие до ноября (научно-технический прогресс принес в академию центральное отопление, до отладки которого было еще далеко). В июне неизменно начинались ремонт и переоборудование химической лаборатории, тут же замиравшие на начальной стадии и только с возвращением профессора с каникул переходившие в активную фазу. Бородин с утра до вечера распоряжался, подгонял, что-то привинчивал, что-то прилаживал и между концом октября и серединой декабря торжественно вступал во владение своими угодьями. Его стараниями лаборатория год за годом расширялась за счет соседних помещений.
К концу ноября наступала «самая горячая пора: заказы, отчеты, комиссии и т. д. и т. д. Служили, служим, будем служить — вот девиз настоящего времени у нас». Не чтение лекций, не работу в лаборатории полагал Бородин службой, а единственно бумажное изобилие: «счеты, отчеты, донесения — словом все, за что получаю царское жалованье». Что ж, дела шли своим чередом, чины и награды «в воздаяние усердно-отличной службы» следовали исправно. В 1865 году надворный советник Бородин получил орден Святого Станислава II степени, в течение следующих семи лет статский советник удостоился орденов Святой Анны III степени, Святой Анны II степени с короной и Святого Владимира III степени, в 1879 году действительный статский советник был награжден орденом Святого Станислава I степени и в 1883-м — Святой Анны I степени.
В промежутках между ремонтами и отчетами Александр Порфирьевич работал в лаборатории с утра до ночи — появились причины торопиться. Вернувшись осенью 1869 года в Петербург, Бородин просмотрел свежие номера «Бюллетеня Немецкого химического общества». К своему неудовольствию, он обнаружил там большую статью Кекуле «Продукты конденсации альдегидов», поступившую в Общество еще 12 июля (нового стиля). Август Кекуле был более чем серьезным конкурентом, в Боннском университете он параллельно вел несколько экспериментальных исследований и энергично занимался теоретическими вопросами, коих Бородин в принципе не касался. Вечером 3 октября было написано письмо Екатерине Сергеевне, знаменитое сообщением об игре «музикусам» «Сна Ярославны». Но автор, целый день проведший за экспериментом, начал с более важной темы: «У меня теперь весьма счастливый период лабораторной деятельности: идет все на лад. По этому самому я теперь в пассии лабораторных работ. Только чуть-чуть не случилось неприятного столкновения на химическом поле с Кекуле, который, в одной из своих работ, затронул ту область, в которой я работаю; правда, что он выходил из совершенно других начал и бил совершенно не на то, на что я, но все-таки, при дальнейшем ходе своих исследований, он легко мог напасть на те же идеи и преследовать те же цели, что и я. В предупреждение возможности столкновения, я вчера сообщил свою работу в заседании Химического общества, хотя работа была еще далеко не округлена. Все химикусы нашли ее, впрочем, крайне интересной и по фактической стороне, и по теоретическому развитию идей».
Сообщение, сделанное Бородиным 2 октября, называется «Продукты уплотнения альдегидов», иначе — «О действии высокой температуры на энантол и валеральдегид». Рассказать о своей работе в Русском химическом обществе было совершенно достаточно, чтобы о ней тут же узнали в Германии. Бюллетень Немецкого химического общества наряду с собственными материалами исправно печатал обзоры заседаний обществ Парижа, Петербурга, Лондона. В номере от 25 октября вышел очередной петербургский обзор Виктора Юльевича Рихтера (для немцев — Виктора фон Рихтера) с изложением сути доклада Бородина в одном абзаце.